La presente investigación analiza las diferencias salariales regionales en Ecuador empleando los datos de la Encuesta Nacional de Empleo y Desempleo para 2007 y 2017 a nivel de zonas de planificación. Los objetivos de la presente investigación son: (i) estimar las diferencias salariales regionales aplicando la metodología desarrollada por Fortin et al. (2018), en lo que supone el uso de una nueva aplicación en investigaciones para Ecuador; (ii) analizar las brechas salariales entre regiones distinguiendo entre el sector formal e informal del mercado de trabajo y (iii) estimar los diferenciales salariales según el nivel educativo de la población en función de dos grupos, quienes tienen instrucción universitaria y quienes tienen otros niveles educativos como primaria, secundaria o no tienen ningún nivel educativo. Entre los principales resultados se obtiene que, tanto a nivel del salario promedio como por percentiles, la desigualdad disminuye de 2007 a 2017 en la mayoría de zonas de estudio. Las mayores brechas salariales sobre el promedio nacional se estiman en las zonas 8 y 9, correspondiente a las ciudades de Guayaquil y Quito respectivamente. En general, para los distintos grupos de estudio se destaca que la disparidad salarial se justifica por el efecto composición, específicamente por las características del puesto de la empresa como el tamaño de la empresa, la cualificación del puesto de trabajo y la formalidad del empleo, mientras que las variables como etnia y género explican principalmente las diferencias salariales en el percentil más bajo de la distribución. Por lo que resulta imprescindible la convergencia productiva de los territorios mediante el mejoramiento de las competitividades territoriales, e incentivando el acceso al mercado laboral formal ecuatoriano.