La diversité du monde vivant repose pour une large part sur la diversité des protéines codées dans les génomes. Comment une telle diversité a-t-elle été générée ? La théorie classique postule que cette diversité résulte à la fois de la divergence de séquence et de la combinatoire des arrangements de protéines en domaines à partir de quelques milliers de domaines anciens, mais elle n'explique pas les nombreuses protéines orphelines.Dans cette thèse, nous avons étudié l'évolution des protéines du point de vue de leur décomposition en domaines en utilisant trois bases de données : HOGENOM (familles de protéines homologues), Pfam (familles de domaines expertisées) et ProDom (familles de modules protéiques construites automatiquement). Chaque famille d'HOGENOM a ainsi été décomposée en domaines de Pfam ou modules de ProDom. Nous avons modélisé l'évolution de ces familles par un réseau Bayésien basé sur l'arbre phylogénétique des espèces. Dans le cadre de ce modèle, on peut reconstituer rigoureusement les scénarios d'évolution les plus probables qui reflètent la présence ou l'absence de chaque protéine, domaine ou module dans les espèces ancestrales. La mise en relation de ces scénarios permet d'analyser l'émergence de nouvelles protéines en fonctions de domaines ou modules ancestraux. L'analyse avec Pfam suggère que la majorité de ces événements résulte de réarrangements de domaines anciens, en accord avec la théorie classique. Cependant une part très significative de la diversité des protéines est alors négligée. L'analyse avec ProDom, au contraire, suggère que la majorité des nouvelles protéines ont recruté de nouveaux modules protéiques. Nous discutons les biais de Pfam et de ProDom qui permettent d'expliquer ces points de vue différents. Nous proposons que l'émergence de nouveaux modules protéiques peut résulter d'un turn-over rapide de séquences codantes, et que cette innovation au niveau des modules est essentielle à l'apparition de nombreuses protéines nouvelles tout au long de l'évolution.