Cette thèse s'intéresse aux architectures contenant des FPGAs reconfigurables dynamiquement et partiellement. Dans ces architectures, la complexité et la difficulté de portage des applications sont principalement dues aux connections étroites entre la gestion de la reconfiguration et le calcul lui-même. Nous proposons 1) un nouveau niveau d'abstraction, appelé gestionnaire de composants matériels (HCM) et 2) un mécanisme de communication scalable (SCM), qui permettent une séparation claire entre l'allocation d'une fonction matérielle et la procédure de reconfiguration. Cela réduit l'impact de la gestion de la reconfiguration dynamique sur le code de l'application, ce qui simplifie grandement l'utilisation des plateformes FPGA. Les application utilisant le HCM et le SCM peuvent aussi être portées de manière transparentes à des systèmes multi-FPGA et/ou multi-utilisateurs. L'implémentation de cette couche HCM et du mécanisme SCM sur des plateformes réalistes de prototypage virtuel démontre leur capacité à faciliter la gestion du FPGA tout en préservant les performances d'une gestion manuelle, et en garantissant la protection des fonctions matérielles. L'implémentation du HCM et du mécanisme SCM ainsi que leur environnement de simulation sont open-source dans l'espoir d'une réutilisation par la communauté. / This thesis shows that in FPGA-based dynamic reconfigurable architectures, the complexity and low portability of application developments are mainly due to the tight connections between reconfiguration management and computation. By proposing 1) a new abstraction layer, called Hardware Component Manager (HCM) and 2) a Scalable Communication Mechanism (SCM), we clearly separate the allocation of a hardware function from the control of a reconfiguration procedure. This reduces the dynamic reconfiguration management impact on the application code, which greatly simplifies the use of FPGA platforms. Applications using the HCM and the SCM can also be transparently ported to multi-user and/or multi-FPGA systems. The implementation of this HCM layer and the SCM mechanism on realistic simulation platforms demonstrates their ability to ease the management of FPGA flexibility while preserving performance and ensuring hardware function protection. The HCM and SCM implementations and their simulation environment are open-source in the hope of reuse by the community.