Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Comúnmente se denominan Piojos de mar a los ectoparásitos copépodos que infestan los cultivos de salmones en el mundo, causantes de grandes pérdidas económicas en la salmonicultura. En Chile la especie que adquiere mayor importancia es Caligus rogercresseyi, presente en el 99% de las jaulas de los centros de cultivo del país La evaluación de la efectividad en terreno de los tratamientos aplicados para controlar la caligidosis es un tema complejo, ya que existen varios factores que influyen sobres las cargas parasitarias que deben ser considerados, pero a la vez, necesario en el escenario sanitario de la salmonicultura en Chile. El objetivo del presente trabajo fue comparar la efectividad de dos tratamientos antiparasitarios, deltametrina y benzoato de emamectina, utilizados en los centros de cultivo del país para el control de esta parasitosis. En el presente estudio se analizaron datos de más de 50 centros de cultivo de salmones, ubicados en las regiones de Los Lagos (X) y Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo (XI), los cuales fueron recolectados entre enero y mayo del año 2008, bajo el marco del programa de Vigilancia y Control de la Caligidosis, implementado por el Servicio Nacional de Pesca (Sernapesca). La información fue analizada utilizando el método del Análisis de la Covarianza (ANCOVA), el cual reúne las técnicas del análisis de la varianza y del análisis de la regresión, permitiendo tratar variables independientes cualitativas (factores) y cuantitativas (covariables). Se crearon dos modelos, uno para identificar diferencias entre las cargas totales, y otro para identificar diferencias entre las proporciones de juveniles. Los resultados muestran que existen menores cargas parasitarias totales en el grupo tratado con deltametrina, con una carga media de 7,7 parásitos por pez. Además, este mismo grupo presenta una mayor proporción de parásitos juveniles (0,45) que el tratado con benzoato de emamectina (0,28). La variable peso presentó una asociación positiva con las cargas totales, mientras que el factor centro resultó ser significativo en ambos modelos, explicando un gran porcentaje de la variabilidad de estos. Variables como temperatura, salinidad, densidad, biomasa del centro, biomasa de la jaula, número de peces del centro, número de peces de la jaula y el factor tiempo resultaron no ser significativos en los modelos