Les phlébovirus présentent sont présents dans toutes les régions du globe. Certains phlébovirus transmis par phlébotomes provoquent une maladie fébrile et des infections du système nerveux central. Depuis, de plus en plus de données montrent que la péninsule des Balkans joue un rôle majeur dans l'émergence de maladies à transmission vectorielle. Au début de ce travail, on comptait un nombre très limité de phlébovirus identifiés et isolés dans cette région. Une étude intégrée et transdisciplinaire en vue d'un inventaire des virus circulant dans pays des Balkans. (i) Un total de 3,850 phlébotomes sont été recueillis dans sept pays des Balkans en 2014 et 2015. Ils ont été testés pour la présence d'ARN viral et inoculé sur des cellules VERO afin d'isoler le virus détecté; (ii) des études de séroprévalence utilisant des tests de neutralisation ont été effectuées sur des échantillons de bovins et de moutons pour évaluer à deux agents pathogènes humains : le virus Toscana (TOSV) et le virus Sandfly fever Sicilian virus (SFSV). Nos résultats se composent de (i) la découverte et le séquençage de 3 nouveaux phlébovirus appartenant à 2 espèces différentes, (ii) la première identification du genotype B de TOSV en Croatie, (iii) la preuve de la co-circulation de deux genotypes (B et C) de TOSV, (iv) des taux d'anticorps neutralisants qui sont beaucoup plus élevés chez les bovins et les moutons pour le SFSV que pour TOSV. En conclusion, les résultats obtenus au cours de ce travail démontrent qu’es les Balkans représentent une zone de très importante activité pour les phlebovirus et donc mérite une surveillance particulière à cause du risque d’émergence et de dissémination. / Phleboviruses have a worldwide distribution. In the areas where sand flies are present, some of the sandfly-borne phleboviruses cause febrile illness and central nervous system infections. Sandfly fever was first reported in the Balkan Peninsula at the end of the 19th century. Since there is accumulating data showing that the Balkan peninsula plays a major role in the emergence of vector-borne diseases. At the outset of this work, a very limited number of phleboviruses had been identified and isolated in this region. To fill this gap, an integrated and transdisciplinary study was designed aiming at an inventory of viruses circulating in Balkans and associated seroprevalence studies using domestic animals: (i) a total of 3,850 sandflies were collected in seven Balkan countries (Albania, Bosnia-Herzegovina, Croatia, Kosovo, Montenegro, Republic of Macedonia and Serbia) in 2014 and 2015. They were tested for the presence of viral RNA and inoculated on VERO cell for virus isolation; (ii) seroprevalence studies using neutralisation tests were performed on cattle and sheep samples to assess the level of exposure to two human pathogens, Toscana virus (TOSV) and Sandfly fever Sicilian virus (SFSV). Our results consist of (i) the discovery and sequencing of 3 novel phleboviruses belonging to 2 different species, (ii) the identification for the first time of TOSV lineage B in Croatia, (iii) evidence of co-circulation of two lineages (Lineage B and C) of TOSV, (iv) rates of neutralising antibodies that are much higher in cattle and sheep for SFSV than for TOSV. Together the findings obtained during this work demonstrate that the Balkan area is a hot spot for phleboviruses.

Circulation des Phlébovirus en Turquie, l'Iran et l'Algérie a été étudiée. L'isolement, la caractérisation génomique, les relations phylogénétiques de six virus ont été présentées: le virus Adana (ADAV), deux souches de virus Toros (TORV), le virus Zerdali (ZERV) de la Turquie; le virus Dashli (DASHV) de l'Iran; le virus Toscana (TOSV) d'Algérie. Cette étude a commencé avec la collection de 38,131 phlébotomes de la nature. La méthode de séquençage de nouvelle génération (NGS) à haut débit nous à été utilisée pour l’analyse des génomes complet des virus isoles. En conclusion, cette étude a d'importantes contributions sur phlébovirus négligées. Voici quelques-unes des contributions significatives; (i) ZERV et TORV qui sont étroitement apparentés au virus Tehran (THEV) et le virus Corfou (CFUV), respectivement, ont été isolés depuis 56 et 30 ans des premiers isolements de THEV et CFUV, respectivement, (ii) Détection du virus ADAV un animal domestique et sur quelques sérums humain par test de neutralisation. Ce virus ADAV constitue avec le virus le virus (SALV), le virus Arbia (ARBV), et le virus (ADRV) le groupe Salehabad. Seul le virus ADRV a été détectée dans le liquide cérébro-spinal auparavant landais que avec les autres, aucune preuve pathogène n’a été détectée, (iii) Nous avons découvert la plus récente circulation phlébovirus en Iran après 56 années, (iv) TOSV a été isolé en Algérie pour la première fois et la circulation a été confirmée par séropositivités dans le sérum humain. / Sandfly-borne phlebovirus circulation in Turkey, Iran, and Algeria was investigated. The isolation, genomic characterization, phylogenetic relationships of 6 viruses was presented: Adana virus (ADAV), two strains of Toros virus (TORV), Zerdali virus (ZERV) from Turkey; Dashli virus (DASHV) from Iran; Toscana virus (TOSV) from Algeria. This study has begun with the collection of 38,131 sandflies from nature. The well established, high-throughput methodology was applied for the discovery of viruses including PCR tools and cell culture methods. Next generation sequencing (NGS) technology facilitated to perform complete genome analysis of the isolated viruses. In conclusion, this study has contributions to the neglected sandfly-borne phlebovirus group and filled some gaps about the circulation of these agents in Turkey, Iran, and Algeria. Following are some significant contributions; (i) ZERV and TORV which are closely related to Tehran virus (THEV) and Corfou virus (CFUV), respectively were isolated after 56 and 30 years of the first isolations of THEV and CFUV, respectively, (ii) There was no evidence of the pathogenicity of Salehabad virus (SALV) and Arbia virus (ARBV) except the detection of Adria virus (ADRV) in CSF until ADAV which belongs to the Salehabad serocomplex was detected in domestic animal and very few human sera by neutralization assay, (iii) We have discovered the most recent sandfly-borne phlebovirus circulation in Iran after 56 years, (iv) TOSV was isolated in Algeria for the first time and circulation was confirmed by seropositivities in human sera.