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A General Model for Continuous Noninvasive Pulmonary Artery Pressure Estimation

Smith, Robert Anthony 15 December 2011 (has links) (PDF)
Elevated pulmonary artery pressure (PAP) is a significant healthcare risk. Continuous monitoring for patients with elevated PAP is crucial for effective treatment, yet the most accurate method is invasive and expensive, and cannot be performed repeatedly. Noninvasive methods exist but are inaccurate, expensive, and cannot be used for continuous monitoring. We present a machine learning model based on heart sounds that estimates pulmonary artery pressure with enough accuracy to exclude an invasive diagnostic operation, allowing for consistent monitoring of heart condition in suspect patients without the cost and risk of invasive monitoring. We conduct a greedy search through 38 possible features using a 109-patient cross-validation to find the most predictive features. Our best general model has a standard estimate of error (SEE) of 8.28 mmHg, which outperforms the previous best performance in the literature on a general set of unseen patient data.
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Stochastic density ratio estimation and its application to feature selection / Estimação estocástica da razão de densidades e sua aplicação em seleção de atributos

Braga, Ígor Assis 23 October 2014 (has links)
The estimation of the ratio of two probability densities is an important statistical tool in supervised machine learning. In this work, we introduce new methods of density ratio estimation based on the solution of a multidimensional integral equation involving cumulative distribution functions. The resulting methods use the novel V -matrix, a concept that does not appear in previous density ratio estimation methods. Experiments demonstrate the good potential of this new approach against previous methods. Mutual Information - MI - estimation is a key component in feature selection and essentially depends on density ratio estimation. Using one of the methods of density ratio estimation proposed in this work, we derive a new estimator - VMI - and compare it experimentally to previously proposed MI estimators. Experiments conducted solely on mutual information estimation show that VMI compares favorably to previous estimators. Experiments applying MI estimation to feature selection in classification tasks evidence that better MI estimation leads to better feature selection performance. Parameter selection greatly impacts the classification accuracy of the kernel-based Support Vector Machines - SVM. However, this step is often overlooked in experimental comparisons, for it is time consuming and requires familiarity with the inner workings of SVM. In this work, we propose procedures for SVM parameter selection which are economic in their running time. In addition, we propose the use of a non-linear kernel function - the min kernel - that can be applied to both low- and high-dimensional cases without adding another parameter to the selection process. The combination of the proposed parameter selection procedures and the min kernel yields a convenient way of economically extracting good classification performance from SVM. The Regularized Least Squares - RLS - regression method is another kernel method that depends on proper selection of its parameters. When training data is scarce, traditional parameter selection often leads to poor regression estimation. In order to mitigate this issue, we explore a kernel that is less susceptible to overfitting - the additive INK-splines kernel. Then, we consider alternative parameter selection methods to cross-validation that have been shown to perform well for other regression methods. Experiments conducted on real-world datasets show that the additive INK-splines kernel outperforms both the RBF and the previously proposed multiplicative INK-splines kernel. They also show that the alternative parameter selection procedures fail to consistently improve performance. Still, we find that the Finite Prediction Error method with the additive INK-splines kernel performs comparably to cross-validation. / A estimação da razão entre duas densidades de probabilidade é uma importante ferramenta no aprendizado de máquina supervisionado. Neste trabalho, novos métodos de estimação da razão de densidades são propostos baseados na solução de uma equação integral multidimensional. Os métodos resultantes usam o conceito de matriz-V , o qual não aparece em métodos anteriores de estimação da razão de densidades. Experimentos demonstram o bom potencial da nova abordagem com relação a métodos anteriores. A estimação da Informação Mútua - IM - é um componente importante em seleção de atributos e depende essencialmente da estimação da razão de densidades. Usando o método de estimação da razão de densidades proposto neste trabalho, um novo estimador - VMI - é proposto e comparado experimentalmente a estimadores de IM anteriores. Experimentos conduzidos na estimação de IM mostram que VMI atinge melhor desempenho na estimação do que métodos anteriores. Experimentos que aplicam estimação de IM em seleção de atributos para classificação evidenciam que uma melhor estimação de IM leva as melhorias na seleção de atributos. A tarefa de seleção de parâmetros impacta fortemente o classificador baseado em kernel Support Vector Machines - SVM. Contudo, esse passo é frequentemente deixado de lado em avaliações experimentais, pois costuma consumir tempo computacional e requerer familiaridade com as engrenagens de SVM. Neste trabalho, procedimentos de seleção de parâmetros para SVM são propostos de tal forma a serem econômicos em gasto de tempo computacional. Além disso, o uso de um kernel não linear - o chamado kernel min - é proposto de tal forma que possa ser aplicado a casos de baixa e alta dimensionalidade e sem adicionar um outro parâmetro a ser selecionado. A combinação dos procedimentos de seleção de parâmetros propostos com o kernel min produz uma maneira conveniente de se extrair economicamente um classificador SVM com boa performance. O método de regressão Regularized Least Squares - RLS - é um outro método baseado em kernel que depende de uma seleção de parâmetros adequada. Quando dados de treinamento são escassos, uma seleção de parâmetros tradicional em RLS frequentemente leva a uma estimação ruim da função de regressão. Para aliviar esse problema, é explorado neste trabalho um kernel menos suscetível a superajuste - o kernel INK-splines aditivo. Após, são explorados métodos de seleção de parâmetros alternativos à validação cruzada e que obtiveram bom desempenho em outros métodos de regressão. Experimentos conduzidos em conjuntos de dados reais mostram que o kernel INK-splines aditivo tem desempenho superior ao kernel RBF e ao kernel INK-splines multiplicativo previamente proposto. Os experimentos também mostram que os procedimentos alternativos de seleção de parâmetros considerados não melhoram consistentemente o desempenho. Ainda assim, o método Finite Prediction Error com o kernel INK-splines aditivo possui desempenho comparável à validação cruzada.
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Stochastic density ratio estimation and its application to feature selection / Estimação estocástica da razão de densidades e sua aplicação em seleção de atributos

Ígor Assis Braga 23 October 2014 (has links)
The estimation of the ratio of two probability densities is an important statistical tool in supervised machine learning. In this work, we introduce new methods of density ratio estimation based on the solution of a multidimensional integral equation involving cumulative distribution functions. The resulting methods use the novel V -matrix, a concept that does not appear in previous density ratio estimation methods. Experiments demonstrate the good potential of this new approach against previous methods. Mutual Information - MI - estimation is a key component in feature selection and essentially depends on density ratio estimation. Using one of the methods of density ratio estimation proposed in this work, we derive a new estimator - VMI - and compare it experimentally to previously proposed MI estimators. Experiments conducted solely on mutual information estimation show that VMI compares favorably to previous estimators. Experiments applying MI estimation to feature selection in classification tasks evidence that better MI estimation leads to better feature selection performance. Parameter selection greatly impacts the classification accuracy of the kernel-based Support Vector Machines - SVM. However, this step is often overlooked in experimental comparisons, for it is time consuming and requires familiarity with the inner workings of SVM. In this work, we propose procedures for SVM parameter selection which are economic in their running time. In addition, we propose the use of a non-linear kernel function - the min kernel - that can be applied to both low- and high-dimensional cases without adding another parameter to the selection process. The combination of the proposed parameter selection procedures and the min kernel yields a convenient way of economically extracting good classification performance from SVM. The Regularized Least Squares - RLS - regression method is another kernel method that depends on proper selection of its parameters. When training data is scarce, traditional parameter selection often leads to poor regression estimation. In order to mitigate this issue, we explore a kernel that is less susceptible to overfitting - the additive INK-splines kernel. Then, we consider alternative parameter selection methods to cross-validation that have been shown to perform well for other regression methods. Experiments conducted on real-world datasets show that the additive INK-splines kernel outperforms both the RBF and the previously proposed multiplicative INK-splines kernel. They also show that the alternative parameter selection procedures fail to consistently improve performance. Still, we find that the Finite Prediction Error method with the additive INK-splines kernel performs comparably to cross-validation. / A estimação da razão entre duas densidades de probabilidade é uma importante ferramenta no aprendizado de máquina supervisionado. Neste trabalho, novos métodos de estimação da razão de densidades são propostos baseados na solução de uma equação integral multidimensional. Os métodos resultantes usam o conceito de matriz-V , o qual não aparece em métodos anteriores de estimação da razão de densidades. Experimentos demonstram o bom potencial da nova abordagem com relação a métodos anteriores. A estimação da Informação Mútua - IM - é um componente importante em seleção de atributos e depende essencialmente da estimação da razão de densidades. Usando o método de estimação da razão de densidades proposto neste trabalho, um novo estimador - VMI - é proposto e comparado experimentalmente a estimadores de IM anteriores. Experimentos conduzidos na estimação de IM mostram que VMI atinge melhor desempenho na estimação do que métodos anteriores. Experimentos que aplicam estimação de IM em seleção de atributos para classificação evidenciam que uma melhor estimação de IM leva as melhorias na seleção de atributos. A tarefa de seleção de parâmetros impacta fortemente o classificador baseado em kernel Support Vector Machines - SVM. Contudo, esse passo é frequentemente deixado de lado em avaliações experimentais, pois costuma consumir tempo computacional e requerer familiaridade com as engrenagens de SVM. Neste trabalho, procedimentos de seleção de parâmetros para SVM são propostos de tal forma a serem econômicos em gasto de tempo computacional. Além disso, o uso de um kernel não linear - o chamado kernel min - é proposto de tal forma que possa ser aplicado a casos de baixa e alta dimensionalidade e sem adicionar um outro parâmetro a ser selecionado. A combinação dos procedimentos de seleção de parâmetros propostos com o kernel min produz uma maneira conveniente de se extrair economicamente um classificador SVM com boa performance. O método de regressão Regularized Least Squares - RLS - é um outro método baseado em kernel que depende de uma seleção de parâmetros adequada. Quando dados de treinamento são escassos, uma seleção de parâmetros tradicional em RLS frequentemente leva a uma estimação ruim da função de regressão. Para aliviar esse problema, é explorado neste trabalho um kernel menos suscetível a superajuste - o kernel INK-splines aditivo. Após, são explorados métodos de seleção de parâmetros alternativos à validação cruzada e que obtiveram bom desempenho em outros métodos de regressão. Experimentos conduzidos em conjuntos de dados reais mostram que o kernel INK-splines aditivo tem desempenho superior ao kernel RBF e ao kernel INK-splines multiplicativo previamente proposto. Os experimentos também mostram que os procedimentos alternativos de seleção de parâmetros considerados não melhoram consistentemente o desempenho. Ainda assim, o método Finite Prediction Error com o kernel INK-splines aditivo possui desempenho comparável à validação cruzada.

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