Seminario de Título entregado a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al Título de Biólogo con mención en Medio Ambiente / El Salar de Carcote ubicado a 21°22’36’’S-68°20’55’’O, en la II Región de Antofagasta a 3690msnm corresponde a uno de una serie de sistemas límnicos remanentes de paleolagos desarrollados desde el final del Pleistoceno (̴ 3Ma). Tanto su origen como su desarrollo han generado condiciones que le permiten albergar a comunidades biológicas muy particulares. El salar se encuentra expuesto a fuertes presiones ambientales especialmente ligadas a la disponibilidad de agua, la cual se ve modificada tanto por factores naturales como antropogénicos por lo que es altamente sensible a variaciones en su composición fisicoquímica y biológica, a pesar de lo cual se cuenta con escasa información acerca de la ecología de sus comunidades acuáticas, principalmente asociadas a las vertientes que lo alimentan, y de la respuesta biológica relativa a estas perturbaciones. En vista de estos antecedentes, se realizó un estudio comparativo de la biodiversidad del Salar de Carcote mediante una investigación exploratoria de su dimensión composicional destinada a describir los principales elementos de la comunidad acuática (abundancia, riqueza y diversidad de fitoplancton, zooplancton y macroinvertebrados bentónicos) de una de sus vertientes, analizar su distribución en el ambiente y determinar la calidad de agua por medio de índices bióticos entre campañas pre y post invierno altiplánico. Para el fitoplancton se encontraron 21 taxa, donde los más abundantes corresponden a Dentícula y Amphora, Para el zooplancton se identificaron 6 taxa siendo el más abundante el Copépodo Diacyclops seguido del Cladócero Alonella. En cuanto a los macroinvertebrados, se encontraron 25 taxa donde el género dominante correspondió a Heleobia. Si bien no hubo diferencias significativas (p>0,05) en la variación de la abundancia, riqueza o diversidad para los tres grupos analizados, sí se observó alternancia en los taxa más abundantes y taxa cuya presencia fue registrada sólo en una de las campañas. Además, el zooplancton mostró ser el grupo más sensible al gradiente ambiental de salinidad dado con el curso natural de la vertiente (ANCOVA p<0,05). Se realizó un análisis de redundancia lineal RDA cuyo resultado arrojó que para el fitoplancton la temperatura incide significativamente en la varianza de los datos la cual se explica en un 51% y para el zooplacton donde se explica un 56% de la varianza, la variable que más contribuye es el pH. Ninguno de los modelos mostró una separación clara de los puntos medidos por campaña de muestreo. Los resultados de este análisis para los macroinvertebrados no fueron significativos. Se comparó la biodiversidad encontrada con aquella disponible para otros sistemas de vertientes de la zona correspondientes al Salar de Ascotán y Salar de Huasco encontrándose similitudes menores a un 45% para los tres grupos analizados. En cuanto a la calidad de agua, se encontró valores promedio de pH 7,7, temperatura de 21°C, conductividad de 1215μS y 6mg/L de oxígeno disuelto. Sólo el pH y la conductividad tuvieron variaciones significativas entre campañas (p<0,05). Los resultados de los índices bióticos difieren entre sí entregando cada uno una categoría distinta que va desde Bastante pobre a Excelente, sin embargo, ninguno varió entre campañas.