Este estudo clínico avaliou a quantidade de bactérias e endotoxinas, antes e após o tratamento endodôntico utilizando ativação ultrassônica de solução de hidróxido de cálcio e sua correlação com a indução de citocinas pró-inflamatórias por fibroblastos humanos. Vinte e três pacientes com dentes com periodontite apical primária foram submetidos ao tratamento endodôntico. O preparo químico-cirúrgico (PQC) foi realizado com instrumentos reciprocantes, utilizando NaOCl 2,5% durante o preparo e EDTA 17% para remoção do magma dentinário; complementado com a ativação ultrassônica de uma solução de hidróxido de cálcio. Os canais radiculares foram preenchidos com pasta de hidróxido de cálcio por 14 dias e obturados. Foram realizadas coletas microbiológicas dos canais antes (S1) e após o PQC (S2), após o protocolo de ativação ultrassônica (S3) e após a medicação intracanal (S4). As amostras foram analisadas por: PCR quantitativo (qPCR) utilizando iniciadores universais para quantificação de bactérias após extração de DNA; teste turbidimétrico de LAL para quantificação de endotoxinas; e ELISA para quantificação de citocinas (IL-1?, IL-6, CCL2) em cultura de fibroblastos humanos após indução com o conteúdo do canal radicular. Os dados foram analisados pelos seguintes testes estatísticos: teste de Wilcoxon e Q de Cochran para análise quantitativa de bactérias e endotoxinas; ANOVA e teste de Tukey, para quantificação dos níveis de citocinas; e teste de Pearson para correlação entre os níveis de endotoxinas e citocinas (todos com nível de significância de 5%). Bactérias e endotoxinas foram observadas em todas as amostras iniciais com uma mediana de 3,61 x 104 e 109 EU/ml, respectivamente. Após o preparo químico-cirúrgico, houve uma redução significativa (p <0,05) dos níveis de DNA bacteriano (mediana 7,84 x 103) e endotoxina (mediana 20,2 EU/ml). Entretanto, não houve redução de DNA bacteriano após as etapas seguintes. Com relação a endotoxina, houve redução significativa (p <0,05) após a medicação intracanal (9,58 EU/mL). Correlação positiva foi observado entre os níveis de endotoxina e a indução de citocinas pró-inflamatórias. Produção de IL-1?, IL-6, CCL2 foram observadas em todas as etapas do tratamento. Não houve diferença estatística dos níveis de IL-1 ? detectados nas diferentes amostras (p >0,05). Houve diminuição significativa de IL-6 e CCL-2 entre S1 e S2 (p <0,05). Entretanto, não houve redução dessas citocinas nas amostras S3 ou S4 em relação às amostras S2 (p >0,05). Conclui-se que o PQC foi eficaz na redução de bactérias e endotoxinas dos canais radiculares; enquanto a medicação intracanal influenciou apenas na redução de endotoxina. As amostras após o PQC induziram menores níveis de IL-6 e CCL-2 em fibroblastos humanos do que as amostras antes do tratamento endodôntico. Por outro lado, as demais etapas do tratamento não foram capazes de promover uma redução adicional dessas citocinas. / This clinical study analyzed bacteria and endotoxins levels before and after endodontic treatment using ultrasonic activation of a calcium hydroxide solution and an intracanal medication and its correlation with pro-inflammatory cytokines induction by human fibroblasts. Twenty-three patients with teeth with primary apical periodontitis were submitted to endodontic treatment. The root canal preparation of all the teeth was carried out with reciprocating files and 2.5% NaOCl during preparation; and 17% EDTA for smear layer removal, supplemented with the ultrasonic activation of a solution of calcium hydroxide. The root canals were medicated with calcium hydroxide for 14 days and then obturated. Microbiological sampling were performed before (S1) and after the root canal preparation (S2), after ultrasonic activation protocol (S3) and after intracanal medication (S4). The samples were analyzed by quantitative PCR (qPCR) using universal primers quantification of bacteria after DNA extraction; LAL turbidimetric test for detection and determination of endotoxin and ELISA for evaluate the cytokine production (IL-1?, IL-6, CCL2) by humam fibroblasts culture. Data was analyzed by Wilcoxon and Q cochran tests for the quantitative analysis of bacteria and endotoxins. ANOVA and tukey test, with significance level of 5%, were used for quantification of cytokine levels and Pearson\'s test for correlation between endotoxins and cytokine levels. Bacteria and endotoxins were observed in all initial samples with a median of 3.61 x 104 and 109 EU/ml respectively. After root canal preparation, there was a significant reduction (p<0,05) of bacterial DNA (median 7.84 x 103) and endotoxin (median 20.2 EU/ml). However, there was no reduction of bacterial DNA after following steps. Regarding endotoxin, there was a significant reduction (p <0.05) after intracanal medication (9.58 EU / mL), A positive correlation was observed between endotoxins and cytokine induction. Production of IL-1?, IL-6, CCL2 were observed in all stages of treatment.. There was no statistical difference between the presence of IL-1? in each step of the treatment (p >0.05). There was a significant decrease in the presence of the proinflammatory cytokine IL-6 and CCL-2 between the initial stage of endodontic treatment (S1) and the next step (S2) (p <0.05). However, in the following steps (S3 and S4) there was no reduction (p >0.05). It was concluded that the root canal preparation was effective in reducing bacteria and endotoxins, and intracanal medication only influenced in endotoxin reduction. Samples after the root canal preparation induced lower levels of IL-6 and CCL-2 in human fibroblasts than samples before endodontic treatment, whereas other stages of the endodontic treatment were not able to promote an additional reduction.