Made available in DSpace on 2014-07-29T15:29:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao adriana santarem ferreira.pdf: 1923903 bytes, checksum: fe2d53ac48a0f70b931e84fbecdbf60c (MD5) Previous issue date: 2011-03-11 / The antiretroviral therapy (ART) has reduced morbidity and mortality related to human immunodeficiency virus (HIV) infection. In spite of this advance, the antiretroviral resistance mutations and viral genetic diversity remain the main obstacles in the fight against AIDS. The resistance pattern of HIV-1 to antiretrovirals can be evaluated by resistance tests, specially the genotype testing that allows detection of mutations in the viral genome. This study describes the prevalence of primary HIV-1 drug resistance and subtypes circulating in Mato Grosso, Central West Brazil. Plasma samples from 105 naive patients were colleted during the years 2008 and 2009 to perform the viral resistance genotyping at Tropical Pathology and Public Health Institute, Federal University of Goiás. Protease (PR) and partial reverse transcriptase (RT) were amplified and sequenced from plasma RNA. HIV-1 pol subtypes were assigned by phylogenetic analysis through Los Alamos Database. ARV resistance mutations were analyzed by Stanford University Database and International AIDS Society. Ninety two of the 105 samples had their RNA amplified, 5 (5,43%) of them harboring a resistant strain. Nucleoside reverse-transcriptase inhibitors, nonnucleoside reverse-transcriptase inhibitors and protease inhibitors associed mutations were present in 3 (3,26%), 1(1,08%) and 1(1,08%) samples respectively. Reverse transcriptase gene mutations were observed at códons 219 (K219E), 67 (D67N) e 103 (K103N). Protease gene mutation was observed at códon 90 (L90M). This study revealed that the main mutations are related to reversetranscriptase inhibitors, mainly INTR, reflecting the widespread use of reversetranscriptase inhibitors in the initiation of antiretroviral therapy. Moreover, shows the wide genetic diversity with a significant proportion of distinct BF1 recombinants and the co-circulation of subtypes B, F1 and C in Central West Brazil. / O uso de antirretrovirais (ARVs) reduziu a morbi-mortalidade relacionada à infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV). Apesar deste avanço, as mutações de resistência aos antirretrovirais e a diversidade genética do HIV-1 permanecem os principais obstáculos na luta contra a AIDS. O padrão de resistência do HIV-1 aos ARVs pode ser determinado através de testes de resistência, especialmente a genotipagem que permite a detecção de mutações do genoma viral. Este estudo descreve a prevalência de resistência primária às drogas antirretrovirais e subtipos circulantes no Estado de Mato Grosso, no centro-oeste brasileiro. Foram colhidas 105 amostras de plasma de pacientes infectados com HIV-1, virgens de tratamento, durante o período de outubro de 2008 a setembro de 2009 para a realização do teste de resistência genotípica no Instituto de Patologia Tropical e Saúde Pública da Universidade Federal de Goiás. A protease e fragmento da transcriptase reversa do HIV-1 foram amplificados e seqüenciados a partir do RNA plasmático. Os subtipos do gene pol do HIV-1 foram avaliados por análise filogenética por meio do banco de dados de Los Alamos. As mutações de resistência aos ARVs foram analisadas pelo banco de dados da Universidade de Stanford e International AIDS Society. Dos 105 pacientes, 92 tiveram o RNA do HIV-1 amplificado e seqüenciado, sendo que 5 (5,43%) apresentaram cepas resistentes. Entre os 5 pacientes com resistência, 3 (3,26%) apresentavam mutações para os inibidores da transcriptase reversa análogos ao nucleosideo, 1(1,08%) para os inibidores da transcriptase reversa não análogos ao nucleosideo e 1 (1,08%) para os inibidores da protease. As mutações no gene da transcriptase reversa foram observadas nos códons 219 (K219E), 67 (D67N) e 103 (K103N). A mutação no gene da protease foi observada no códon 90 (L90M). Este estudo revelou que as principais mutações encontradas estão relacionadas aos inibidores da transcriptase reversa, principalmente INTR, refletindo o amplo uso de inibidores da transcriptase reversa no início da terapia antirretroviral. Além disso, mostra a grande diversidade genética com significativa proporção de recombinantes BF1 e a co-circulação de subtipos B, F1 e C no centro-oeste brasileiro.

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-08-05T19:55:42Z No. of bitstreams: 2 Dissertação- Luciana Oliveira Bento - 2016.pdf: 3533613 bytes, checksum: f67fe73c6af12700e4cba39192ea7c95 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-08T14:23:27Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação- Luciana Oliveira Bento - 2016.pdf: 3533613 bytes, checksum: f67fe73c6af12700e4cba39192ea7c95 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-08T14:23:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação- Luciana Oliveira Bento - 2016.pdf: 3533613 bytes, checksum: f67fe73c6af12700e4cba39192ea7c95 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-03-24 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The prevalence of isolates of HIV-1 with resistance mutations to antiretroviral drugs should be monitored continuously and in different population groups from geographical regions Brazilian, since Brazil offers universal access to treatment for all people living with HIV and AIDS. Because of the scarcity of related studies in cities of the interior of Brazil, this study aimed to identify the HIV-1 genetic diversity and to evaluate the profile and the prevalence of HIV-1 isolates with mutations in non-antiretroviral (ARV) exposed patients attended at the Specialized Service in STD/AIDS of the Jataí city, southwestern of Goiás state. From January 2015 to January 2016, 57 patients not exposed to ARVs were recruited and whole blood samples were collected. The protease (PR) and about 2/3 of the reverse transcriptase (RT) regions were amplified in 46 samples by "nested"-PCR and sequenced. Resistance mutations to ARVs were determined by Calibrated Population Resistance Tool from Stanford University and HIV-1 subtypes were identified by REGA and phylogenetic inference. In this study, the prevalence of HIV-1 resistant was more frequent among young male population, heterosexual, especially in the reproductive age group and brown race. Among 46 HIV-1 isolates sequenced, 5 had primary resistance mutations to ARVs, giving a prevalence of 10.9%. The mutations were detected both non-nucleoside RT inhibitors-NNRTIs (K103N, E138K/A and V179E) and for PR inhibitors-IP (M46L and T74S). As the K103N mutation confers resistance to high profile ARV composing the first line of treatment (EFV), it was introduced into the second line with IP for this patient. The E138K mutation confers resistance to an ARV not used in Brazil (RPV), allowing the introduction of the first line of treatment with the fixed-dose combination (formulation 3 in 1). Two isolates of HIV-1 were IP resistance mutations (M46L and T74S) but not yet started therapy. In this case, the introduction of the treatment with the formulation 3 to 1 is possible, since the first line has no IP in its formulation. HIV-1 subtype B was the prevalent isolates and three recombinants involving subtypes B and F1 were observed. The subtype C and recombinant forms were first reported in Goiás southwestern region. The moderate prevalence of primary resistance of HIV-1 isolates among patients from southwestern Goiás state and co-circulation of “pure” HIV-1 subtypes and recombinant forms, it is evident the importance of monitoring of newly diagnosed patients to optimize initial therapy, improving clinical management and control of transmission of HIV-1. / A prevalência de isolados do HIV-1 com mutações de resistência aos antirretrovirais deve ser monitorada continuamente nas diferentes regiões geográficas e grupos populacionais brasileiros, visto que o Brasil disponibiliza acesso universal ao tratamento para todas as pessoas vivendo com HIV e aids. Devido à escassez de estudos relacionados em cidades do interior do Brasil, este trabalho teve como objetivo identificar a diversidade genética do HIV-1 e avaliar o perfil e a prevalência de isolados do HIV-1 com mutações, em pacientes não expostos aos antirretrovirais (ARVs) atendidos no Serviço de Atendimento Especializado em DST/aids do município de Jataí, no sudoeste goiano. De janeiro de 2015 a janeiro de 2016, foram recrutados 57 pacientes não expostos aos ARVs e amostras de sangue total foram coletadas. Os genes da protease (PR) e cerca de 2/3 da transcriptase reversa (TR) foram amplificados em 46 amostras pela “nested”-PCR e sequenciados. As mutações de resistência aos ARVs foram determinadas mediante a ferramenta Calibrated Population Resistance Tool da Universidade de Stanford e os subtipos do HIV-1 foram identificados pela análise por REGA e inferência filogenética. Neste estudo, a prevalência da resistência aos antirretrovirais foi mais frequente na população jovem não exposta do sexo masculino, heterossexual, na cor parda, e especialmente nas faixas etárias de 30 a 34 anos, e de 40 a 49 anos de idade. Entre os 46 isolados de HIV-1 sequenciados, 5 apresentaram mutações de resistência primária aos ARVs, conferindo uma prevalência de 10,9%. Foram detectadas mutações tanto para inibidores da TR não nucleosídicos-NNRTI (K103N, E138K/A e V179E) quanto para inibidores da PR-IP (M46L e T74S). Como a mutação K103N confere alto perfil de resistência ao ARV que compõe o esquema de primeira linha de tratamento (EFV), foi introduzida a segunda linha com IP (LPV/r) para este paciente. A mutação E138K confere resistência a um ARV ainda não utilizado no Brasil (RPV), o que permitiu a introdução da primeira linha de tratamento constituída pela dose fixa combinada com TDF+3TC+EFV (formulação 3 em 1). Dois isolados do HIV-1 apresentaram mutações de resistência (M46L e T74S) que conferem resistência ao IP (NFV), mas ainda não iniciaram a terapia. Nesse caso, a introdução do tratamento com a formulação 3 em 1 será possível, já que a primeira linha não tem o IP (NFV) em sua formulação. O subtipo B do HIV-1 foi o prevalente e três isolados recombinantes foram observados, envolvendo os subtipos B e F1. O subtipo C e as formas recombinantes foram relatados pela primeira vez na região do sudoeste goiano. Com a identificação de uma prevalência moderada de isolados de HIV-1 com resistência primária entre pacientes do sudoeste goiano e a co-circulação de subtipos “puros” e mosaicos do HIV-1, fica evidente a importância do monitoramento dos pacientes recém-diagnosticados para a otimização da terapia inicial, melhorando a conduta clínica e o controle da transmissão do HIV-1.