Les amibes à thèque, également appelés thécamoebiens, sont des micro-organismes unicellulaires, qui construisent une enveloppe rigide, appelée thèque (Adl et al., 2012). Ces thèques ont des tailles, formes et natures très variées (Ogden & Hedley, 1980). Les récentes études sur la composition des thèques ont conduit à émettre l’hypothèse que les amibes xénosomiques (constituées de particules exogènes), peuvent constituer des bio-indicateurs pertinents de la diversité particulaire de l’environnement minéral, organique et biologique dans lequel elles évoluent.L’objectif principal des recherches menées au cours de cette thèse vise donc à caractériser la composition des thèques d’amibes xénosomiques et à en évaluer leur utilisation potentielle en tant que bio-indicateurs des dépôts de particules d'origine atmosphérique. Pour cela, des thèques d’amibes ont été analysées in situ en conditions naturelles et après dépôts artificiels de particules minérales allochtones.Ces travaux permettent de dégager plusieurs conclusions majeures :(1) La taille des particules minérales intégrées dans la thèque xénosomique de Bullinularia indica est similaire à celle des particules minérales transportées dans l'atmosphère; (2) les particules minérales intégrées dans les thèques sont des silicates stables dans les conditions physico-chimiques régnant dans les tourbières, les bryophytes et les sols étudiés; (3) certains minéraux comme la phlogopite, même lorsqu’ils sont présents en de fortes concentrations, ne sont jamais intégrés par les amibes; (4) la combinaison des observations portant sur la taille, la forme et la nature des particules utilisées par des amibes xénosomiques permet de poser les bases de l'utilisation des amibes à thèques pour la bio-indication de la diversité particulaire atmosphérique récente ou ancienne. / Theca-like amoebae, also called thecaamoebius, are unicellular microorganisms, which construct a rigid envelope called theca (Adl et al., 2012). These themes have very varied sizes, shapes and natures (Ogden & Hedley, 1980). Recent studies on the composition of the themes have led to the hypothesis that xenosomal amoebae (constituted by exogenous particles) can constitute relevant bio-indicators of the particulate diversity of the mineral, organic and biological environment in which they evolve . The main objective of the research carried out during this thesis is therefore to characterize the composition of the xenosomal amoebae and to evaluate their potential use as bioindicators of deposits of atmospheric particles. For this purpose, amoeba theae were analyzed in situ under natural conditions and after artificial deposits of allochtonous mineral particles. Several major conclusions can be drawn from this work: (1) The size of the mineral particles integrated in the xenosomal theca of Bullinularia indica Is similar to that of mineral particles transported into the atmosphere; (2) the mineral particles integrated into the thecs are stable silicates under the physico-chemical conditions prevailing in the peatlands, bryophytes and soils studied; (3) some minerals such as phlogopite, even when present in high concentrations, are never integrated by amoebae; (4) the combination of observations on the size, shape and nature of the particles used by xenosomic amoebae forms the basis for the use of tea amoeba for bioindication of recent or former atmospheric particulate diversity .

<p>Докторска дисертација представља таксономску студију тестатних амеба Источне&nbsp; Херцеговине&nbsp; базирану&nbsp; искључиво&nbsp; на&nbsp; резултатима&nbsp; сопствених истраживања с обзиром да на овом подручју тестатне амебе до сада нису проучаване,&nbsp; те&nbsp; не&nbsp; постоје&nbsp; историјске&nbsp; музејске&nbsp; колекције.&nbsp; На&nbsp; подручју Источне Херцеговине регистровано је 40 врста тестатних амеба које су сврстане у 10 фамилија и један род без јасног места у класификационом систему.&nbsp; Сви&nbsp; регистровани&nbsp; таксони&nbsp; тестатних&nbsp; амеба&nbsp; су&nbsp; нови&nbsp; за&nbsp; фауну Босне и Херцеговине. Укупно је анализирано 24.549 јединки, од чега су 23.242&nbsp; јединке&nbsp; припадале&nbsp; групи&nbsp; тестатних&nbsp; амеба&nbsp; са&nbsp; лобоподијама (супергрупа&nbsp; Amoebozoa),&nbsp; а&nbsp; 1307&nbsp; јединки&nbsp; је&nbsp; припадало&nbsp; групи&nbsp; тестатних амеба са филоподијама (супергрупа Cercozoa). Најзначајнији резултат ове дисертације&nbsp; је&nbsp; опис&nbsp; пет&nbsp; нових&nbsp; врста&nbsp; за&nbsp; науку&nbsp; које&nbsp; припадају&nbsp; родовима<br />Centropyxis, Heleopera и Nebela. Морфотип означен као C.&nbsp; cf.&nbsp; aerophila&nbsp; се од врсте&nbsp; C. aerophila&nbsp; разликује по томе што се на крају љуштурице не налази пар крупних честица кварца,а и љуштурица је нешто дужа (46‒81 &mu;m код врсте C. aerophila према 67‒ 88 &mu;m код врсте C. cf. aerophila). Морфотип означен као C. cf. platystoma значајно се пре свега морфолошки разликује од врсте&nbsp; C. platystoma, те је закључено да се ради о неописаној врсти.У оквиру рода Heleopera описан је нови морфотип сличан врсти H. rosea који&nbsp; представља&nbsp; нову&nbsp; врсту&nbsp; за&nbsp; науку.&nbsp; Морфометријске&nbsp; разлике&nbsp; су релативне, тј. нису строго дискриминаторне, те се морају комбиновати са морфолошким&nbsp; разликама&nbsp; које&nbsp; су&nbsp; такође&nbsp; тешко&nbsp; yочљиве.&nbsp; Наиме,&nbsp; поред разлике&nbsp; у&nbsp; боји&nbsp; љуштурице,&nbsp; најбољи&nbsp; дискриминаторни&nbsp; морфолошки карактер&nbsp; је&nbsp; општи&nbsp; облик&nbsp; љуштурице.&nbsp; Љуштурице&nbsp; врсте&nbsp; H.&nbsp; rosea&nbsp; су робусног&nbsp; облика,&nbsp; док&nbsp; су&nbsp; љуштурице&nbsp; врсте&nbsp; Heleopera&nbsp; cf.&nbsp; rosea&nbsp; знатно елегантније&nbsp; ‒&nbsp; уже&nbsp; су&nbsp; и&nbsp; имају&nbsp; облије&nbsp; ивице.&nbsp; Највеће&nbsp; морфометријске разлике&nbsp; у&nbsp; индексним&nbsp; карактерима&nbsp; су&nbsp; забележене&nbsp; за&nbsp; однос&nbsp; ширине&nbsp; и дужине љуштурице и однос ширине апертуре и ширине љуштурице.Морфотип&nbsp; Nebela&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; се од&nbsp; врсте&nbsp; N. collaris&nbsp; јасно разликује&nbsp; пре свега&nbsp; морфолошки&nbsp; и&nbsp; еколошки,&nbsp; а&nbsp; морфометријски&nbsp; веома&nbsp; мало.&nbsp; Наиме, најважнија морфолошка одлика која морфотип&nbsp; N.&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; раздваја од врсте&nbsp; N.&nbsp; collaris&nbsp; су&nbsp; таласасте&nbsp; ивице&nbsp; љуштурице,&nbsp; а&nbsp; еколошка&nbsp; разлика&nbsp; се јавља&nbsp; у&nbsp; смислу&nbsp; да&nbsp; врста&nbsp; N.&nbsp; collaris&nbsp; насељава&nbsp; зелене&nbsp; маховине&nbsp; док морфотип N. cf. collaris&nbsp; насељава сфагнумске маховине. Морфотип N. cf. tincta&nbsp; var. major&nbsp; се од морфотипа N.&nbsp; cf. collaris&nbsp; разликује пре свега по јасно израженом сужењу у делу близу апертуре, тј. израженом врату. Такође, морфотип N. cf. tincta var. major никада нема таласасте ивице љуштурице,док&nbsp; се&nbsp; код&nbsp; јединки&nbsp; морфотипа&nbsp; N.&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; ова&nbsp; карактеристика&nbsp; често јасно уочава.</p> / <p>Doktorska disertacija predstavlja taksonomsku studiju testatnih ameba Istočne&nbsp; Hercegovine&nbsp; baziranu&nbsp; isključivo&nbsp; na&nbsp; rezultatima&nbsp; sopstvenih istraživanja s obzirom da na ovom području testatne amebe do sada nisu proučavane,&nbsp; te&nbsp; ne&nbsp; postoje&nbsp; istorijske&nbsp; muzejske&nbsp; kolekcije.&nbsp; Na&nbsp; području Istočne Hercegovine registrovano je 40 vrsta testatnih ameba koje su svrstane u 10 familija i jedan rod bez jasnog mesta u klasifikacionom sistemu.&nbsp; Svi&nbsp; registrovani&nbsp; taksoni&nbsp; testatnih&nbsp; ameba&nbsp; su&nbsp; novi&nbsp; za&nbsp; faunu Bosne i Hercegovine. Ukupno je analizirano 24.549 jedinki, od čega su 23.242&nbsp; jedinke&nbsp; pripadale&nbsp; grupi&nbsp; testatnih&nbsp; ameba&nbsp; sa&nbsp; lobopodijama (supergrupa&nbsp; Amoebozoa),&nbsp; a&nbsp; 1307&nbsp; jedinki&nbsp; je&nbsp; pripadalo&nbsp; grupi&nbsp; testatnih ameba sa filopodijama (supergrupa Cercozoa). Najznačajniji rezultat ove disertacije&nbsp; je&nbsp; opis&nbsp; pet&nbsp; novih&nbsp; vrsta&nbsp; za&nbsp; nauku&nbsp; koje&nbsp; pripadaju&nbsp; rodovima<br />Centropyxis, Heleopera i Nebela. Morfotip označen kao C.&nbsp; cf.&nbsp; aerophila&nbsp; se od vrste&nbsp; C. aerophila&nbsp; razlikuje po tome što se na kraju ljušturice ne nalazi par krupnih čestica kvarca,a i ljušturica je nešto duža (46‒81 &mu;m kod vrste C. aerophila prema 67‒ 88 &mu;m kod vrste C. cf. aerophila). Morfotip označen kao C. cf. platystoma značajno se pre svega morfološki razlikuje od vrste&nbsp; C. platystoma, te je zaključeno da se radi o neopisanoj vrsti.U okviru roda Heleopera opisan je novi morfotip sličan vrsti H. rosea koji&nbsp; predstavlja&nbsp; novu&nbsp; vrstu&nbsp; za&nbsp; nauku.&nbsp; Morfometrijske&nbsp; razlike&nbsp; su relativne, tj. nisu strogo diskriminatorne, te se moraju kombinovati sa morfološkim&nbsp; razlikama&nbsp; koje&nbsp; su&nbsp; takođe&nbsp; teško&nbsp; yočljive.&nbsp; Naime,&nbsp; pored razlike&nbsp; u&nbsp; boji&nbsp; ljušturice,&nbsp; najbolji&nbsp; diskriminatorni&nbsp; morfološki karakter&nbsp; je&nbsp; opšti&nbsp; oblik&nbsp; ljušturice.&nbsp; LJušturice&nbsp; vrste&nbsp; H.&nbsp; rosea&nbsp; su robusnog&nbsp; oblika,&nbsp; dok&nbsp; su&nbsp; ljušturice&nbsp; vrste&nbsp; Heleopera&nbsp; cf.&nbsp; rosea&nbsp; znatno elegantnije&nbsp; ‒&nbsp; uže&nbsp; su&nbsp; i&nbsp; imaju&nbsp; oblije&nbsp; ivice.&nbsp; Najveće&nbsp; morfometrijske razlike&nbsp; u&nbsp; indeksnim&nbsp; karakterima&nbsp; su&nbsp; zabeležene&nbsp; za&nbsp; odnos&nbsp; širine&nbsp; i dužine ljušturice i odnos širine aperture i širine ljušturice.Morfotip&nbsp; Nebela&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; se od&nbsp; vrste&nbsp; N. collaris&nbsp; jasno razlikuje&nbsp; pre svega&nbsp; morfološki&nbsp; i&nbsp; ekološki,&nbsp; a&nbsp; morfometrijski&nbsp; veoma&nbsp; malo.&nbsp; Naime, najvažnija morfološka odlika koja morfotip&nbsp; N.&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; razdvaja od vrste&nbsp; N.&nbsp; collaris&nbsp; su&nbsp; talasaste&nbsp; ivice&nbsp; ljušturice,&nbsp; a&nbsp; ekološka&nbsp; razlika&nbsp; se javlja&nbsp; u&nbsp; smislu&nbsp; da&nbsp; vrsta&nbsp; N.&nbsp; collaris&nbsp; naseljava&nbsp; zelene&nbsp; mahovine&nbsp; dok morfotip N. cf. collaris&nbsp; naseljava sfagnumske mahovine. Morfotip N. cf. tincta&nbsp; var. major&nbsp; se od morfotipa N.&nbsp; cf. collaris&nbsp; razlikuje pre svega po jasno izraženom suženju u delu blizu aperture, tj. izraženom vratu. Takođe, morfotip N. cf. tincta var. major nikada nema talasaste ivice ljušturice,dok&nbsp; se&nbsp; kod&nbsp; jedinki&nbsp; morfotipa&nbsp; N.&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; ova&nbsp; karakteristika&nbsp; često jasno uočava.</p> / <p>The&nbsp; PhD&nbsp; thesis&nbsp; is&nbsp; a&nbsp; taxonomic&nbsp; study&nbsp; of&nbsp; testate&nbsp; amoebae&nbsp; from&nbsp; East Herzegovina based exclusively on the results of our own research, given that testate amoebae have not been studied in this region so far, and there are no historical museum collections. In the region&nbsp; of East Herzegovina,40 testate amoeba species have been registered, which are classified into 10&nbsp; families&nbsp; and&nbsp; one&nbsp; genus&nbsp; without&nbsp; a&nbsp; clear&nbsp; place&nbsp; in&nbsp; the&nbsp; classification system. All registered testate amoeba taxa are new to the fauna of Bosnia and Herzegovina.&nbsp; A total of 24,549 individuals belonged to the group of testate&nbsp; amoebae&nbsp; with&nbsp; lobopodia&nbsp; (supergroup&nbsp; Amoebozoa),&nbsp; and&nbsp; 1307 individuals&nbsp; belonged&nbsp; to&nbsp; the&nbsp; group&nbsp; of&nbsp; testate&nbsp; amoebae&nbsp; with&nbsp; filopodia (supergroup Cercozoa). The most significant results of this PhD thesis are the descriptions of five new species for science belonging to the genera Centropyxis, Heleopera, and Nebela. The morphotype&nbsp; Centropyxis&nbsp; cf.&nbsp; aerophila&nbsp; differs from&nbsp; C. aerophila&nbsp; in that&nbsp; there&nbsp; is&nbsp; no&nbsp; large&nbsp; quartz&nbsp; particles&nbsp; at&nbsp; the&nbsp; shell&nbsp; end,&nbsp; and&nbsp; the&nbsp; shell&nbsp;&nbsp; is slightly&nbsp; longer&nbsp; (46‒81&nbsp; &mu;m&nbsp; in&nbsp; C.&nbsp; aerophila&nbsp; versus&nbsp; 67‒88&nbsp; &mu;m&nbsp; in&nbsp; C.&nbsp; cf. aerophila).&nbsp; The&nbsp; morphotype&nbsp; C.&nbsp; cf.&nbsp; platystoma&nbsp; differs&nbsp; significantly morphologically&nbsp; from&nbsp; C.&nbsp; platystoma,&nbsp; so&nbsp; it&nbsp; was&nbsp; concluded&nbsp; that&nbsp; it&nbsp; is&nbsp; an undescribed species. Within the genus&nbsp; Heleopera&nbsp; a new &nbsp; morphotype similar to&nbsp; H. rosea&nbsp; has been&nbsp; described,&nbsp; representing&nbsp; a&nbsp; new&nbsp; species&nbsp; for&nbsp; science.&nbsp; Morphometric differences are relative, i.e. they are not strictly discriminatory, and must be combined with morphological differences that are difficult to detect. Namely, in addition to the difference in the color of the shell, the best discriminatory morphological character is the general shell shape. Shells of&nbsp; H. rosea&nbsp; are red and robust in shape, while shells of&nbsp; H.&nbsp; cf. rosea&nbsp; are volet and much more&nbsp; elegant ‒&nbsp; they are narrower and have rounded edges. The&nbsp; largest&nbsp; morphometric&nbsp; differences&nbsp; in&nbsp; the&nbsp; index&nbsp; characters&nbsp; were observed for shell width/shell length ratio and aperture width/shell width ratio. The&nbsp; morphotype&nbsp; Nebela&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; clearly&nbsp; differs&nbsp; from&nbsp; N.&nbsp; collaris primarily&nbsp; morphologically&nbsp; and&nbsp; ecologically,&nbsp; but&nbsp; morphometrically&nbsp; very little.&nbsp; Namely,&nbsp; the&nbsp; most&nbsp; important&nbsp; morphological&nbsp; character&nbsp; that&nbsp; N.&nbsp; cf. collaris separates from N. collaris are the wavy edges of the shell, and the&nbsp; ecological difference occurs in the sense that&nbsp; N. collaris&nbsp; inhabits green mosses while &nbsp; N. cf. collaris inhabits Sphagnum mosses. The morphotype N.&nbsp; cf.&nbsp; tincta&nbsp; var.&nbsp; major&nbsp; from&nbsp; the&nbsp; morphotype&nbsp; N.&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; differs primarily by a clearly pronounced narrowing in the part near the aperture, i.e. pronounced neck. Also, the morphotype N. &nbsp; cf. tincta var. major never has a wavy edge of the shell, while in&nbsp; N.&nbsp; cf.&nbsp; collaris&nbsp; this feature is often clearly observed.</p>

Les tourbières stockent des quantités importantes de carbone (C) et jouent un rôle essentiel dans la dynamique globale du C, mais elles sont vulnérables aux changements globaux et aux perturbations humaines, notamment les perturbations linéaires telles que les routes non pavées (en gravier). La construction de ces routes et leur utilisation introduisent des quantités considérables de poussière de route dans les tourbières adjacentes, ce qui, combiné au dépôt de poussière atmosphérique, exerce une influence significative sur les tourbières qui est souvent négligée. L'objectif de cette recherche est d'étudier les effets de la poussière des routes sur la structure et les fonctions des tourbières, et plus particulièrement d'examiner les changements dans les assemblages de plantes et de thécamibiens, la chimie des tissus foliaires, de la tourbe et des eaux souterraines, ainsi que l'accumulation de C le long des gradients de dépôt de poussière. Pour ce faire, trois tourbières ombrotrophes ont été sélectionnées dans l'est du Québec, au Canada, qui sont exposées à des niveaux de dépôt de poussière de route variables et chimiquement distincts. Sur chaque site, un transect aligné sur la direction dominante du vent, commençant au bord de la route et perpendiculaire à celle-ci, a été échantillonné à des intervalles croissants jusqu'à 250 m de la route. Les résultats montrent que les dépôts de poussières de route affectent de manière significative les assemblages de plantes et de thécamibiens notamment en créant de l'ombrage physique et en bloquant les stomates, en apportant des cations basiques et en augmentant la disponibilité en nutriments. Plus précisément, les dépôts de poussières de route tendent à réduire la couverture des sphaignes et, dans le cas des amibes, l'abondance des espèces mixotrophes vivant en symbiose avec les algues et celles construisant des coquilles protéinées. Les dépôts de poussières routières réduisent les rapports stœchiométriques de C, d'azote (N) et de phosphore (P) dans la tourbe de surface et les tissus foliaires en réduisant la teneur nette en C et en fournissant des nutriments jusqu'à 200 m du bord de la route et à 15 cm de profondeur à partir de la surface. L'ampleur de cet impact dépend du niveau de dépôt et de la composition chimique de la poussière de route, ainsi que de la date de construction de la route. L'intensité des dépôts de poussières routières est nettement supérieure à celle des dépôts de poussières atmosphériques historiques, ce qui produit des effets contrastés sur les taux d'accumulation de C. Il a été démontré que les dépôts de poussières atmosphériques favorisent l'accumulation de C, tandis que les dépôts de poussières routières ont l'effet inverse, en réduisant le taux d'accumulation de C. Dans l'ensemble, notre étude met en évidence le rôle essentiel, mais encore méconnu, des dépôts de poussières routières dans la formation de la structure des communautés biologiques et dans la régulation de la fonction des tourbières adjacentes. L'étroite corrélation entre les dépôts de poussières routières et la composition des communautés microbiennes suggère l'utilisation possible des thécamibiens comme bioindicateurs des événements de poussières passés et présents. Les méthodes et les résultats de cette étude, qui ne se limitent pas aux effets des poussières routières sur les tourbières, peuvent être étendus aux effets similaires d'autres dépôts de poussières sur les écosystèmes voisins. / Peatlands store substantial amounts of carbon (C) and are of critical importance in global C dynamics, but are vulnerable to global changes and various forms of human disturbance, including linear disturbances such as unpaved (gravel) roads. The construction and use of these roads introduce considerable amounts of road dust into adjacent peatlands, which, combined with atmospheric dust deposition, exerts a significant influence on peatlands that is often overlooked. The objective of this research is to investigate the effects of road dust on peatland structure and function, specifically to examine changes in plant and testate amoeba assemblages; foliar tissue, peat, and groundwater chemistry; and C accumulation along road dust deposition gradients. To achieve this, three ombrotrophic peatlands were selected in eastern Québec, Canada, which are exposed to chemically distinct and varying levels of road dust deposition. At each site, a transect aligned with the dominant wind direction, starting at and perpendicular to the roadside, was sampled at increasing intervals up to 250 m away from the road. The results show that road dust deposition significantly affects plant and testate amoeba assemblages with a diverse array of factors involved, mainly including physical shading and stomatal blockage, base cation inputs, and increased nutrient availability. Specifically, road dust deposition tends to reduce the coverage of Sphagnum mosses, and in the case of amoebae, the abundance of mixotrophic species living in symbiosis with algae and those constructing proteinaceous shells. Road dust deposition reduces the stoichiometric ratios of C, nitrogen (N), and phosphorus (P) in surface peat and foliar tissues by reducing the net C content and supplying nutrients up to 200 m away from the roadside and 15 cm deep from the surface. The extent of this impact depends on the deposition level and the chemical composition of the road dust, as well as the age of the road. The intensity of road dust deposition is markedly greater than that of historical atmospheric dust deposition, yielding contrasting effects on C accumulation rates. Atmospheric dust deposition has been demonstrated to promote C accumulation, while road dust deposition has the opposite effect, reducing the rate of C accumulation. Overall, our study highlights the pivotal yet unacknowledged role of road dust deposition in peatlands on shaping their structure of biological communities and regulating their function. The close correlations between road dust deposition and microbial community composition suggest the possible use of testate amoebae as bioindicators of past and present dust events. The methods and findings of this study, which are not limited to its scope of road dust effects on peatlands, can be extended to similar effects of dust from other proximate sources on neighbouring ecosystems.

Both testate amoebae and fungi are common inhabitants of coniferous litter. Their interactions in this environment were rarely studied, although they reach high biodiversity and can play a significant role in nutrient cycling in this environment. In this study, a cultivation of litter needles in the damp chambers was used to investigate interactions between fungi and testate amoebae. Observation of spruce litter needles in environmental scanning electron microscope was used to better characterize testate amoebae communities directly on the needles. Additionally, two experiments changing the biotic conditions in the microcosm were used to follow a principle of the interactions. Three species of testate amoebae from litter needles were able to colonize the filter paper on the bottom of the damp chambers. Occurrence of Phryganella acropodia and Assulina muscorum on the filter paper was significantly fuelled by the presence of mycelium. Assulina muscorum was associated with the fungal spores and Arcella discoides was attracted by sporulating colonies of Cladosporium spp. in the damp chambers. By contrast, no association of putatively mycophagous Phryganella acropodia with fungal spores was observed. Arcella discoides was attracted both by live and death mycelium in additional experiment. Interestingly, the...