Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The objective of this study was to model and evaluate the performance, supply and requirements of nutrients and tissue deposition to pigs in growing and finishing phases in production scenarios (CP), to adjust the diet program phases. Six CP were selected in the northwest region in Rio Grande do Sul between August and November in 2012 to collect the data. The amount of 2,200 animals followed a pre established program of six diets (sequential and quantitative) through the historical and productive farms index or standard profile animal (PAP) and the feeding program was ad libitum. The performance data collections in CP were held in randomly selected pens and they were used throughout the experimental period. The collected data were modeled based on an animal average to feature each profile animal with animal performance bends and nutritional requirements in PAP and in the six CP. The animals were housed at 65 ± 7 days old and weighing 22.11 ± 1.41kg and were slaughtered at 159 ± 10 days old and weighing 121.18 ± 7kg. The CP average was higher than 0.27kg on consumption and 0.12kg on weight gain according to the standard profile animal (PAP). The average daily demand of Digestible Lysine and Net Energy (LysD:EN) estimated at PAP was 3,18 ± 0,16g.Mcal-1 and 3,81g.Mcal-1 of supply in CP. The average predicted to protein deposition of 153 ± 25g.day-1 at PAP underestimated in 16 ± 10g.day-1 the CP. The average lipid deposition of CP was higher by 54 ± 26g.day-1 at PAP. Diet and food programs at PAP generated 17.9% excess of LysD:EN, the adjustment reduced it to 8,5%. While adjusting the phases, Initial and Growth I diets had not been consumed, there was a reduction of 111.7% to Growth II diet, 57.2% to Finishing I diet and there was an increase of 53,6% to Growth III diet and 49.6% to Finishing III diet. The phases adjustment promoted a corn reduction of 43.78kg and protein sources reduction of 16.65kg per animal. The real production scenarios show differences between performance, supply and demands of nutrients which modeling is able to describe and compare the effects of tissue deposition. This way, it is possible to determine adjustments for the best moment in phases transition and reduce the nutrients requirement. / O objetivo deste estudo foi modelar e avaliar o desempenho zootécnico, o fornecimento e as exigências de nutrientes e a deposição tecidual para suínos nas fases de crescimento e terminação em cenários de produção (CP), a fim de ajustar as fases do programa de dietas. Na região noroeste do Rio Grande do Sul foram selecionados seis CP entre agosto e novembro de 2012 para a coleta de dados. O total de 2.200 animais seguiram um programa de seis dietas pré-estabelecido (sequencial e quantitativo) através do índice produtivo histórico das granjas ou perfil animal padrão (PAP) e o programa alimentar foi ad libitum. As coletas dos dados de desempenho nos CP foram realizadas em baias selecionadas aleatoriamente e utilizadas em todo o período experimental. Os dados coletados foram modelados com base na média animal para caracterizar cada perfil animal com as curvas de desempenho animal e às exigências nutricionais do PAP e dos seis CP. Os animais foram alojados com 65 ± 7 dias de idade e 22,11 ± 1,41kg de peso e foram abatidos com 159 ± 10 dias e 121,18 ± 7 quilogramas. A média dos CP foi superior 0,27kg em consumo e 0,12kg em ganho de peso ao perfil animal padrão (PAP). A exigência média diária da relação Lisina Digestível e Energia Líquida (LisD:EL) estimada no PAP foi 3,18 ± 0,16g.Mcal-1 e de 3,81g.Mcal-1 de fornecimento nos CP. A deposição proteica média prevista de 153 ± 25g.dia-1 no PAP subestimou em 16 ± 10g.dia-1 os CP. A deposição lipídica média dos CP foi superior em 54 ± 26g.dia-1 ao PAP. Os programas de dietas e alimentar do PAP geraram excesso de 17,9% da LisD:EL, o ajuste reduziu para 8,5%. No ajuste das fases as dietas Inicial e Crescimento I não foram consumidas, houve redução de 111,7% de Crescimento II, 57,2% de Terminação I e aumento de 53,6% de Crescimento III e 49,6% de Terminação III. O ajuste das fases reduziu 43,78kg de milho e 16,65kg de fontes proteicas por animal. Os cenários de produção reais apresentam diferenças para desempenho zootécnico, fornecimento e exigências de nutrientes que a modelagem é capaz de descrever e comparar as consequências na deposição tecidual. Desta maneira, é possível determinar ajustes para o melhor momento de transição das fases e reduzir o fornecimento de nutrientes.

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Segmentos de homozigose são utilizados como indicativo da estrutura da população e fornecem informações sobre o histórico demográfico e eventos de endogamia da mesma. O objetivo deste trabalho foi estudar a estrutura genômica de uma linhagem sintética base Landrace por meio de (i) análises de desequilíbrio de ligação; (ii) estimação do coeficiente de endogamia utilizando dados genômicos e de pedigree; (iii) análise do número e tamanho de segmentos de homozigose e (iv) determinação da estratificação da população. Foram utilizados registros de 300 fêmeas e 25 machos de uma linhagem fêmea sintética base Landrace genotipados com o painel Illumina PorcineSNP60 v2 BeadChip. A edição dos dados foi realizada no programa PLINK v.1.9 para remoção de marcadores SNPs (“Single Nucleotide Polymorphism”) que falharam em mais de 10% das amostras (“call rate”) e amostras que falharam em mais de 10% dos marcadores. A extensão do desequilíbrio de ligação foi avaliada entre todos os pares SNPs adjacentes presentes nos cromossomos autossômicos por meio da medida r2. O coeficiente de endogamia foi calculado usando registros de pedigree e de dados genômicos. Os segmentos de homozigose foram detectados para os cromossomos autossômicos com o programa computacional PLINK v.1.9, considerando pelo menos 50 SNPs homozigotos dentro de tamanho mínimo de 1.000 Kb por animal, permitindo um SNP heterozigoto e um SNP faltante/perdido dentro de uma janela de 50 SNPs. Os segmentos de homozigose detectados foram utilizados para cálculo do coeficiente de endogamia genômica e como indicativo do histórico da população. A estratificação da população foi avaliada utilizando análises de componentes principais e pelo modelo de ancestralidade por metodologia bayesiana aplicado no programa STRUCTURE. Na análise de ancestralidade foram testados valores de K (número de “clusters”) variando de um a oito usando período de burn-in de 1.000 iterações e Cadeia de Markov e Monte Carlo de 10.000 iterações. As análises foram repetidas dez vezes para cada K e a determinação do melhor número para K foi estimada utilizando a estatística Delta K. O valor médio de r² encontrado para todos os SNPs adjacentes que estão a uma distância menor que 100 Kb foi de 0,291 ± 0,312. Os coeficientes de endogamia médios obtidos a partir dos segmentos de homozigose e de registros de pedigree foram de 0,119 e 0,00011, respectivamente. A baixa correlação (r<0,04) encontrada entre os coeficientes de endogamia pode ser explicada pelo efeito de recombinação gênica sobre aqueles estimados a partir dos segmentos de homozigose que não é considerada nas estimativas obtidas à partir de registros de pedigree e devido aos erros de identificação dos animais no pedigree. A identificação de um grande número de longos segmentos de homozigose pode ser indicativa de endogamia recente na população estudada. O estudo da estratificação da amostra indicou que a mesma estaria dividida em duas populações (k=2), sendo que a separação pode ser explicada pelo cruzamento entre as raças ocidentais e orientais utilizadas na formação da linhagem. Os dados de genotipagem permitiram concluir que a população estudada possui endogamia recente, sugerindo-se que seja priorizado acasalamento entre indivíduos menos aparentados para assegurar a manutenção da diversidade genética. / High-density single nucleotide polymorphism (SNP) panels have been used in genomic studies, such as population structure and conservation genetic studies. These panels allow to assess similarities in the patterns of linkage disequilibrium across populations and to estimate relatedness between populations. Runs of homozygosity are used as indicative of population structure and it provides information about demographic history and recent inbreeding. The aim of this study was to describe the genomic structure of a synthetic Landrace line by (i) linkage disequilibrium (LD) analyses; (ii) inbreeding estimates through pedigree and genomic data; (iii) analysing the number and length of runs of homozygosity (ROH); and (iv) determination of population structure. A total of 300 females and 25 males from synthetic Landrace line were genotyped using Illumina PorcineSNP60 v2 BeadChip. Data editing was performed using PLINK v.1.9. The SNPs and samples with a call rate lower than 0.90 were excluded from the data set. Only the autosomal chromosomes were considered for LD an ROH analyses. The LD between all pairs of SNPs were measured by the means of the genotype correlation coefficient (r²) and it determined the decay of LD with physical distance. The coefficient of inbreeding was calculated using genomic and pedigree data. ROH were detected using PLINK v.1.9 considering the follow parameters: a minimum ROH of 50 SNPs with a minimum length of 1000 (Kb), one heterozygous SNP and one missing SNP were allowed within the sliding window of 50 SNPs. The individual genomic inbreeding and population history were identified from estimated ROH. The population structure was evaluated using principal component analysis and Bayesian admixture model. The number of clusters (K) was tested from two to eight considering a burning period of 1,000 followed by 10,000 Markov chain Monte Carlo repetitions and replicated ten times for each K. The best K was estimated using the Delta K statistic. For all SNPs adjacent less than 100 kilobase (kb) apart, the average r2 was 0.291 ± 0.312. The average inbreeding coefficient, calculated by ROH and pedigree analyses, were 0.119 and 0.00011, respectively. The low correlation between the inbreeding coefficients can be justified by the genetic recombination effect over those estimated from runs of homozygosity that were no considered on the estimates from the traditional pedigree. The high number of long ROH is an evidence of recent inbreeding in this population. The population structure analysis revealed K=2 was the best number of clusters and separation. This result can be explained by the crossbreeding between the Eastern and Western breeds used in the formation of the line. The genotyping data helped confirm that the inbreeding in the studied population is recent, which suggests that mating between individuals less related occurred to ensure the maintenance of genetic diversity.

Since the 1960s the focus of animal welfare has been mainly on the negative aspects of welfare and on minimizing and alleviating these negatives. Lately, the focus has been not only on the negative features of welfare that should be kept above a minimum standard, but also on the positive ones that should be enforced. Positive welfare goes a step beyond the common welfare approach and focuses additionally on the positive aspects that animals should have in their lives. This review analyses the behavioral indicators that have been proposed as positive welfare indicators of the domestic pig and have been studied theoretically or experimentally. Various behavioral indicators have been proposed but play is the positive indicator that has been studied the most, followed by exploratory and social affiliative behaviors. Vocalizations and ear and tail postures have also been proposed as promising positive welfare indicators but more research is needed to clearly understand the expression of these behaviors and the affective states that they indicate. According to the literature results, the Welfare Quality protocol for pigs is the only protocol that evaluates the positive welfare of the pig on the farm level. Play, exploratory and social affiliative behaviors are being measured. In addition, positive emotions are being measured via Qualitative Behavioral Assessment (QBA). / Efter 1960-talet, fokuserar djurvälfärden huvudsakligen på de negativa aspekterna av välfärd och på att minimera och lindra de negativa aspekterna. Under de senaste åren, har fokus legat inte bara på att minimera de negativa aspekterna och hålla dem över en minimistandard utan också på att förstärka de positiva. Positiv välfärd går ett steg framåt i det gemensamma välfärdssynsättet och fokuserar dessutom på de positiva aspekterna som djur bör ha i sina liv. Denna översyn analyserar de positiva beteendeindikatorer på djurvälfärd, de som har föreslagits som positiva välfärdsindikatorer för den domesticerade grisen och har studerats teoretiskt eller experimentellt. Bland alla indikatorer har lekbeteende studerats mest, följt av undersökingsbeteende och sociala affiliativa beteenden. Vokalisationer och öron- och svansställningar har också föreslagits som lovande positiva välfärdsindikatorer men fler studier bör göras för att tydligt förstå uttrycket av dessa beteenden och grisens känslor som de indikerar. Enligt litteraturen, är Welfare Quality protokoll för grisar det enda protokollet som utvärderar grisens positiva välfärd på gårdsnivå. Lekbeteende, undersökningsbeteende och sociala affiliativa beteenden mäts. Dessutom, positiva känslor mäts via QBA.