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Les travaux de cette thèse portent sur les conséquences du développement du numérique sur la pratique de recherche en SHS au sens large et en histoire en particulier. L'introduction du numérique bouleverse les pratiques de recherche en histoire en mettant à disposition du chercheur un grand volume de sources numérisées ainsi que de nombreux outils d'analyse et d'écriture. Si ces nouveaux moyens de recherche permettent à la discipline d'adopter de nouvelles approches et de renouveler certains points de vue, ils posent également des questions sur les plans méthodologique et épistémologique. Devant ce constat, nous avons choisi d'étudier plus en détail l'impact des outils de recherche d'information, bibliothèques numériques et moteurs de recherche de sources sur l'activité de recherche en histoire. Ces systèmes offrent un accès à un grand volume de documents historiques mais leur fonctionnement repose sur des traitements informatiques pour la plupart invisibles aux yeux des utilisateurs, qui peuvent ainsi s'apparenter à des boîtes noires. L'objectif principal de cette thèse est donc de donner les moyens aux utilisateurs d'observer et de comprendre ces processus dans l'optique de leur permettre d'en intégrer les effets de bord à leur méthodologie. Afin de mieux positionner notre objet d'étude, nous proposons un cadre conceptuel reposant sur la notion de ressource numérique. Ce concept représente les systèmes numériques que nous étudions au sein de leur contexte d'usage, de production et d'exécution, il fait le lien entre des usages attendus par les utilisateurs et des choix méthodologiques ou techniques issus des présupposés de ces concepteurs. Sur la base de ce cadre conceptuel, nous proposons une analyse des bibliothèques numériques et moteurs de recherche de sources en fonction de chacun des contextes. Ainsi, notre étude propose une analyse des usages de ce type de ressource numérique dans le cadre d'une recherche en histoire en adoptant une démarche expérimentale et en produisant des indicateurs de la pratique. Ces indicateurs sont ensuite croisés avec le fonctionnement du système, dans ces contextes de production et d'exécution, pour en révéler les biais méthodologiques. À l'issue de ces analyses, nous proposons un réinvestissement de ces résultats sous la forme d'un outil logiciel dédié à l'enseignement d'une approche critique de la recherche d'information en ligne pour les apprentis historiens. Ces travaux sont évalués par une démarche expérimentale. Elle est construite sur la base d'un prototype d'observation du comportement des utilisateurs en situation de recherche d'information et des outils de démonstration des biais associés au fonctionnement des processus informatiques impliqués lors des phases de production des contenus et d'exécution du système. Ce prototype a fait l'objet de plusieurs phases d'expérimentation liées à son développement, l'évaluation de ces fonctionnalités et de son impact sur la pratique dans un contexte de formation. / The work of this thesis focuses on the consequences of digital technology development on research practice in the humanities in the broad sense and particularly in history. The introduction of digital technology disrupts historical research practices by making available to the researcher a large volume of digitized sources as well as numerous analysis and writing tools. These new capacities of research allow the discipline to adopt new approaches and renew certain points of view, but they also raise methodological and epistemological questions. Given this observation, we have chosen to study in more detail the impact of information retrieval tools, digital libraries and search engines on historical research activity. These systems offer access to a large volume of historical documents but they depend on computer processes that are mostly invisible to users and acting as black boxes. The main objective of this work is to give users the means to observe and understand these processes in order to allow them to integrate their side effects in a suitable methodology. In order to better position our object of study, we propose a conceptual framework based on the notion of digital resource. This concept represents the digital systems that we study within their contexts of use, production and execution. It connects uses expected by users and methodological or technical choices based on the assumptions of system designers. Based on this conceptual framework, we propose an analysis of digital libraries and historical sources search engines according to each context. Thus, our study proposes an analysis of the uses of this type of digital resource within the framework of a research in history. The study adopts an experimental approach and produces indicators of the practice. These indicators are then crossed with the functioning of the system, in its contexts of production and execution, to reveal the potential methodological biases. Following these analyzes, we propose a reinvestment of these results in the form of a software tool dedicated to teaching a critical approach to online information retrieval for student in history. This work is evaluated by an experimental approach. It is built on the basis of a prototype of observation of the behavior of the users when they are looking for information. Our experimental approach is also based on demonstration tools of the biases associated with the functioning of the computer processes involved during the contexts of production and execution. This prototype has been the subject of several experimental phases related to its development, the evaluation of these features and its impact on practice in a training context.