La littérature décrit des différences fondamentales entre l’AAV2 sauvage et ses pendants recombinants. La forme sauvage serait plus efficiente en terme de production, d’encapsidation et d’infectieusité, allant de facteurs de deux à cents en fonction de la propriété étudiée. A cause de ces différences, la quantité de rAAV nécessaire pour traiter un patient atteint d’une maladie implique une injection systémique estimée à 1.1015 particules par kilogramme de tissue à traiter. C’est dans cette optique que s’inscrivent mes travaux de thèse. Essayer de comprendre qu’elles sont les différences entre l’AAV sauvageet les rAAV qui peuvent engendrer tant de différences en terme d’efficacité. L’étude du comportement du génome de l’AAV2 sauvage dans le système baculovirus/cellules Sf9, a permis de découvrir que la régulation de l’AAV2 sauvage était similaire en baculovirus. Nous avons aussi découvert, grâce à notre analyse transcriptomique que les promoteurs naturels del’AAV2 étaient actifs dans notre système, ce qui nous a permis d’imaginer de nouvelles constructions génétiques afin d’améliorer la quantité et la qualité des particules rAAV. Nous avons aussi réaliser des études structurales sur différentesparticules AAV afin d’améliorer notre connaissance de ces particules. / The literature describes several fundamental differences between WT AAV and rAAP properties. WT form obtains an one hundred higher production yield compared to rAAV, with the possibility to obtain only full particles, and most importantly, all the WT AAV particles are infectious, compared to only 1% for the rAAV. These lower values for rAAV, implied to inject up to 1.1015 particles per kilogram of tissue. These quantities induce a non-negligible cost for rAAV based gene therapies, even with the productions techniques improvements or the development of baculoviruses based techniques. It is with these ideas in mind that my PhD works were developed. Trying to understand differences between WT and rAAV, trying to produce WT AAV in baculovirus has bring important knowledges about AAV comportment in baculovirus. Our RNA-Seq results have demonstrated than the WT AAV natural promoters were all active, allowing us to design to genetic constructs in order to improve rAAV quantity and quality. We have also tried to solve the AAV crystal structure, to improve our knowledges about these particles.