Tesis para optar al grado de Magíster en Ciencias de la Ingeniería Mención Química / Memoría para optar al título de Ingeniero Civil en Biotecnología / La matriz productiva chilena se basa principalmente en la explotación y exportación de recursos naturales con bajo valor agregado, situación que hasta la fecha no ha sido revertida a pesar de las ya diagnosticadas y conocidas desventajas que esto significa para el desarrollo. La aplicación de la biotecnología se ha proyectado como una alternativa para aportar en la sofisticación y diversificación tecnológica de la economía nacional, lo cual también favorece la transición hacia un modelo de desarrollo más sostenible. Sin embargo, el potencial de la biotecnología nacional no ha sido aprovechado a pesar de contar con aplicaciones pertinentes a todos los sectores económicos estratégicos del país. Por esta razón, este estudio busca aportar en la identificación de las principales brechas que han limitado su desarrollo y proponer líneas de acción para superarlas. El Sistema de Innovación Biotecnológico (SIB) nacional, es decir, el conjunto de instituciones, actores, redes y aplicaciones que delimitan el desarrollo de la disciplina, consiste en alrededor de 256 entidades del sector privado y la sociedad civil junto a 8 instituciones públicas distribuidas en 5 ministerios. Este creciente número de entidades se concentra principalmente en la Región Metropolitana, seguida por las regiones de Valparaíso y la del Biobío. Su desarrollo se distribuye actualmente entre la biomedicina (39%), recursos naturales (34%) y su aplicación industrial (26%). Su desarrollo ha sido impulsado principalmente por el Estado de Chile a través de programas, subsidios y un marco normativo inicial que permitió crear el ecosistema biotecnológico actual, creando consorcios tecnológicos asociados a los sectores estratégicos y con la emergencia de nuevos actores, quienes se han enfocado más hacia la biomedicina con el paso del tiempo. Esto ha permitido adquirir experiencia por medio del emprendimiento y la creación de conocimiento. Sin embargo, no ha logrado tener resultados relevantes en el mercado. Las principales debilidades del SIB son el alto grado de atomización, centralización y la ausencia de un espacio articulador y representativo que permita que el ecosistema se comprenda a sí mismo, que se fortalezca a través de la colaboración y traspaso de aprendizajes entre sus distintos actores y que sea capaz de presionar a las autoridades para impulsar con mayor intensidad su desarrollo. Por otro lado, la perseverancia de las mismas lógicas de crecimiento económico, la baja inversión pública y privada en I+D, el excesivo enfoque neutral para la asignación de recursos orientados a la investigación y al fomento de la producción, junto a la débil institucionalidad medioambiental y de ciencia, tecnología e innovación han perjudicado el desarrollo exitoso del SIB. Además, el alto nivel de desinformación de la ciudadanía en estos temas dificulta la legitimidad de la biotecnología. Se proponen una serie de líneas de acción que buscan superar estas brechas, las cuales fueron analizadas con el caso de retomar la producción local de vacunas en Chile. Este análisis sirve como un primer esfuerzo por ratificar la efectividad del marco teórico utilizado y de los resultados encontrados, los cuales se pueden utilizar como una guía para la elaboración de políticas públicas enfocadas en el desarrollo estratégico de la biotecnología nacional.