Submitted by Maria Anália Conceição (marianaliaconceicao@gmail.com) on 2016-07-06T18:37:16Z No. of bitstreams: 1 Publico-03.pdf: 680420 bytes, checksum: 28c206d0e333eb6ac5cb4cd4efa99f59 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Anália Conceição (marianaliaconceicao@gmail.com) on 2016-07-06T18:41:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Publico-03.pdf: 680420 bytes, checksum: 28c206d0e333eb6ac5cb4cd4efa99f59 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-06T18:41:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Publico-03.pdf: 680420 bytes, checksum: 28c206d0e333eb6ac5cb4cd4efa99f59 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV), agente etiológico da Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (AIDS), infecta principalmente o linfócito T CD4+, uma importante célula do sistema imunológico, levando a uma imunossupressão progressiva. Os medicamentos antirretrovirais (ARV) são capazes de reduzir a replicação viral e, com isso, retardar a progressão da doença e a mortalidade, aumentando, desta forma, a sobrevida dos pacientes. Para muitos pacientes infectados com o HIV-1, a administração de combinações de medicamentos ARV, terapia antirretroviral altamente efetiva (HAART), tem êxito em suprimir a replicação viral e reverter a evolução da doença. Em alguns pacientes, entretanto, o efeito supressor da HAART é incompleto, o que geralmente leva à seleção de variantes virais com resistência aos agentes ARV. De acordo com a pressão seletiva exercida por um medicamento, o vírus pode desenvolver algumas mutações específicas, seguindo o que chamamos de “vias” ou “caminhos mutacionais” distintos. Variantes virais contendo mutações para mais de uma “via mutacional” concomitantemente são raramente observadas in vivo e in vitro, sugerindo que a coocorrência destas mutações num mesmo genoma não seja favorável ao HIV-1 (correlação negativa). A análise genotípica padrão comumente utilizada consiste na análise populacional das variantes virais, onde a sequência observada representa um consenso das diversas populações virais presentes naquele indivíduo. Para distinguirmos as populações observadas pela análise populacional fizemos uso da análise clonal pela técnica de diluição limitante, onde é possível observar as mutações presentes num único genoma. Neste estudo, detectamos, em dois pacientes, clones contendo as mutações D30N e L90M na mesma molécula do genoma viral; essas mutações também estavam acompanhadas de outras mutações compensatórias, como a N88D e a L63P. Outra observação foi a confirmação da alta correlação da mutação N88D com a mutação D30N. Investigamos também a possibilidade da presença concomitante das mutações de resistência aos análogos timidínicos (TAM). Dentre os quatro pacientes, detectados vi pela a análise populacional, que apresentavam as seis mutações das TAM, todos apresentaram estas mesmas mutações na análise clonal. Com o acúmulo das mutações de resistência aos análogos timidínicos (TAM), também observamos aumento no número e complexidade das mutações acessórias. A uniformidade e predominância dos clones em alguns pacientes sugerem que, no momento da análise clonal, amplificamos a população que foi selecionada e expandiu-se, tornando-se majoritária. Portanto, observamos que a ocorrência concomitante das mutações de vias distintas, ou seja, D30N + L90M na protease, e as seis mutações da TAM na transcriptase reversa, ainda que rara, pode ser observada em uma mesma molécula genômica de isolados da população viral intrapaciente. Em adição, esses isolados com mutações pertencentes a múltiplas vias, são preferencialmente selecionados após terapia antirretrovial prolongada, onde os pacientes são tratados com diferentes medicamentos antivirais. Concluímos também que, na análise populacional padrão, a sequência obtida corresponde à combinação de genomas de variantes presentes na população viral de um indivíduo. Essa sequência pode representar a população viral majoritária presente naquele momento, ou uma mistura de diversas sub-populações minoritárias, que se dividem em pequenos grupos na análise clonal. / For many patients infected with HIV-1, administration of combinative ARV drugs, often referred as highly active antiretroviral therapy (HAART) is succeeded by suppressing of detectable virus replication and, therefore, by reducing HIV-related morbidity and mortality. In some patients, however, the HAART suppressive effect is incomplete, which usually leads to selection of antiretroviral resistant viral variants. According to drug selective pressure, HIV-1 can develop specific mutations, leading to distinct mutational pathways. Species containing mutations from more than one mutational pathway are extremely rare, suggesting that the coexistence of these mutations in the same genome structure results in unfavorable virological effects (negative correlation). To distinguish populations previously observed in standard population analysis, clonal analysis by limited dilutions technique was used, permitting observation of present mutations in single genome copy. In the present study, we have observed that, though rare, mutations from distinct pathways can occur concomitantly in same genome molecule from intrapatient viral isolates population. In addition, viral isolates with mutations from multiple pathways are preferentially selected after prolonged antiretroviral therapy, when patients are treated with different antiviral drugs. It has been also concluded that sequences obtained from standard population analysis, corresponded to a combination of genomes from variants present in individual viral population. These consensus sequences can represent the major viral population present in that moment, or a mixture of diverse minor sub-populations, that are shared in small groups in clonal analysis.