Thèse ou mémoire avec insertion d'articles. / Plus d'un siècle s'est écoulé depuis le premier signalement de la furonculose, une maladie affectant les salmonidés. Au Québec, la furonculose représente environ 25 à 50 % des maladies diagnostiquées chez les salmonidés chaque année. Les options thérapeutiques contre la furonculose se limitent pour la plupart aux vaccins et aux antibiotiques. L'utilisation de vaccins chez les poissons est lourde, coûteuse et peu disponible au Québec. Les antibiotiques constituent le traitement le plus commun. L'utilisation excessive d'antibiotiques augmente le risque de développement de souches résistantes aux antibiotiques. *Aeromonas salmonicida* subsp. *salmonicida*, l'agent causal de la furonculose, a été identifié comme une source importante de gènes de résistance aux antibiotiques, et on sait maintenant que cette bactérie peut transférer ou acquérir des éléments génétiques mobiles même à partir d'autres espèces bactériennes dans les milieux aquatiques. Il est donc impératif d'introduire des traitements alternatifs plus durables. La phagothérapie a retenu l'attention en raison de ses nombreux avantages par rapport aux options thérapeutiques potentielles. L'utilisation de phages individuels, sous forme de cocktail ou même comme adjuvant aux antibiotiques, peut constituer une option thérapeutique prometteuse contre l'infection par la furonculose. Les objectifs de la présente thèse de doctorat étaient: (1) l'étude de la dynamique des cocktails de phages et des interactions bactériennes en milieu liquide; (2) l'isolement de nouveaux phages pour augmenter l'efficacité du futur cocktail qui sera utilisé dans les fermes piscicoles du Québec; (3) le développement d'une métrique fiable pour une interprétation plus facile des courbes de croissance bactérienne traitées avec des phages afin de faciliter la comparaison de plusieurs courbes prenant en compte des profils de croissance de tout type. Avant de réaliser des tests *in vivo*, il était crucial de rationaliser le processus de sélection des phages grâce à des mesures de densité optique de la croissance bactérienne influencée par les phages. Ce travail d'optimisation a confirmé qu'un cocktail de quatre phages à multiplicité d'infection (MOI) de 1 présente la plus grande efficacité lytique contre une bactérie modèle. Cependant, l'utilisation du même cocktail à une MOI identique contre des souches porteuses du Prophage 3 a conduit à un phénomène de résistance qui n'a été observé qu'en milieu liquide. Le phénomène de résistance a été confirmé en testant le même cocktail sur des souches sensibles lysogénéisées par le Prophage 3. Afin de contourner la résistance aux phages observée, et d'augmenter le potentiel lytique du futur cocktail contre la furonculose, une solution consistait à isoler de nouveaux phages en utilisant des souches résistantes comme hôte bactérien. Par conséquent, MQM1, un podophage virulent, a été isolé du mucus de poissons probablement morts à cause de la furonculose. Il a été confirmé que ce phage est dépourvu d'enzymes associées au cycle lysogène et de facteurs de virulence, ce qui indique qu'il pourrait être utilisé en phagothérapie. De plus, en plus de présenter un fort phénotype bactéricide perceptible au moins 24 heures après l'infection chez 87 % des souches porteuses de Prophage 3 trouvées dans la collection *A. salmonicida* subsp. *salmonicida*, MQM1 présentait un taux d'adsorption élevé sur l'hôte bactérien. Dans le cadre de cette thèse, une nouvelle métrique permettant de mesurer quantitativement et de manière fiable l'efficacité lytique des phages contre des hôtes bactériens a été décrite. Cette métrique vise à rationaliser les comparaisons entre les courbes de densité optique non canoniques des bactéries affectées par les phages. Dans le dernier chapitre de cette thèse, les résultats préliminaires des tests *in vivo* menés au LARSEM sont présentés. L'objectif principal de ce premier test *in vivo* était d'évaluer l'impact de la présence de phages sur la santé des poissons et d'évaluer la persistance des phages dans l'eau des poissons en l'absence d'hôte bactérien. Le phage Riv-10 a montré une plus grande persistance dans l'aquarium après 22 jours, mais en général, le titre des phages a considérablement diminué en raison de l'absence d'hôte bactérien. De plus, aucune mortalité ou retard de croissance n'ont été observés chez les poissons suite à l'ajout de phages. Au final, cette thèse de doctorat a montré que pour disposer d'une phagothérapie efficace en aquaculture, il est important d'enrichir constamment le cocktail de phages prêt à l'emploi, par une enquête perpétuelle de l'interaction phage-bactérie, et d'adapter les procédures nécessaires en conséquence. / Over a century has passed since the initial report of the disease "furunculosis" affecting brown trout. Yet, it remains a significant challenge in ensuring the sustainability of the aquaculture industry. In Quebec, furunculosis accounts for approximately 25% to 50% of diagnosed diseases in salmonids. The treatment options for furunculosis are mostly limited to vaccines and antibiotics. The use of vaccines in fish is cumbersome, expensive, and not quite being used in Quebec, and the antibiotics are the prominent treatment currently available. The excessive antibiotics utilization increases the risk of development of antibiotic resistant strains. *Aeromonas salmonicida* subsp. *salmonicida*, the causal agent of furunculosis, has been identified as a significant source of antibiotic-resistant genes, and it is now known that it could transfer/acquire mobile genetic elements both between species and within the same species in aquatic environments. Therefore, it is imperative to introduce alternative treatments that are more sustainable. Phage therapy has garnered attention due to its numerous advantages over potential treatment options. Thus, using phages individually, in a form of cocktail, or even as adjuvant to antibiotics may provide a promising treatment opportunity against furunculosis infection. The objectives of the present doctoral thesis were as follows: (1) to investigate the dynamics of phage cocktails and bacteria interaction in liquid assay; (2) to isolate new phages to increase the efficiency of the future « prêt-à-porter » phage cocktail which will be used in Quebec fish farms; (3) to develop a trustable quantitative metric for easier interpretation of phage-treated bacterial growth curves to facilitate the comparison of multiple curves taking into account growth profiles of all types. To adhere to the 3R rule (Replacement, Reduction, & Refinement) before conducting *in vivo* tests involving various combinations of phages, it was crucial to streamline the selection process through optical density measurements of bacterial growth when mixed with phages Additionally, the optical density measurements could help to better understand the dynamics of phage-bacteria interactions. A four-phage cocktail at multiplicity of infection (MOI) of 1 was confirmed to provide the highest lytic efficiency against a model bacterium. However, using the same cocktail at the same MOI against strains bearing Prophage 3 led to a resistance phenomenon which was only observed in liquid media. The resistance phenomenon was confirmed by testing the same cocktail on sensitive strains which were lysogenized by Prophage 3. In order to bypass the observed phage resistance, and to increase the lytic potential of the future phage cocktail against furunculosis, one solution was to isolate new phages by using resistant strains as the bacterial host. Consequently, MQM1, a virulent podophage, was isolated from the mucus of deceased fish suspected of having furunculosis. This phage was confirmed to lack enzymes associated with the lysogenic cycle and virulence, indicating that it may be useful in phage therapy. Additionally, apart from displaying a strong bactericidal phenotype that was noticeable at least 24 hours after infection in 87% of the Prophage 3-bearing strains found in the *Aeromonas* collection, MQM1 exhibited a high adsorption rate on the bacterial host. As part of this thesis, the development of a novel metric for quantitatively and reliably measuring the lytic efficiency of phages against bacterial hosts was introduced. This metric aims to streamline comparisons among non-canonical optical density curves of bacteria challenged with phages. In the final chapter of this thesis, the preliminary results of *in vivo* tests conducted at the LARSEM facility are presented. The primary objective of this initial *in vivo* test was to assess the impact of phages on fish health and to evaluate the persistence of phages in fish water in the absence of a bacterial host. Phage Riv-10 displayed greater persistence in the fish tank after 22 days, but in general, phage titers dramatically decreased due to the absence of a bacterial host. Also, no mortality was seen in fish as a result of phage addition. At the end, this doctoral thesis showed that to have an efficient phage therapy strategy in aquaculture, it is important to constantly enrich the ready-to-use phage cocktail, by perpetual investigation of phage-bacteria interactions, and adapt the necessary procedures accordingly.

The fact that some salmon spend only one year and a little more feeding in the sea before returning to their home river has been clearly demonstrated through scale reading and tagging experiments. These fish are called "grilse". In other words, a grilse usually enters its river of origin after one complete year and part of a summer at sea (A.1+) whereas a fully grown salmon (the backbone of a salmon fishery) usually remains in the sea 25 or 26 months (A.2 or A.2+), 36, 37 or 38 months (A.3 or A.3+), and in some rare cases, 48, 49 or 50 months (A.4 or A.4+) up to 60, 61 or 62 months (A.5 or A.5+) n For the past twenty years, the conservation of Salmo salar L. in Swedish rivers has necessitated the erection of modem smolt rearing stations and the undertaking of expensive management programs elsewhere, in order to compensate for the loss of natural spawning and nursing areas which were destroyed, in one river after another, by the construction of hydro-electric power developments, or simply by the deterioration of the environment.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2009-2010 / Les poissons de la famille Salmonidae ont posé de nombreuses difficultés aux systématiciens qui ont tenté d'élucider leurs relations évolutives. Plusieurs ambiguïtés persistent à tous les niveaux de la phylogénie de cette famille et un portrait phylogénétique exhaustif comprenant de nombreux représentants de Salmonidae n'a toujours pas été obtenu. Différentes causes ont été suggérées pour expliquer les difficultés à obtenir un consensus phylogénétique, mais la portion relativement restreinte des taxons échantillonnée jusqu'ici pour effectuer les inferences milite en faveur de cette nouvelle stratégie. Dans le cadre de ce projet de maîtrise, des séquences mitochondriales (gènes cytochrome b et cytochrome c oxydase I; 2403 pb) et des AFLP (3304 loci) ont été produits afin de conduire des analyses phylogénétiques sur 107 taxons représentant une portion importante de la biodiversité spécifique de la famille. Afin de vérifier la congruence et la robustesse des différents signaux, de diminuer l'influence d'erreurs stochastiques et d'évaluer l'apport de l'échantillonnage des taxons sur la phylogénie, une supermatrice comprenant l'ensemble des séquences mitochondriales et nucléaires disponibles sur GenBank a été élaborée à partir de ce vecteur de taxons, constituant ainsi le plus grand nombre d'évidences (taxons et caractères) ayant été amenées dans un cadre phylogénétique jusqu'à ce jour. Cette stratégie a permis d'améliorer la résolution phylogénétique par l'augmentation du signal historique et la détection de biais systématiques, mettant en évidence certaines des difficultés biologiques (par ex.: hybridation, radiations) et méthodologiques ayant mené aux nombreuses contradictions entre les hypothèses phylogénétiques précédentes. En plus d'offrir un portrait qui fait plus que doubler le nombre d'espèces incluses dans la phylogénie et d'avoir inféré avec robustesse la séquence évolutive des genres de Salmoninae, la reconstruction temporelle de l'évolution et des taux de diversification obtenue par l'enracinement de l'arbre phylogénétique avec le groupe Esociformes et l'inclusion de cinq points de calibration fossile témoigne de l'ampleur temporelle de l'évolution dans Salmonidae et demande de considérer une nouvelle hypothèse pour l'enracinement de la famille et la séquence évolutive de ses sous-familles.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La bactérie Aeromonas salmonicida utilise le système de sécrétion de type trois (SSTT) pour injecter des effecteurs à l'intérieur des cellules de l'hôte lors de l'infection. L'étude du génome d'A. salmonicida a révélé l'existence d'Ati2, un nouvel effecteur du SSTT. Ce projet avait pour but d'étudier la relation structure-fonction d'Ati2 afin de déterminer son rôle dans la virulence d'A. salmonicida. Des analyses biochimiques et en modélisation moléculaire ont permis de démontrer qu'Ati2 est une inositol polyphosphate 5-phosphatase qui hydrolyse les PtdIns(4,5)P₂ et les PtdIns(3,4,5)P₃. Divers mutants d'Ati2 ont été produits et clones dans des vecteurs d'expression chez l'amibe Dictyostelium discoideum. Les tests d'expression ont démontré qu'Ati2 est toxique pour l'amibe et que cela est lié à son activité catalytique. Ce projet de recherche a ainsi permis de démontrer l'existence d'un nouvel effecteur du SSTT et d'en spécifier la fonction dans la pathogénicité d'A. salmonicida.

Aeromonas salmonicida sous-espèce salmonicida, une bactérie pathogène infectant les poissons, cause une maladie nommée la furonculose qui est traitée par antibiotique. À cause des résistances aux antibiotiques, ceux-ci ne sont plus aussi efficaces. Comme les tests d'antibiogrammes nécessitent sept jours, une PCR multiplex ciblant les gènes de résistance aux antibiotiques homologués (sulfonamides et triméthoprime, tétracyclines, chloramphénicols) permettrait de détecter rapidement ces résistances. Suite à la caractérisation de séquences génomiques et l'optimisation de PCR multiplex, plusieurs souches d’A. salmonicida sous-espèce salmonicida ont été testées et leurs résultats ont été comparés avec ceux obtenus par les tests d'antibiogrammes. Il en ressort que la trousse développée est très performante voire plus que les tests d'antibiogrammes pour détecter les résistances aux sulfonamides, tétracyclines et chloramphénicols tout en étant plus rapide. Une connaissance plus approfondie sur les résistances aux sulfonamides et triméthoprime demeure d’actualité puis l'amélioration de la trousse diagnostique est à envisager. / Aeromonas salmonicida subspecies salmonicida, a pathogenic bacterium that infects fish, causes a disease named furunculosis, which is treated with antibiotics. The latters are not as effective because of antibiotic resistances. As the susceptibility tests require seven days, a multiplex PCR targeting the genes coding resistances against homologated antibiotics (sulfonamides and trimethoprim, tetracyclines, chloramphenicols) would detect resistance rapidly. Following the characterization of genomic sequences and optimization of multiplex PCR, several strains of A. salmonicida subspecies salmonicida were tested and the results were compared with those obtained by the susceptibility tests. It shows that the kit is highly efficient even more rapidly than the susceptibility tests to detect resistance to sulfonamides, tetracyclines and chloramphenicols while being faster. A deeper knowledge about sulfonamides and trimethoprim resistance and the improvement of the diagnostic kit should be considered.

Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida est une bactérie à Gram négatif causant la furonculose, une infection opportuniste des salmonidés d'élevage. Les méthodes actuelles de traitement contre la furonculose reposent fortement sur l'antibiothérapie. Cependant, une proportion importante des souches de cet agent pathogène opportuniste des poissons possède des gènes de résistance aux principaux antibiotiques utilisés pour guérir la furonculose. La présente thèse discute en détail de l'importance des interactions hôte-microbiote chez les salmonidés d'élevage et des mesures pouvant améliorer la résistance aux infections chez les salmonidés. Ces mesures peuvent être à large échelle (p. ex. la mise à place d'un système de recirculation de l'eau) ou à petite échelle (p. ex. l'administration de bactéries mutualistes aux poissons). Il y est également illustré comment des symbiontes endogènes de l'Omble de fontaine (ML11A et TM18) et une bactérie à acide lactique exogène (Bactocell) peuvent être mis à profit pour inhiber A. salmonicida subsp. salmonicida, augmenter la croissance et l'immunité innée d'Omble de fontaine et rétablir l'interaction fonctionnelle hôte-microbiote chez l'Omble de fontaine infecté à la furonculose. Lorsqu'ils sont administrés quotidiennement à des alevins vivants d'omble de fontaine, ML11A, TM18 et Bactocell ont contribué à améliorer plusieurs paramètres de leur état physiologique tels que le poids corporel moyen, le facteur de condition de Fulton et l'activité du lysozyme plasmatique (un indicateur de l'activité immunitaire innée). En contexte d'infection expérimentale de furonculose, les Ombles qui ont reçu des doses quotidiennes de TM18 et de Bactocell avaient deux fois moins de mortalité que le groupe témoin « infecté-non traité », mais seulement dans de l'eau à 13,6 °C. Dans l'eau à 15,6 °C, il n'y a pas eu de réduction significative de la mortalité. ML11A n'a pas réduit de manière significative la mortalité à l'une ou l'autre de ces deux températures. L'Omble de fontaine infecté traité avec Bactocell avait un transcriptome microbien intestinal extrêmement différent des poissons non infectés et infectés. Bactocell semble favoriser la restauration de l'expression génique nominale de l'hôte, mais en remodelant le transcriptome microbien intestinal dans un état d'eubiose différent de celui des ombles sains (non infectés). ML11A et TM18 semblent agir selon un mécanisme opposé à celui du Bactocell, c'est-à-dire en modulant l'expression des gènes de l'hôte impliqués dans la réponse à l'infection, sans altérer le transcriptome du microbiote (tous tissus confondus). Des perspectives intéressantes aux travaux de la présente thèse, par exemple combiner des souches probiotiques en un ou plusieurs traitements, vérifier la réactivité croisée de ces derniers avec d'autres traitements (conventionnels ou expérimentaux), considérer l'apport de différentes conditions environnementales sur le système Omble de fontaine - microbiote, sont également explorées. / Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida is a gram-negative bacterium that causes furunculosis, an opportunistic infection of farmed salmonids. Current treatment methods for furunculosis rely heavily on antibiotic therapy. However, a large proportion of strains of this opportunistic pathogen possesses genes for resistance to the main antibiotics used to cure furunculosis. This thesis discusses in detail the importance of host-microbiota interactions in farmed salmonids and discusses measures that can improve resistance to infections in salmonids. These measures can be large-scale (e.g. setting up a water recirculation system) or small-scale (e.g. administering mutualistic bacteria to fish). It is also illustrated how endogenous brook trout symbionts (ML11Aand TM18) and an exogenous lactic acid bacterium (Bactocell) can be used to inhibit A. salmonicida subsp. salmonicida, stimulate the growth and innate immunity of brook trout, and re-establishing the host-microbiota functional interaction in brook trout infected with furunculosis. When administered daily to live brook trout fry, ML11A, TM18 and Bactocell helped improve several parameters of their physiological state such as mean body weight, Fulton condition factor and plasma lysozyme activity (an indicator of innate immune activity). In the context of an experimental furunculosis infection, brook charr that received daily doses of TM18 and Bactocell had twice less mortality than the "infected-untreated" control group, but only in 13.6 °C water. In water at 15.6 °C, there was no significant reduction in mortality. ML11A did not significantly reduce mortality at either of these two temperatures. Infected brook trout treated with Bactocell had an extremely different gut microbial transcriptome from uninfected and infected fish. Bactocell appears to promote the restoration of nominal host gene expression, but by remodeling the gut microbial transcriptome into a different eubiotic state from that of healthy (uninfected) charr. The brook trout probionts ML11A and TM18 appear to act according to a mechanism opposite to that of Bactocell, i.e. by modulating the expression of the host genes involved in the response to infection, without altering the microbiota transcriptome (for all tissues combined). Interesting perspectives for the work of this thesis are also explored like combining probiotic strains in one or more treatments, assessing the cross-reactivity of these with other treatments (conventional or experimental), or considering the contribution of different environmental conditions to the brook charr-microbiota system.

Le développement du sexe est un processus fondamental et versatile qui forme la morphologie, la physiologie et le comportement des animaux. Le processus de développement sous-jacent est composé de la détermination et de la différentiation du sexe. Les mécanismes de détermination du sexe sont souvent génétiques et nommés gènes de détermination du sexe. A l’heure actuelle, parmi les gènes de détermination connus, trois familles de gènes nommément sox, dmrt and les facteurs TGF-ß gouvernent ce processus de développement.Comme exception à cette règle, sdY « sexually dimorphic on the Y » n’appartient à aucune de ces familles puisqu’il provient d’une duplication/évolution d’un gène ancestral de l’immunité, c’est-à-dire d’un facteur lié à l’interféron, irf9. sdY est le gène maître de la détermination du sexe chez les salmonidés, un groupe de poissons incluant des espèces tel que la truite arc-en-ciel et le saumon Altantique. L’étude présentée avait pour but de premièrement caractériser les propriétés de la protéine SdY. Deuxièment, l’étude a pour but de comprendre comment SdY pouvait entraîner la différentiation testiculaire. Les résultats pris dans leur ensemble proposent que SdY pourrait entraîner la différentiation testiculaire chez les salmonidés en interagissant avec un facteur prédominant de la voie femelle. / Sexual development is a fundamental and versatile process that shapes animal morphology, physiology and behavior. The underlying developmental process is composed of the sex determination and the sex differentiation. The initial triggers are often genetics called sex determining genes. To date, among the known sex determining genes, three gene families namely sox, dmrt and TGF-ß factors govern this developmental program. As exception to this rule, sdY “sexually dimorphic on the Y” does not belong to one of these families as it comes from the duplication / evolution of an ancestor gene related to immunity, i.e., the interferon related factor 9, irf9.sdY is the master sex determining gene in salmonids, a group of fishes that include species such as rainbow trout and Atlantic salmon. The present study was aimed to firstly characterize the features of SdY protein. Results indicate that SdY is predominantly localized in the cytoplasm, composed of a ß-sandwich core surrounded by three a-helices as well specific characteristics conferring a putative protein-protein interaction site. Secondly, the study was aimed to understand how SdY could trigger testicular differentiation. Altogether results propose that SdY would trigger testicular differentiation in salmonids by interacting with a prominent female factor.

De l’éclosion à l’abattage, le saumon Atlantique et la truite arc-en-ciel d’élevage sont soumis à divers événements inducteurs de stress. Le stress influe directement sur la physiologie, le comportement et les performances zootechniques des animaux. Ainsi, l’intérêt grandissant du public pour le bien-être des animaux nous a amené à améliorer les connaissances sur le stress des salmonidés d’élevage pour en proposer des méthodes d’évaluation et de contrôle. Partant de ce constat, nous avons étudié les conséquences de deux situations inductrices de stress et proposé une méthode d’évaluation du bien-être de la truite arc-en-ciel d’eau douce. Nous avons ensuite étudié l’interaction entre stress et pathologie à travers l’exemple du parasite du saumon Lepeophtheirus salmonis. Après avoir mis au point un test d’attractivité du saumon pour ce parasite, nous avons étudié les conséquences du stress aigu puis chronique sur l’attractivité des saumons. Le stress de manipulation augmente l’attractivité des saumons pour le parasite, alors qu’il n’y a pas de différence entre les saumons stressés chroniquement et les témoins. Nous avons ensuite proposé une méthode de contrôle de ce parasite en isolant un sémiochimique issu du mucus de saumon et inhibant l’attachement du parasite. L’ensemble de nos travaux ouvre des perspectives intéressantes quant à l’amélioration des méthodes d’évaluation et de contrôle du stress en élevage des salmonidés. L’étude des conséquences du stress est importante pour mesurer l’impact, à la fois sur le bien-être de l’animal, mais aussi sur les coûts de production. Le sémiochimique inhibiteur de l’attachement du parasite sur le saumon promet de nombreuses études pour comprendre ses mécanismes d’action et son éventuelle utilisation en élevage. / From hatching to slaughter, Atlantic salmon and Rainbow trout are subjected to several stressful events. Stress impairs physiological, behavioral and zootechnical performances of animals. The public interest in animal welfare brings us to study the assessment and control methods of stress in farmed salmonids. To do that, we studied the consequences of two different stressful events and proposed a method for assessing welfare of freshwater Rainbow trout. We also studied the interaction between stress and pathology with the salmon louse Lepeophtheirus salmonis. After developing an attractiveness test of salmon for the parasite, we investigated the influence of shortand long-term stress on salmon attractiveness for the parasite. Handling stress increased attractiveness of salmon for the parasite, while there was no difference between chronically stressed and control salmon. We proposed then a method to control this parasite by isolating a semiochemical which inhibit the hooking behavior of the parasite on the host. These results open interesting prospects for improving the assessment and control methods of stress in farmed salmonids. The investigation of stress consequences on animal welfare and on production performances is crucial. The semiochemical inhibiting the hooking behavior of the parasite on the salmon needs more studies to identify its mechanisms of action for use in farms.

Le projet de maîtrise vise à contribuer au développement durable de l'aquaculture en replaçant l'huile de poisson à 75 % par de l'huile végétale (soya, canola, mélange de canola et d'algues) dans la moulée de salmonidés. De plus, les ratios protéines digestibles/énergie digestible (PD/ED) ont été modifiés pour minimiser l'utilisation de sous-produits de poissons sauvages. Contrairement à l'huile de poisson qui est dispendieuse et contient des polluants organiques persistants (POPs), nous prévoyons que l'huile végétale permettra de réduire les coûts de production et l'exposition aux contaminants pour les poissons et pour les consommateurs. De plus, elle ne modifiera pas les propriétés sensorielles des filets et sera hautement digestible pour la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss). Enfin, l'huile de canola, avec ou sans Schizochytrium sp., permettra de remplacer l'huilé de poisson sans affecter la qualité des filets, suite à une courte période de finition pour restaurer les niveaux bénéfiques d'acides gras essentiels. / The Master's degree project seeks to contribute to the development of sustainable aquaculture. A high percentage of fish oil (75 %) was replaced by vegetable oils (soybean, canola and a blend of canola and algae) and digestible protein/digestible energy (DP/DE) levels were modified to minimize the utilisation of wild fish by-products. Unlike fish oil, vegetable oils are less expensive and do not accumulate persistent organic pollutants (POPs), so we predict that production costs can be lowered with vegetable oil-based diets, as well as contaminant exposure for fish and consumers. Additionally, these feeds will not alter organoleptic properties of the fillets and will be highly digestible for rainbow trout {Oncorhynchus mykiss). Furthermore we expect that canola oil, with or without Schizochytrium sp., can effectively replace fish oil without altering the quality of the fillets, after a short finishing period to restore beneficial fatty acid levels.