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Seleção simultânea para crescimento, grau de infecção à ferrugem e qualidade da madeira no melhoramento de Eucalyptus grandis Hill ex Maiden / Simultaneous selection for growth, degree infection to rust and wood quality in the Eucalyptus grandis Hill ex Maiden breeding

Oliveira, Thiago Wendling Gonçalves de 24 January 2017 (has links)
Eucalyptus grandis é uma das espécies mais plantadas no Brasil apresentando excelente crescimento e forma do fuste, contudo é susceptível ao fungo Puccinia psidii Winter causador da \"ferrugem do eucalipto\" e apresenta defeitos nas toras, como a presença de nós, que dificulta a utilização da espécie para a produção de madeira serrada. O estudo teve como objetivo definir uma estratégia de melhoramento para disponibilizar material genético que apresente simultaneamente alto potencial de crescimento inicial, menor grau de infecção à ferrugem e melhor qualidade da madeira nessa primeira etapa do programa de melhoramento. Foram instalados dois experimentos nas Estações Experimentais de Ciências Florestais da ESALQ/USP nos municípios de Itatinga-SP e Anhembi-SP, com 176 progênies de polinização aberta de E. grandis. Os testes foram em blocos ao acaso, com 29 repetições em Anhembi-SP e 30 repetições em Itatinga-SP, com uma planta por parcela e uma linha de bordadura externa. Além das progênies de E. grandis, foi utilizado três matérias genéticos comerciais como testemunhas para o ranking das melhores famílias. Foram realizados três inventários. A avaliação do crescimento foi feita em todos os inventários através da sobrevivência e mensuração do DAP e altura. As avaliações para grau de infecção à ferrugem foram feitas no primeiro e terceiro inventário através de escala de notas. As avaliações indiretas de qualidade da madeira foram feitas no segundo inventário com a contagem do número de galhos e mensuração do diâmetro dos galhos no teste de progênies instalado em Anhembi-SP, e no terceiro inventário com a avaliação da bifurcação e tortuosidade para os dois locais. Os parâmetros genéticos foram estimados utilizando o software SELEGEN. Com base nos resultados foi definida uma estratégia de melhoramento visando otimizar os ganhos genéticos para crescimento inicial, menor grau de infecção a ferrugem e indiretamente para qualidade da madeira utilizando métodos de seleção simultâneos como seleção indireta, níveis independentes e índices combinados com pesos iguais e diferentes para cada variável. Na estratégia foi definida que as duas localidades representam uma zona de melhoramento, sendo escolhido o teste de progênies instalado em Anhembi-SP para o cálculo dos ganhos genéticos. O melhoramento genético foi baseado na formação de um Pomar de Sementes por Mudas (PSM) e de um Pomar Clonal de Sementes (PCS). Ambos os pomares atenderão a duas regiões para a produção de sementes melhoradas. Como as correlações genéticas entre o DAP, variável do crescimento, grau de infecção à ferrugem, e número de galhos, variável indireta para qualidade da madeira, foram fracas, foi necessário considerar as três variáveis para a construção dos índices combinados de seleção e níveis independentes. Para as duas estratégias de seleção, os níveis independentes de seleção são o que melhor otimizam a seleção simultânea para crescimento, resistência à ferrugem e qualidade da madeira. / Eucalyptus grandis is one of the most planted species in Brazil presenting excellent growth and straight, however it is susceptible to the fungus Puccinia psidii Winter that causes \"eucalyptus rust\", and presents defects in the logs, such as the presence of knots, which difficult the use of the species for the production of sawn wood. The aim of the study was to define a breeding strategy to provide genetic material that exhibits high initial growth, less degree infection to rust and better wood quality simultaneously, in the first stage of the program. Two experimental tests were planted at Experimental Stations of Forest Sciences of ESALQ/USP in Itatinga-SP and Anhembi-SP, with 176 open pollinated progenies of E. grandis. A randomized blocks design, with 29 blocks in Anhembi-SP and 30 blocks in Itatinga-SP, with one plant per plot and one external border line. In addition to the progenies of E. grandis, three genetic material was used as witnesses to the ranking of the best families. Three inventories were carried out. Growth assessment was done on all inventories through the survival and measurement of DBH and height. The evaluations for degree of infection to the rust were made in the first and third evaluations through scale of notes. The indirect wood quality evaluations were done in the second inventory with the counting of the number of branches and measurement of the diameter of the branches in the progenies test installed in Anhembi-SP, and in the third inventory with the evaluation of the bifurcation and straightness for the two sites. The genetic parameters were estimated using the SELEGEN software. Based on the results, a breeding strategy was defined aiming at optimizing the genetic gain for growth, lower degree infection to rust and indirectly to wood quality using simultaneous selection methods such as indirect selection, independent levels and selection index with equal and different weights for each variable. It was chosen the progenies test installed in Anhembi-SP to calculate the genetic gains, because the two sites represent only one breeding zone. The improvement was based on the formation of a Seed Orchard by Seedlings and a Clonal Orchard of Seeds. The orchards will serve for production of improved seed for both sites. As genetic correlations between DBH, variable for growth, degree of infection to rust, and number of branches, indirect variable for wood quality, were weak, it was necessary to consider the three variables for the selection with selection indexes and independent levels. For both selection strategies, independent levels are the method that best optimize the simultaneous selection for growth, rust resistance and wood quality.
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Seleção simultânea para crescimento, grau de infecção à ferrugem e qualidade da madeira no melhoramento de Eucalyptus grandis Hill ex Maiden / Simultaneous selection for growth, degree infection to rust and wood quality in the Eucalyptus grandis Hill ex Maiden breeding

Thiago Wendling Gonçalves de Oliveira 24 January 2017 (has links)
Eucalyptus grandis é uma das espécies mais plantadas no Brasil apresentando excelente crescimento e forma do fuste, contudo é susceptível ao fungo Puccinia psidii Winter causador da \"ferrugem do eucalipto\" e apresenta defeitos nas toras, como a presença de nós, que dificulta a utilização da espécie para a produção de madeira serrada. O estudo teve como objetivo definir uma estratégia de melhoramento para disponibilizar material genético que apresente simultaneamente alto potencial de crescimento inicial, menor grau de infecção à ferrugem e melhor qualidade da madeira nessa primeira etapa do programa de melhoramento. Foram instalados dois experimentos nas Estações Experimentais de Ciências Florestais da ESALQ/USP nos municípios de Itatinga-SP e Anhembi-SP, com 176 progênies de polinização aberta de E. grandis. Os testes foram em blocos ao acaso, com 29 repetições em Anhembi-SP e 30 repetições em Itatinga-SP, com uma planta por parcela e uma linha de bordadura externa. Além das progênies de E. grandis, foi utilizado três matérias genéticos comerciais como testemunhas para o ranking das melhores famílias. Foram realizados três inventários. A avaliação do crescimento foi feita em todos os inventários através da sobrevivência e mensuração do DAP e altura. As avaliações para grau de infecção à ferrugem foram feitas no primeiro e terceiro inventário através de escala de notas. As avaliações indiretas de qualidade da madeira foram feitas no segundo inventário com a contagem do número de galhos e mensuração do diâmetro dos galhos no teste de progênies instalado em Anhembi-SP, e no terceiro inventário com a avaliação da bifurcação e tortuosidade para os dois locais. Os parâmetros genéticos foram estimados utilizando o software SELEGEN. Com base nos resultados foi definida uma estratégia de melhoramento visando otimizar os ganhos genéticos para crescimento inicial, menor grau de infecção a ferrugem e indiretamente para qualidade da madeira utilizando métodos de seleção simultâneos como seleção indireta, níveis independentes e índices combinados com pesos iguais e diferentes para cada variável. Na estratégia foi definida que as duas localidades representam uma zona de melhoramento, sendo escolhido o teste de progênies instalado em Anhembi-SP para o cálculo dos ganhos genéticos. O melhoramento genético foi baseado na formação de um Pomar de Sementes por Mudas (PSM) e de um Pomar Clonal de Sementes (PCS). Ambos os pomares atenderão a duas regiões para a produção de sementes melhoradas. Como as correlações genéticas entre o DAP, variável do crescimento, grau de infecção à ferrugem, e número de galhos, variável indireta para qualidade da madeira, foram fracas, foi necessário considerar as três variáveis para a construção dos índices combinados de seleção e níveis independentes. Para as duas estratégias de seleção, os níveis independentes de seleção são o que melhor otimizam a seleção simultânea para crescimento, resistência à ferrugem e qualidade da madeira. / Eucalyptus grandis is one of the most planted species in Brazil presenting excellent growth and straight, however it is susceptible to the fungus Puccinia psidii Winter that causes \"eucalyptus rust\", and presents defects in the logs, such as the presence of knots, which difficult the use of the species for the production of sawn wood. The aim of the study was to define a breeding strategy to provide genetic material that exhibits high initial growth, less degree infection to rust and better wood quality simultaneously, in the first stage of the program. Two experimental tests were planted at Experimental Stations of Forest Sciences of ESALQ/USP in Itatinga-SP and Anhembi-SP, with 176 open pollinated progenies of E. grandis. A randomized blocks design, with 29 blocks in Anhembi-SP and 30 blocks in Itatinga-SP, with one plant per plot and one external border line. In addition to the progenies of E. grandis, three genetic material was used as witnesses to the ranking of the best families. Three inventories were carried out. Growth assessment was done on all inventories through the survival and measurement of DBH and height. The evaluations for degree of infection to the rust were made in the first and third evaluations through scale of notes. The indirect wood quality evaluations were done in the second inventory with the counting of the number of branches and measurement of the diameter of the branches in the progenies test installed in Anhembi-SP, and in the third inventory with the evaluation of the bifurcation and straightness for the two sites. The genetic parameters were estimated using the SELEGEN software. Based on the results, a breeding strategy was defined aiming at optimizing the genetic gain for growth, lower degree infection to rust and indirectly to wood quality using simultaneous selection methods such as indirect selection, independent levels and selection index with equal and different weights for each variable. It was chosen the progenies test installed in Anhembi-SP to calculate the genetic gains, because the two sites represent only one breeding zone. The improvement was based on the formation of a Seed Orchard by Seedlings and a Clonal Orchard of Seeds. The orchards will serve for production of improved seed for both sites. As genetic correlations between DBH, variable for growth, degree of infection to rust, and number of branches, indirect variable for wood quality, were weak, it was necessary to consider the three variables for the selection with selection indexes and independent levels. For both selection strategies, independent levels are the method that best optimize the simultaneous selection for growth, rust resistance and wood quality.
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Tolerância da soja à ferrugem asiática em dialelo multivariado e ambientes contrastantes de fungicidas / Tolerance of soybean to Asian rust in multivariate diallel and contrasting environments of fungicides

Yassue, Rafael Massahiro 29 June 2018 (has links)
A ferrugem asiática da soja é a principal doença da cultura, atacando principalmente no período reprodutivo, ocasionando a queda prematura das folhas, redução do ciclo e consequentemente queda na produtividade. As principais abordagens utilizadas para o controle desta doença são a resistência genética e a aplicação preventiva de fungicidas, porém, estas atuam selecionando patógenos mais adaptados, podendo ocasionar a quebra da resistência genética ou a insensibilidade ao fungicida. Portanto, a identificação e utilização de genótipos tolerantes é justificada, uma vez que com esta estratégia pode-se minimizar a pressão de seleção sobre o patógeno. A abordagem univariada é usualmente empregada no estudo de populações segregantes, mas esta pode não ser suficiente na identificação e seleção de genótipos com potencial para tolerância à ferrugem. Esta pesquisa propõe utilizar tanto as informações obtidas na parcela, quanto a correlação entre elas para auxiliar na escolha dos caracteres a serem utilizados na seleção indireta e para a estimação das capacidades gerais e específicas de combinação multivariada. Para alcançar os objetivos, foram utilizadas análises dialélicas uni e multivariada, índices de seleção à tolerância a estresse, análise de componentes principais, agrupamento, correlações e análises de trilha. Foram avaliados 40 cruzamentos oriundos de um dialelo parcial 4x10, na geração F2, em dois manejos de fungicidas (com e sem controle da ferrugem). Os cruzamentos foram avaliados em experimentos delineados em blocos ao acaso, com quatro repetições organizadas em conjuntos experimentais com testemunhas comuns; experimentos com os genitores foram delineados em blocos ao acaso com três repetições e as mesmas testemunhas comuns. Verificou-se que os genitores apresentaram base genética relativamente ampla com comportamento favorável à tolerância à ferrugem e os cruzamentos apresentaram potencial produtivo similar à média nacional, mesmo em contato com a doença. O uso de notas de valor agronômico identificou os cruzamentos mais produtivos dentro de cada manejo, sendo um valioso caráter para exclusão precoce de cruzamentos de baixo desempenho. A utilização de índices de seleção para tolerância a estresses proporcionou a identificação de cruzamentos tolerantes e adaptados às condições de manejo com e sem controle da ferrugem. Para produtividade de grãos, em ambos os ambientes de fungicidas, os maiores destaques ocorreram nos genitores V Max RR, USP 14-22.010, USP 14-22.003 e USP 14-22.008; e nos cruzamentos V Max RR x USP 14-22.009, V Max RR x USP 14-22.010 e BMX Potência RR x USP 14-22.003. A análise dialélica multivariada utilizando ideótipos permitiu a identificação dos genitores e cruzamentos mais promissores para determinados grupos de características. O genitor V Max RR proporcionou maiores efeitos aditivos para as características reprodutivas e a linhagem genitora USP 14-22.010 para as adaptativas, nos dois manejos de fungicidas. O cruzamento MSOY 7908 RR x USP 14-22.001 destacou-se para as características adaptativas e reprodutivas no manejo com controle da ferrugem. Assim, a abordagem multivariada mostrou-se promissora para a seleção de genótipos tolerantes à ferrugem da soja. / Asian soybean rust is a major disease of soybean, damaging the crop mainly during the reproductive period, causing premature fall of the leaves, reduction of the cycle and consequently decrease in productivity. The main methods used for the control of this disease are genetic resistance and the use of preventive fungicides, but these act by selecting more adapted pathogens, resulting in the breakdown of genetic resistance or insensitivity to the fungicide. Therefore, the identification and use of tolerant genotypes is justified, since there is no selection pressure on the pathogen. The univariate approach is usually employed in the study of segregating populations, but may not be sufficient in identifying and selecting genotypes with potential for rust tolerance. Thus, the present work proposes to use both the information obtained in the plot and the correlation between them to assist in the selection of the traits to be used in the indirect selection and for the estimation of the general and specific capacities of the multivariate combination. In order to reach the objectives, uni and multivariate diallel analyses, stress tolerance indices, principal components analysis, clustering, correlation and path analysis were used. There were evaluated 40 crosses from a partial diallel 4x10, in the F2 generation, in two experiments with fungicide treatments (with and without rust control) in randomized blocks design stratified in sets, with four replications; the parents were evaluated in other two experiments in randomized blocks design with three replications. It was verified that the parents presented a relatively broad genetic base with favorable tolerance to rust, and the crosses presented good productive potential, even in contact with the disease. The use of agronomic value was able to identify productive crosses within each management. The use of selection indices for stress tolerance allowed the identification of tolerant crosses and adapted to the conditions of management with and without rust control. For seed yield, in both fungicide environments, the most prominent parents were V Max RR, USP 14-22.010, USP 14-22.003 and USP 14-22.008; and the crosses were V Max RR x USP 14-22.009; V Max RR x USP 14-22.010 and BMX Potência RR x USP 14-22.003. Multivariate diallel analysis using ideotypes allowed the identification of the most promising parents and crosses for certain groups of traits. The genitor V Max RR provided greater additive effects for the reproductive traits and the experimental line USP 14-22.010 for the adaptive ones in both fungicide management. The crossing MSOY 7908 RR x USP 14-22.001 was prominent for the adaptive and reproductive characteristics in the management 1 (with rust control). Thus, the multivariate approach was promising for the selection of soybean rust tolerant crosses.
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Valores e índices bioeconômicos para um sistema de produção de bovinos nelore no bioma cerrado / Values and bioeconomics indices for a production system of nellore cattle in cerrado biome

Souza, Flávia Martins 05 October 2016 (has links)
Submitted by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2016-11-10T17:37:30Z No. of bitstreams: 2 Tese - Flavia Martins de Souza - 2016.pdf: 2069042 bytes, checksum: fe83d06b4777198e60836ea748ef5c2d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2016-11-10T17:37:57Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Flavia Martins de Souza - 2016.pdf: 2069042 bytes, checksum: fe83d06b4777198e60836ea748ef5c2d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-10T17:37:57Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Flavia Martins de Souza - 2016.pdf: 2069042 bytes, checksum: fe83d06b4777198e60836ea748ef5c2d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-10-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The use of selection indices as tools for animal genetic evaluation may be more efficient than other selection methods to represent the animal merit. The aim of this study was to propose indices applied to different breeding objectives for production systems of Nellore cattle raised in the Cerrado biome. This study consisted in two phases. First, traits of economic relevance in beef cattle were evaluated. Subsequently, the development of indices and different breeding objectives were considered. The production system evaluated was an operation of purebred Nellore cattle, located in the Northwest of Goiás state, Brazil, where the inputs about management, indices of productivity, income and expenses were obtained. A bio-economic model was used to calculate the economic values of the following traits: age at first calving (IPP), calving interval (IDP), stayability (STAY), earlier calving probability (3P), accumulated productivity (PAC), daily weight gain prior (GMDPre) and post weaning (GMDPos), weight at standard ages of 120 (P120), 210 (P210), 365 (P365) and 450 (P450) days, feed efficiency (EA), carcass dressing (RC), and longissimus muscle area (AOL). Economic values were obtained for a change in one unit of each trait, maintaining the remaining unchanged. Then the economic values were standardized by its standard deviation of each trait. To generate selection indices the genetic (co)variances components of the traits were estimated by Bayesian implementation via Gibbs sampling using bi-trait animal models. The covariance and variance means obtained were used to generate a new matrix (12 x 12) containing all traits. The "matrix bending" methodology was applied to obtain a positive-defined matrix. The selection index equation used was I = b1DEP1 + ... + bnDEPn, where DEP is the expected progeny differences and "b" is the index coefficient that maximize the correlation among the index and the breeding objective. The "b" coefficients were calculated as b = G11-1G12a, where G11 is the genetic (co)variance matrix of the criteria in the index, G12 is the genetic covariance matrix between the selection criteria in the index and the traits in the breeding objective, and "a" is the vector of corrected economic values. Three indices were constructed with different proposes: indices I represent an overall index, which objective is to select harmonics animals. The indices II and III were defined with the purpose to maximize the weaned calves and finished beef cattle production, respectively. Economic values of the traits varied between R$ 0.38 and R$ 68.29 per animal/year. The traits that more strongly affected the economic system were GMDPre (20.55%), IPP (15.70%), AOL (12.13%), GMDPos (11.13%) and P450 (8.98%). The greater economic gains were obtained with index I (R$ 129.12). Indices II and III represented the lowest gains for the system. Generally, the indices are very sensitive to market conditions. However, they may provide more total gains (genetic and economic) as they comprise a set of economically relevant traits to the production system. In addition, the indices may be applied to different purposes in order to attend specific market requirements. / A utilização de índices econômicos de seleção como ferramenta para avaliação genética animal é mais eficiente em representar o valor total de um animal. Por isso, objetivou-se propor índices aplicados a diferentes objetivos de seleção para sistemas de produção de Nelore no bioma Cerrado. O presente estudo consistiu em duas fases, em que na 1ª avaliou-se a relevância econômica de características em bovinos de corte e na 2ª fase desenvolveu-se índices econômicos de seleção com diferentes objetivos. O sistema de produção avaliado foi baseado em uma propriedade de criação de bovinos Nelore PO, localizada no noroeste do estado de Goiás-Brasil, na qual foram obtidas informações sobre manejo, índices zootécnicos, gestão, receitas e despesas. Utilizou-se modelo bioeconômico para o cálculo dos valores econômicos das características idade ao primeiro parto (IPP), intervalo de partos (IDP), stayability (STAY), probabilidade de parto precoce (3P), produtividade acumulada (PAC), ganho médio diário pré (GMDPre) e pós desmama (GMDPos), pesos padronizados aos 120 (P120), 210 (P210), 365 (P365) e 450 (P450) dias de idade, eficiência alimentar (EA), rendimento de carcaça (RC) e área de olho de lombo (AOL). Os valores econômicos foram calculados por meio do melhoramento em 1 unidade de cada característica, mantendo as demais constantes, e em seguida foram padronizados pelo respectivo desvio-padrão de cada característica. Para criação dos índices de seleção, estimou-se os componentes de (co)variâncias de características usualmente selecionadas em Nelore (P120, P210, P365, P450, Perímetros Escrotal aos 365 (PE365) e aos 450 dias (PE450) de idade, AOL, Acabamento (ACAB), IPP, IDP, PAC e STAY), por meio da metodologia Bayesiana via Gibbs sampling, em modelo animal bi-característico. As covariâncias e as médias das variâncias obtidas das análises bicaracterísticas foram utilizadas para formação de uma nova matriz (12 x 12) que envolveu todas as características analisadas. Para assegurar que esta matriz fosse positiva definida, foi aplicada a metodologia Matrix Bending. O índice econômico de seleção foi desenvolvido por meio da equação: I = b1DEP1 + ... + bnDEPn, em que DEP é a diferença esperada na progênie do animal e "b" é o coeficiente regressor que maximiza a correlação entre o índice e o objetivo de seleção. O "b" foi calculado por meio da seguinte equação: b= G11-1G12a, em que o G11 é a matriz de (co)variâncias genéticas entre as características do índice de seleção, o G12 é a matriz de covariâncias genéticas entre as características do índice e do objetivo de seleção e "a" é o vetor de valores genético-econômicos. Três índices foram construídos com diferentes propósitos: o I referiu-se a um índice geral, cujo objetivo foi selecionar animais harmômicos. Os índices II e III tiveram como finalidade a maximização da produção de bezerros desmamados e de animais terminados, respectivamente. Os valores econômicos das características avaliadas variaram de R$ 0,38 a R$ 68,29 /animal/ano. As características que mais impactaram economicamente o sistema foram GMDPre (20,55%), IPP (15,70%), AOL (12,13%), GMDPos (11,13%) e P450 (8,98%). O índice econômico que proporcionou maior ganho econômico para o sistema avaliado foi o I (R$ 129,12). Enquanto os índices II e III representaram menores ganhos para o sistema. Em geral, os índices são sensíveis às condições mercadológicas. No entanto, podem proporcionar maiores ganhos totais (genéticos e econômicos), por envolver um conjunto de características economicamente relevantes para o sistema de produção. Além disso, os índices podem ser aplicados a diferentes propósitos, de forma a atender às necessidades mercadológicas.
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Genome-Wide Analyses for Partial Resistance to <i>Phytophthora sojae</i> Kaufmann and Gerdemann in Soybean (<i>Glycine max</i> L. Merr.) Populations from North America and the Republic of Korea

Schneider, Rhiannon N. 28 May 2015 (has links)
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