Nous considérons des systèmes pair-à-pair (P2P) pour le partage de données dans lesquels chaque pair est libre de choisir l'ontologie qui correspond le mieux à ses besoins pour représenter ses données. Nous parlons alors d'hétérogénéité sémantique. Cette situation est un frein important à l'interopérabilité car les requêtes émises par les pairs peuvent être incomprises par d'autres. Dans un premier temps nous nous focalisons sur la notion d'hétérogénéité sémantique. Nous définissons un ensemble de mesures permettant de caractériser finement l'hétérogénéité d'un système suivant différentes facettes. Dans un deuxième temps nous définissons deux protocoles. Le premier, appelé CorDis, permet de réduire l'hétérogénéité sémantique liée aux disparités entre pairs. Il dissémine des correspondances dans le système afin que les pairs apprennent de nouvelles correspondances. Le second protocole, appelé GoOD-TA, permet de réduire l'hétérogénéité sémantique d'un système liée à son organisation. L'objectif est d'organiser le système de sorte que les pairs proches sémantiquement soient proches dans le système. Ainsi deux pairs deviennent voisins s'ils utilisent la même ontologie ou s'il existe de nombreuses correspondances entre leurs ontologies respectives. Enfin, dans un trois temps, nous proposons l'algorithme DiQuESH pour le routage et le traitement de requêtes top-k dans les systèmes P2P sémantiquement hétérogènes. Cet algorithme permet à un pair d'obtenir les k documents les plus pertinents de son voisinage. Nous montrons expérimentalement que les protocoles CorDis et GoOD-TA améliorent les résultats obtenus par DiQuESH.