Les plantes envahissantes menacent la biodiversité ainsi que les activités humaines. Afin de les maîtriser, la pulvérisation d'herbicides est une méthode fréquemment employée en Amérique du Nord. Cette approche ne fait pas toujours consensus et est même parfois interdite ou restreinte, ce qui justifie le recours à d'autres options. Les alternatives peuvent toutefois s'avérer rares, comporter d'importantes limitations ou sont peu documentées. Cette étude vise à tester l’efficacité de méthodes permettant de maîtriser et de prévenir les invasions de roseau commun (Phragmites australis), l'une des plantes envahissantes les plus problématiques sur le continent nord-américain, tout en limitant au minimum l'utilisation d'herbicides. Le potentiel de quatre méthodes de lutte aux petites populations de roseau bien établies a d'abord été évalué : l’excavation avec enfouissement sur place, le bâchage, l’excavation avec enfouissement sur place combinée au bâchage, et la fauche répétée. Les résultats ont montré que l'excavation avec enfouissement sur place, avec ou sans bâchage, a entraîné une élimination presque totale des populations visées, ce qui est comparable ou supérieur à l'effet généralement obtenu avec la pulvérisation d'herbicide. Le bâchage avec des toiles opaques, maintenues pendant un an, a pour sa part entraîné une maîtrise partielle du roseau, suggérant qu'une application prolongée serait nécessaire pour l'éradication de la plante. La fauche répétée, exécutée à raison de cinq fauches par été pendant deux ans, a fourni une efficacité mitigée. Les résultats suggèrent néanmoins que la fauche pendant plusieurs années contribue à affaiblir la plante, ce qui pourrait aider à son confinement. Une méthode additionnelle a été expérimentée afin de traiter les tiges éparses de roseau tout en limitant les risques d'effets hors cibles, soit le badigeonnage manuel d’herbicide. Suite à ces tests, les résultats ont montré une diminution importante de la densité des tiges, ce qui suggère que la méthode est efficace afin d'éliminer les repousses après un traitement initial, et pourrait également être employée sur de jeunes populations clairsemées. L'effet d'un ensemencement préventif de plantes herbacées sur l'établissement de semis de roseau a également été étudié, suite à des traitements sur de vastes parcelles de sol nu. Les résultats suggèrent que la méthode est efficace afin de limiter la propagation du roseau par semences et qu'un suivi périodique suite à l'intervention serait suffisant afin de maintenir l'effet préventif. / Invasive plants threaten biodiversity as well as human activities and in North America, attempts to control them often rely on the spraying of herbicides. This approach does not always achieve consensus and is sometimes forbidden or restricted, encouraging managers to consider other options. Alternatives can however prove to be rare, involve serious limitations or be poorly documented. This study aims at testing the efficiency of methods for the control and prevention of invasions by common reed (Phragmites australis), one of the most problematic invasive plants on the North American continent, all while reducing herbicide use to a minimum. The potential of four methods for the control of small, well established stands of common reed has first been evaluated: excavation and on-site burial, covering with heavy-duty tarps, excavation and on-site burial combined with covering with heavy-duty tarps, and repeated cutting. Results have shown that excavation with on-site burial, followed or not by covering with heavy-duty tarps, led to an almost complete elimination of the populations targeted, which is comparable or superior to the effect typically obtained with herbicide spraying. Covering common reed with opaque heavy-duty tarps, held in place for one year, lead to partial control of the plant, suggesting that holding the tarps in place for a longer period would be necessary to foresee the eradication. Cutting, repeated five times per summer for two years, gave mixed results. The results suggest, however, that cutting during multiple years contributes to weakening the plant, which could help to its confinement. An additional method, the hand-wicking of common reed stems with herbicide, has been tested to treat scattered stems while limiting off-target effects. Following these tests, the results have shown an important reduction of the density of reed stems, which suggests that the method is effective to control common reed regrowth after an initial treatment, and could be used on young stands. The effect of seeding herbaceous plants on the establishment of common reed seedlings has also been evaluated, following the sowing of vast plots of bare soil. The results suggest that the method is an efficient way of limiting the propagation of common reed through seed dispersal. Results also suggest that periodic follow-ups to eliminate seedlings would be sufficient to maintain the preventive effect.

Les plantes envahissantes sont considérées comme l'une des plus grandes menaces sur les espèces, mais leurs impacts sur les amphibiens demeurent peu connus. L’objectif de ce projet est de déterminer l’effet de l’établissement du roseau commun (Phragmites australis) sur la répartition des amphibiens et sur leur développement larvaire. Il est présumé que cette plante s'accapare l'espace et les ressources disponibles en produisant une importante biomasse, qu’elle peut modifier l’hydrologie des marais et la structure des communautés d’amphibiens. J’ai évalué les facteurs influençant la répartition des amphibiens selon les caractéristiques des étangs et du paysage dans 50 sites envahis ou non à divers degrés. Des expériences ont également été menées afin d’étudier les répercussions de trois densités de roseau sur des têtards de la Grenouille des bois (Lithobates sylvaticus) et sur la qualité de son habitat. Mes résultats suggèrent que le roseau à forte densité ralentit le développement larvaire de la grenouille des bois et influence les assemblages phytoplanctoniques. Cependant, il n’y a aucune relation entre la densité de la plante et la survie, la morphologie des têtards et les caractéristiques biotiques et abiotiques de l’eau. Dans notre aire d’étude, le paysage autour des étangs a une plus grande influence sur la répartition des amphibiens que l'établissement du roseau. Toutefois, la probabilité d’assèchement est plus élevée lorsque la plante est établie en grande quantité, ce qui, si l’envahissement s’intensifie, aura un effet néfaste sur la survie des têtards et mettra en péril la persistance des populations. / Invasive plants are considered one of the greatest threats to species, but their impact on amphibians is still poorly understood. The objective of this project is to determine the effect of the establishment of common reed (Phragmites australis) on amphibian distribution and larval development. It is thought that this plant monopolizes space and resources by producing a large biomass, and may alter wetland hydrology and amphibian community structure. I evaluated the factors influencing amphibian distribution according to the characteristics of ponds and the surrounding landscape in 50 sites invaded or not by reeds to varying degrees. Experiments were also conducted to study the impacts of three reed densities on wood frog tadpoles (Lithobates sylvaticus) and the quality of their habitat. My results suggest that high reed density slows wood frog larval development and influences phytoplankton assemblages. However, there is no relationship between, plant density and survival, tadpole morphology and water biotic and abiotic characteristic. In our study area, the landscape surrounding ponds has a greater influence on amphibian distribution than does reed establishment. However, the desiccation probability is higher when the plant is established in high quantities, which, if the invasion intensifies, will have an adverse effect on tadpole survival and therefore population persistence.

On assiste depuis une centaine d'années à l 'expansion du roseau commun (Phragmites australis) dans les milieux humides de l'Amérique du Nord. Récemment, on a montré que ce phénomène était dû à l'introduction d'un génotype eurasiatique de roseau (génotype M) particulièrement compétitif. On attribue l'expansion des populations de roseau à des perturbations d'origine anthropique, comme la construction et l'entretien des réseaux routiers ou le développement résidentiel près des milieux humides. On connaît toutefois encore peu de choses sur les stratégies qu'utilise cette plante pour coloniser les milieux riverains lacustres. Dans le cadre de ce projet, j'ai examiné l'invasion récente du Grand lac Saint-François par le roseau. Ce lac est situé à la frontière des régions de Chaudière-Appalaches et de l 'Estrie (Québec). À l'été 2006, toutes les berges du lac ont été parcourues en canot afin de cartographier l'ensemble des populations de roseau et de colliger des informations sur ces dernières. Les populations sur le bord des routes de la région ceinturant le lac ont aussi été cartographiées. D'autres données spatiales caractérisant les populations ont été générées grâce à un système d'information géographique. Un modèle de régression logistique binaire a été réalisé afin de circonscrire les facteurs qui expliquent la présence ou l'absence d'une population de roseau en un point donné autour du lac. Au total, 345 populations de roseau occupaient les berges du Grand lac Saint-François. Toutes les populations de roseau étaient du génotype exotique (génotype M). Elles étaient particulièrement abondantes dans la partie nord du lac, que ce soit sur les berges ou le long des routes asphaltées. C'est aussi dans ce secteur qu'on trouve la plus grande densité de résidences et de routes. Le modèle statistique montre que plus la rive du lac est proche d'une route asphaltée ou de l'exutoire du lac, plus les probabilités d'y trouver une population de roseau sont élevées. Le scénario d'envahissement le plus probable est que des graines (ou des fragments de tige) de populations routières de roseau se soient disséminées des routes vers les rives du lac et aient ensuite germé, produisant ainsi de nouvelles populations. Ce projet constitue une première analyse de la situation de l'envahissement du Grand lac Saint-François par le roseau. Il met en relief le rôle des corridors routiers quant aux risques d'envahissement des plans d'eau. Dans le cas du Grand lac Saint-François, il est primordial de déterminer quels sont les sites du lac ayant le plus grand intérêt écologique et de mettre en place des mesures pour empêcher le roseau de s'y installer et d'y proliférer.

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Combiner les drones et l’intelligence artificielle afin de cartographier la végétation représente une nouvelle approche prometteuse susceptible d’améliorer la détection des espèces végétales exotiques envahissantes (EVEE). La résolution au sol élevée atteignable avec les drones et les innovations récentes en vision par ordinateur, notamment avec les réseaux neuronaux convolutifs, laissent penser qu'une détection précoce des EVEE serait possible, favorisant ainsi leur gestion. Dans cette étude, nous avons évalué la pertinence de cette approche pour cartographier l’emplacement du roseau commun (Phragmites australis subsp. australis) à l’intérieur d'un parc national situé dans le sud du Québec, Canada. Nous avons collecté des données à six dates distinctes durant la saison de croissance, couvrant des environnements présentant différents niveaux d'envahissement par le roseau. De façon générale, la performance du modèle était élevée pour les différentes dates et zones, surtout au niveau du rappel (moyenne globale de 0.89). Les résultats ont montré une augmentation de la performance pour atteindre un sommet à la suite de l’apparition de l’inflorescence en septembre (F1-score le plus haut à 0.98). De plus, une diminution de la résolution spatiale affectait négativement le rappel (diminution de 18% entre une résolution au sol de 0,15 cm pixel-1 et 1,50 cm pixel-1), mais n’avait pas un impact important sur la précision (diminution de 2%). Malgré des défis associés à la cartographie du roseau commun dans un contexte de gestion post-traitement, l'utilisation de drones et de l'apprentissage profond montre un grand potentiel pour la détection des EVEE lorsque appuyé par un jeu de données adapté. Nos résultats montrent que, d'un point de vue opérationnel, cette approche pourrait être un outil efficace pour accélérer le travail des biologistes sur le terrain et assurer une meilleure gestion des EVEE. / The combination of unoccupied aerial vehicles (UAVs) and artificial intelligence to map vegetation represents a promising new approach to improve the detection of invasive alien plant species (IAPS). The high spatial resolution achievable with UAVs and recent innovations in computer vision, especially with convolutional neural networks, suggest that early detection of IAPS could be possible, thus facilitating their management. In this study, we evaluated the suitability of this approach for mapping the location of common reed (Phragmites australis subsp. australis) within a national park located in southern Quebec, Canada. We collected data on six distinct dates during the growing season, covering environments with different levels of reed invasion. Overall, model performance was high for the different dates and zones, especially for recall (mean of 0.89). The results showed an increase in performance, reaching a peak following the appearance of the inflorescence in September (highest F1-score at 0.98). Furthermore, a decrease in spatial resolution negatively affected recall (18% decrease between a spatial resolution of 0.15 cm pixel-1 and 1.50 cm pixel-1) but did not have a strong impact on precision (2% decrease). Despite challenges associated with common reed mapping in a post-treatment monitoring context, the use of UAVs and deep learning shows great potential for IAPS detection when supported by a suitable dataset. Our results show that, from an operational point of view, this approach could be an effective tool for speeding up the work of biologists in the field and ensuring better management of IAPS.