Les travaux effectués dans le cadre de cette thèse ont permis de documenter un nouveau système modèle par la caractérisation et l'utilisation à.''Arabidopsis lyrata, une espèce apparentée à la plante modèle Arabidopsis thaliana. L'intérêt de ce nouveau système modèle tient au fait qu'il pourra contribuer à la compréhension de l'évolution des génomes et de la spéciation chez les plantes. Dans cette étude, la stratégie d'un croisement pseudotestcross réciproque {A. lyrata ssp. lyrata x A. lyrata ssp. petraea) a été employée afin de construire une carte génétique pour chacune des sous-espèces. Les marqueurs AFLP se sont avérés efficaces pour révéler la couverture des cartes tfA. lyrata mais ont surtout permis d'augmenter la densité des marqueurs sur les groupes de liaisons. Ensuite, nous avons développé un système alternatif pour l'étude de la polyploïdie chez Arabidopsis. Un processus en deux étapes comprenant un croisement A. thaliana x A. lyrata ssp. petraea suivi d'un événement spontané de doublement chromosomique a permis d'obtenir des allopolyploïdes. Plusieurs phénomènes observés chez ces allopolyploïdes suggèrent la présence d'un choc génomique. Des changements génétiques et épigénétiques ont été décrits avec ce système modèle. A. lyrata possède un ensemble de caractéristiques intéressantes pour devenir un nouvel outil de travail en génétique moléculaire des plantes. / The work carried out within this thesis resulted in the description of a novel model system by characterizing and using Arabidopsis lyrata, a close relative species of the model plant Arabidopsis thaliana. This new model system could contribute to a better understanding of genome evolution and speciation in plants. In this study, a 2-way pseudo-testcross strategy {A. lyrata subsp. lyrata x A. lyrata subsp. petraea) was used to construct a genetic map for each subspecies. The AFLP markers proved to be effective to reveal the coverage of A. lyrata maps, but mostly increased marker density on the linkage groups. Then, we developed an alternative system for the study of polyploidy in Arabidopsis. A two-step process involving the cross A. thaliana x A. lyrata subsp. petraea followed by a spontaneous chromosomal doubling generated allopolyploids. Several phenomena observed with these allopolyploids suggest the presence of genomic shock. Genetic and epigenetic changes were described with this model system. A. lyrata has several interesting characteristics to become a new working tool in plant molecular genetics.