L'ensemencement et la remise à l'eau sont parmi les outils de conservation les plus utilisés pour la gestion de la pêche récréative. Par contre, le rapport coût/bénéfice de ces deux pratiques n'est que très rarement évalué de façon exhaustive. Dans le cas du saumon atlantique, plusieurs d'études rapportent que les poissons ensemencés sont moins adaptés au milieu naturel, mais peu ont spécifiquement examinés quelles étaient les causes de la réduction de succès reproducteur ou ont comparé leur contribution à la diversité génétique à celle des tacons précoces. De plus, seulement une seule étude a documenté la capacité de reproduction des saumons remis à l'eau par les pêcheurs, alors que la fréquence des remises à l'eau est en constante augmentation en Atlantique Nord. Notamment, aucune étude n'a évalué si les saumons remis à l'eau peuvent se reproduire au-delà de températures de 20°C qui sont connues pour augmenter la mortalité chez les saumons graciés. Dans cette étude, nous documentons le patron de reproduction des poissons ensemencés ainsi que de ceux pêchés puis remis à l'eau en utilisant un pedigree moléculaire comprenant tous les parents d'une population sauvage de saumon atlantique (Salmo salar, L.). Nos résultats démontrent que les saumons ensemencés ont significativement moins de partenaires de reproduction que les saumons sauvages ce qui réduit leur succès reproducteur par rapport à leurs conspécifiques sauvages. La participation des saumons ensemencés à la reproduction a significativement augmenté la diversité génétique au sein des rejetons. Cependant, les tacons précoces du système l'on fait de façon plus importante et ont significativement augmenté le nombre d'allèles chez les rejetons. Bien que 83% des saumons remis à l'eau aient produit des rejetons, les femelles graciées avaient en moyenne 73% du succès reproducteur des saumons qui n'étaient pas pêchés. Les températures supérieures à 20°C n'étaient pas associées à une réduction de succès reproducteur chez les saumons remis à l'eau. Ceci suggère que la population étudiée est localement adaptée aux températures élevées ou que les saumons ont régulé leur température interne de façon comportementale en se déplaçant vers des refuges thermiques. Ces données permettront de raffiner les analyses de risques et de bénéfices associés à l'ensemencement et à la remise à l'eau et ainsi, d'optimiser les pratiques de conservation utilisées pour la gestion des populations de saumons atlantiques. / Captive-breeding programs as well as and catch-and-release are among the most commonly adopted conservation practices in recreational fisheries. However, risks and benefits associated with their joint implementation are rarely extensively evaluated. In the case of Atlantic Salmon, while previous studies revealed that captive-bred fish show reduced fitness compared to their wild counterparts in nature. Yet, few examined the extent and causes of their reduced reproductive success or directly compared their contribution to enhance genetic diversity to that of wild fish, including mature male parr. Furthermore, only one study specifically measured the reproductive success of caught and released Atlantic salmon in natural settings, and no study to date evaluated if released salmon are able to reproduce when released at temperature above 20°C which is known to increase post-release mortality. Here, we use high-throughput microsatellite sequencing of 38 loci to accurately assign 2500 offspring to a comprehensive set of possible parents from a supplemented Atlantic salmon population in Québec, Canada. The resolved molecular pedigree provided informative insight on the reproductive pattern of both captive-bred salmon and caught-and-released salmon. Captive-bred salmon had fewer partners and significantly reduced relative reproductive success compared to wild salmon. Supplementation of captive-bred salmon significantly contributed to increase genetic diversity but mature male parr did so to an even greater extent and significantly inflated the number of alleles found among offspring. Moreover, our results showed that that at least 83% of caught-and-released salmon did successfully reproduced although caught-and-released female salmon have a significantly reduced reproductive success, averaging 73% of the reproductive output of wild non-caught salmon. Reproductive success of released salmon was not influenced by water temperature over 20°C which suggests either that the studied population is locally adapted to warm waters or that they behaviorally regulated body temperature by accessing nearby thermal refugia. Our results should help refining managers' ability to analyze the risks and benefits associated with captive-breeding and catch-and-release, and thus, optimize conservation practices used for the preservation of Atlantic salmon populations.

L’identification de l’origine des captures dans une pêcherie mixte, de façon à prendre en considération le statut démographique des populations exploitées dans les mesures de gestion, est un défi majeur. L’objectif du projet était d’identifier l’origine de 2835 saumons pêchés au Groenland sur une période de 11 ans (1995-2006) et à trois localités le long de la côte ouest, à l’aide de 13 microsatellites. L’étude incluait 52 populations de référence, regroupées en neuf régions génétiquement distinctes. Notre habileté à identifier la rivière d’origine des saumons a aussi été testée à l’intérieur de deux régions. Les contributions régionales moyennes ont varié de moins de 1% à près de 40%. Des variations temporelles dans les contributions régionales ont aussi été observées, notamment une diminution de contribution pour les régions du sud du Québec (-22.0% de 2002 à 2005) et du Nouveau-Brunswick (-17.4% de 1995 à 2006) et une augmentation pour la région du Labrador (+14.9% de 2002 à 2006). Les fortes corrélations entre le nombre de rédibermarins produits régionalement et les niveaux de capture obtenues pour 2002 (r = 0.79) et 2004 (r =0.92) pourraient expliquer ces variations temporelles. Au niveau spatial, aucune différence de contribution entre les régions n’a été observée, suggérant que les différentes populations se distribuent de façon homogène le long de la côte. Finalement, les taux de mortalité étaient grandement variables entre les régions d’Amérique du Nord, avec l’Ungava et le sud du Québec montrant des taux de mortalité plus élevés, variant de 12,10 à 18,08%, pour les deux années testées. Toutefois, de façon générale, aucun groupement régional n’était clairement surreprésenté par rapport à sa productivité. Malgré cela, le principe de précaution devrait être appliqué concernant les décisions de gestion qui seront prises pour la pêche au Groenland. Cette pêcherie sélectionne fortement des femelles rédibermarins, ce qui peut engendrer des impacts évolutifs importants à long terme sur les populations exploitées, comme une diminution de la proportion des saumons rédibermarins par rapport aux madeleinaux, par exemple. / Identifying the origin of catches in a mixed-stock fishery, to consider the demographic status of distinct populations, is a major challenge. Here, we identified the North American origin of 2835 salmon collected at the Greenland fishery for seven years spanning an eleven-year period (1995-2006) at three localities using 13 microsatellites. The study included 52 baseline populations representing nine genetically distinct regional groups. Our ability to identify the origin of salmon at the river level was also tested in two regions. The average level of contribution associated with each genetic region ranged from less than 1% for Maine to nearly 40% for Southern Québec. Temporal variation in regional contributions was observed, indicating a decreasing contribution of Southern Québec (-22.0% from 2002 to 2005) and New-Brunswick (-17.4% from 1995 to 2006) and an increasing contribution of Labrador salmon (+14.9% from 2002 to 2006). There was a strong association between the number of multi-sea-winter salmon regionally produced and the estimated regional contribution to Greenland fishery for 2002 (r = 0.79) and 2004 (r =0.92), which could explain these temporal trends. No difference was found between the three Greenland sampling localities, suggesting a random distribution of the different salmon groups along the coast. Multi-sea-winter mortality rate due to Greenland fishery was highly variable among groups, with Ungava and Southern Québec showing the highest values, ranging from 12.10 to 18.08%, for both years tested. Overall, no regional group was clearly overrepresented in landings compared to their respective productivity. Yet, management precautions should still be taken as the fishery strongly selects large females, which could have evolutionary impacts on populations over the long term, such as a decrease in the proportion of multi-sea-winter salmon compared to grilse.