Chez le fraisier cultivé octoploïde, Fragaria x ananassa, la remontée florale et le stolonnage, deux caractères à fort intérêt agronomique, sont étroitement liés. La remontée florale, capacité à fleurir en continu, permet d’allonger la période de production. Le stolonnage, capacité à se reproduire végétativement par la production de stolons, permet l’obtention de plants en pépinière. L’objectif de cette thèse est de caractériser de façon physiologique et génétique la floraison à travers l’étude de la remontée florale et du stolonnage afin d’optimiser le potentiel de floraison chez le fraisier cultivé.Une caractérisation fine de la remontée florale a été réalisée à travers l’étude de l’émergence hebdomadaire ou bimensuelle des hampes et des stolons sur une saison entière de production. Une approche de clustering ont permis de mettre en évidence trois profils différents de remontée florale. Un QTL lié à ces profils et localisé sur le groupe d’homéologie III a été identifié.En parallèle, l’identification des QTL liés à la remontée florale a été réalisée en s’appuyant sur une population en ségrégation pour ce caractère. Les résultats ont mis en évidence la présence d’un QTL majeur, nommé FaPFRU, et localisé sur le LGIVb-F. Ce QTL contrôle de façon positive la remontée florale et de façon négative le stolonnage. Le développement de nouveaux marqueurs grâce à une stratégie de bin mapping associé à l’agrandissement de la population étudiée a permis d’enrichir et de réduire la région d’intérêt. Cette région couvre dix gènes candidats lorsqu’on se réfère à la séquence du génome du fraisier diploïde. Afin d’identifier le gène responsable de la remontée florale et son allèle ‘variant’, une banque BAC a été réalisée. L’étude de cette banque a permis de mettre en évidence de nombreux réarrangements entre les régions homéologues au sein de l’individu polyploïde et avec la région homologue du fraisier diploïde. Ce travail a permis de mettre en place des approches pour caractériser la remontée florale chez le fraisier cultivé, de développer des marqueurs liés à la remontée florale qui pourront être utilisés en sélection assistée par marqueurs ainsi que de nouveaux outils pour la cartographie fine de gènes chez une espèce polyploïde. / Fragaria x ananassa, the octoploid cultivated strawberry presented two important agronomical traits, the perpetual flowering trait and the runnering. The perpetual flowering trait, so called everbearing is the ability to flower more than once during the favorable season, therefore offering a lengthened period of fruit and seed production. The runnering is the asexual reproduction process of the plant. In this thesis we physiologically and genetically characterized the flowering by studying the perpetual flowering and the runnering traits. The finality would be the optimization of the flowering potential in the cultivated strawberry.Characterization of the perpetual flowering trait was performed by counting weekly new emerged inflorescences and twice a month, runners. A clustering approach allowed classifying the pattern of perpetual flowering into three groups. One QTL link to these patterns was identified on the homoeologous group III.QTL linked to perpetual flowering trait was conducted on a population segregating for the perpetual vs once flowering periods. Results showed that a major QTL named FaPFRU on the linkage group IVb of the female map controls antagonistically the perpetual flowering and the runnering traits. A fine mapping approach allowed adding markers specifically on the LGIVb and reducing the genomic region to ten candidate genes. In order to identify the gene and the allelic variant responsible of the perpetual flowering trait, we developed two octoploid BAC libraries. The analysis showed numerous rearrangements between homoeologous regions and with the homologous region of the reference diploid genome.This work allows us to develop approaches to study the perpetual flowering trait and markers linked to the perpetual flowering trait that can be used in marker assisted selection.

Le fraisier diploïde (Fragaria vesca, 2x=14) comporte deux modes de reproduction : la reproduction sexuée via la floraison, et la multiplication végétative via la production de stolons. Cette espèce présente également deux types de floraison, non-remontants ou remontants, selon la période d’initiation florale du génotype. Chez le fraisier diploïde, le gène responsable de la remontée florale a été identifié comme étant l’homologue du répresseur floral TFL1 et celui du stolonnage reste inconnu. L’objectif de cette thèse est d’identifier le gène responsable du stolonnage et de mieux comprendre la balance entre les deux modes de reproduction, sexuée et asexuée, chez le fraisier diploïde. Une approche de cartographie fine associée à du NGS a permis d’identifier le gène responsable du stolonnage, FvGA20ox4. Ce gène intervient dans la voie de biosynthèse des gibbérellines. Les génotypes non-stolonnants présentent une délétion de neuf bases qui ne modifie pas le cadre de lecture du gène. L’observation cytologique des méristèmes axillaires montre que les génotypes mutés présentent un allongement des axillaires comme les génotypes sauvages mais que ces bourgeons nécrosent par la suite. Une étude de l’activité enzymatique de la protéine délétée de trois acides aminés a montré qu’elle était inactive et ne permettrait pas de transformer les précurseurs de GA (GA12) en GA intermédiaires, qui seront convertis en GA actives via d’autres enzymes. Chez les génotypes mutés, un apport de GA3 permet de restaurer l’émergence de stolons. L’étude de la balance entre les deux modes de reproduction a été étudiée au sein d’une population en ségrégation pour le stolonnage et la remontée florale. Une approche QTL a permis de confirmer le rôle des gènes TFL1 et GA20ox4 dans le devenir des méristèmes en floral ou stolon respectivement et d’identifier deux loci présents sur le LG3 et LG4 impliqués dans la variation quantitative de la floraison ou du stolonnage respectivement. Pour le stolonnage, une interaction forte entre TFL1 et GA20ox4 a été mise en évidence par ANOVA. De plus, le suivi hebdomadaire de cette population pendant deux ans a montré que le processus de remontée florale prédominait celui de stolonnage. En conclusion, les données obtenues permettent une meilleure compréhension du stolonnage et de la balance entre les deux modes de reproduction chez le fraisier diploïde. / The diploid woodland strawberry (2n=2x=14) is a good model for genetic and genomic studies since it presents a small genome completely sequenced and its generation period is short. This species displays two modes of reproduction, sexual with flowering and vegetative through runnering, which is the capacity to form stolon. In addition, this species displays contrasted genotypes for their variation of flowering length because of difference in the period of floral initiation. This trait is under the control of TFL1. However, the genetic and molecular control of vegetative reproduction is poorly understood as the one of the balance between the two modes of reproduction. The objective of this work was to characterize the gene responsible of runnering and to decipher genetically and physiologically the balance between the two modes of reproduction. By developing a strategy combining linkage map, bulks and NGS, we found that runnering is controlled by the gibberellin (GA) oxidase, FvGA20ox4. The loss of runnering function is caused by a deletion of nine nucleotides, which does not change the open reading frame of the RNA and leads to a protein shortened by three amino acids. The GA oxidase activity was confirmed in enzymatic activity assays with recombinant protein. In addition, the loss-of-function can be restored by exogenous GA3 application. The genetic architecture of the balance between two reproductive modes, sexual and vegetative, was deciphered based on QTL approach. Results showed that, beside the known roles of TFL1 and GA20ox4 genes in promoting perpetual flowering and runnering processes respectively, two loci localized on LG4 and LG3 were linked to the quantitative responses of these processes. In addition, TFL1 and GA20ox4 genes showed epistatic interaction, and the process of flowering was maintained as priority over runnering, which decreased. These results provided new insight in the genetic control of the relationship between sexual and vegetative reproduction.