La constante augmentation des surfaces cultivées avec des plantes génétiquement modifiées (PGM) pose la question du risque environnemental qu'elles représentent. Afin de documenter cette problématique, nous avons dans un premier temps fait la synthèse de 20 années de recherche sur l'impact potentiel des cultures et des arbres génétiquement modifiés sur les champignons. L'analyse des publications scientifiques sur ce sujet montre que les conséquences des plantes transgéniques tolérantes aux herbicides et aux insectes ravageurs sur les champignons sont sous-étudiées alors qu'elles représentent la majorité des PGM cultivées dans le monde. Des changements significatifs affectant les champignons ont été relevés dans 18 études, dans lesquelles les PGM étudiées n'exprimaient pas de caractères transgéniques laissant présager un effet sur les champignons. En dépit du fait qu'elles sont commercialisées depuis 1996, le risque que les PGM représentent à l'heure actuelle pour les communautés fongiques ne peut être clairement défini à partir des données disponibles. L'impact potentiel de peupliers exprimant une résistance à la kanamycine a été évalué sur la communauté des ectomycorhizes (EM), après 8 années de déploiement au champ. Les mesures qualitatives et quantitatives de la diversité des EM n'ont pas mises en évidence de différence significative entre la structure de la communauté des EM provenant des peupliers témoins et celle provenant des peupliers transgéniques. Par contre, la communauté des EM identifée par l'analyse des extrémités racinaires était significativement différente de celle obtenue par le clonage de l'ADN fongique du sol. Ces deux stratégies d'échantillonnage, en les combinant, se sont révélées complémentaires pour une définition plus fine de la diversité des EM. Des travaux effectués en serre sur les conséquences de la surexpression de l'endochitinase dans les racines et les exsudats racinaires d'épinettes blanches transformées avec le gène ech42 n'ont pas détecté d'effet délétère sur la symbiose ectendomycorhizienne et la biomasse fongique du sol. De plus, les effets potentiels de ces épinettes transgéniques sur deux communautés fongiques provenant de sols forestiers ont été suivis pendant 8 mois. Les analyses ont montré que l'insertion dans le génome des épinettes blanches du gène ech42 et son expression n'affectaient pas de manière significative la biomasse, la diversité et la structure des communautés fongiques des deux sols analysés. Cette thèse a permis de faire le point sur l'impact des PGM sur les champignons et d'évaluer le risque que peuvent représenter différents types d'arbres génétiquement modifiés sur les champignons du sol.