La blennie fluviatile (Salaria fluviatilis) est une espèce qui a colonisé l'environnement dulcicole à partir d'un ancêtre marin et habite actuellement lacs et rivières situés autour de la Méditerranée. Comment un tel changement d'environnement peut avoir affecté la structure génétique et le phénotype de cette espèce ? C'est autour de cette question centrale que s'articulent les deux principaux volets de cette thèse. Le premier s'intéresse aux conséquences d'évènements géologiques historiques, affectant la structure génétique de S. fluviatilis. Nous y verrons, entre autres, qu'à l'intérieur du bassin occidental de la Méditerranée, les localisations les plus nordiques ont été colonisées à partir de deux refuges glaciaires. Le deuxième volet est centré sur l'adaptation et l'acclimatation que nécessite un tel changement d'environnement. Il y sera révélé que les réponses de la forme du corps et la longueur des nageoires face à la vitesse du courant sont contrôlées par un déterminisme environnemental chez la blennie fluviatile. Ensemble, ces deux volets permettent de mieux comprendre les processus derrière la différenciation des populations dans un contexte de colonisation d'un nouvel environnement. / The freshwater blenny (Salaria fluviatilis) colonised the freshwater environment from a marine ancestor and now inhabits lakes and rivers around the Mediterranean Sea. How this important environmental change affected the genetic structure and the phenotype of this species ? It is around this central question that two major axes will be developed in this thesis. The first axis focus on the consequences of historical geologic events that affected the genetic structure of S. fluviatilis. It will be show that the northern locations of the Occidental basin of the Mediterranean sea were colonised from two different glacial refuges. The second axis focus on the adaptation and acclimation required to colonise a new environment. It will be show that the reponses of body shape and fins length of S. fluviatilis to water velocity are controlled by an environmental determinism. Together, these two axes will allow for a better understanding of populations differentiation process following the colonisation of a new environment.