L’étude systématique de la turbulence plasma dans les tokamaks, via une méthode de paramétrisation des spectres de fréquence extraits de la base de données de réflectométrie de Tore Supra a été effectuée. Cette base de données est constituée de 350 000 acquisitions obtenues à partir de 6 000 chocs incluant différents scénarios de chauffage. La paramétrisation consiste en une décomposition de chaque spectre en quatre composantes : la composante dite continue, les fluctuations de basse fréquence (BF), la turbulence à large bande en fréquence (BB) et le niveau de bruit où chaque composante a été approchée par une fonction prédéfinie. Pour la composante de turbulence BB, trois fonctions différentes ont été testées et comparées. La fonction gaussienne généralisée et la fonction de Taylor ont montré d’excellentes performances dans la plupart des cas. Dans les plasmas ohmiques, EBB dans le régime de confinement ohmique saturé est systématiquement plus élevé que dans le régime de confinement ohmique linéaire. Dans les plasmas en mode bas confinement L, EBB dans les plasmas chauffés par une onde à la résonance. / To systematically study the plasma turbulence in tokamaks, a parametrization method of frequency spectra from the Tore Supra reflectometry database has been developed. The database includes 350,000 acquisitions obtained from 6,000 discharges with different heating scenarios. In the parametrization, each spectrum has been decomposed into four component: the direct current component, the low-frequency (LF) fluctuations, the broadband (BB) turbulence and the noise level, and each component has been fitted by a function. Specifically for the BB turbulence component, three different functions have been tested and compared. The generalized Gaussian function and the Taylor function have shown excellent fitting performance. In Ohmic plasmas, EBB in the saturated Ohmic confinement regime is observed to be systematically higher than in the linear Ohmic confinement regime. In L-mode plasmas, EBB in the ion cyclotron resonance heating plasmas is globally much higher than in the lower hybrid heating plasmas. The collisional effects on the modifications of the spectra have also been studied. With the previous kinetic simulation results, a change of the dominating micro-instabilities, i.e., between the trapped electron modes and the ion temperature gradients modes, has been proposed to explain the behaviors of EBB, supported by database analysis of the density peaking and the LF component.

Cette thèse se place dans le cadre de l'analyse des forces évolutives qui génèrent les polymorphismes et les divergences entre les génomes d'une même espèce. Le cadre théorique utilisé dans la majorité des domaines de l'évolution moléculaire est la théorie neutraliste, proposée par Motoo Kimura en 1968. Ce modèle est caractérisé par les hypothèses de neutralité, de taille constante de la population étudiée, et de panmixie. Dans un premier temps nous avons cherché à comprendre comment ce cadre théorique est utilisé en pratique et quelles peuvent être les conséquences de ces hypothèses sur les inférences et les prédictions faites dans ce cadre théorique. Pour cela nous avons mené deux études confrontant des données à des méthodes existantes d'inférence démographique. Une première étude a montré que les méthodes utilisées fréquemment pour l'inférence démographique microbienne, basées sur la reconstruction d'un arbre phylogénétique unique, sont biaisées par la sélection, la recombinaison et les biais d'échantillonnage. Nous avons ensuite comparé plusieurs méthodes d'inférence démographique en les appliquant à une population humaine africaine, les Yoruba. Cette étude a montré les limites d'une méthode existante, et elle illustre le problème d'identifiabilité des histoires démographiques lorsque l'inférence est basée sur le spectre de fréquence. Enfin, dans un troisième temps nous avons analysé plusieurs jeux de données de polymorphisme génétique avec un modèle de référence alternatif à coalescences multiples avec démographie. Nous avons comparé comment le modèle de référence actuel et ce modèle alternatif pouvaient expliquer les données observées de diversité génétique. / The general setting of this thesis is the analysis of evolutionary forces that generate polymorphisms and divergence between genomes within a species. The theoretical framework used in the majority of disciplines of molecular evolution is the neutral theory, formulated by Motoo Kimura in 1968. This model is characterized by the hypotheses of neutrality, constant population size and panmixia. First, we investigated how this theoretical framework is used in practice and what are the consequences of these hypotheses on the inferences and predictions made in this framework. To this end, we carried out two studies confronting existing demographic inference methods with data. A first study demonstrated that methods frequently used for bacterial demographic inference, based on a single reconstructed phylogenetic tree, are biased by selection, recombination and sampling bias. We then compared several demographic inference methods, by applying them to an African human population, the Yoruba. This study showed the limits of an existing method, and illustrates the issue of identifiability of demographic histories, when the inference is based on the site frequency spectrum. Finally, in a third study we analyzed several genetic polymorphism datasets with an alternative reference model comprising multiple mergers and demography. We compared how the current reference model and this alternative model can explain the observed genetic diversity.