O Rio Tietê e o rio mais importante do Estado de São Paulo e um dois mais poluídos do Brasil. No seu percurso ele recebe altas concentrações de poluentes orgânicos e industriais que podem alterar as comunidades microbianas autóctones. Uma análise dos perfis metagenômicos realizada em pontos do Rio Tietê com diferentes qualidades de água, permitiu observar a influencia dos parâmetros ambientais na composição e funcionamento das comunidades microbianas presentes no rio. Locais eutróficos mostraram prevalência de micro-organismos e funções associadas à heterotrofia. Em contrapartida, nos locais oligotróficos foram detectadas comunidades microbianas e funções relacionadas a metabolismos autótrofos e litótrofos. Foi visto também que as pressões ambientais podem promover a aquisição, por parte dos micro-organimos, de características que lhes permitam sobreviver às condições ambientais adversas, como a tolerância a metais tóxicos. / The Tietê River is the most important river of the State of São Paulo, in the southeastern of Brazil; it is also one of the most contaminated rivers of the country. On its watercourse, the river receives large amounts of anthropogenic and industrial pollutants that can alter the environmental conditions of the water, leading to possible shifts in the microbial diversity. Metagenomic profiles of river locations with different water qualities showed taxonomic and functional differences related to the sampling site and water quality. Eutrophic sites showed prevalence of microorganisms and functions associated with heterotrophy, in contrast, in oligotrophic sites were detected microbial communities and functions related to autotrophic and litotrophic metabolisms. Also was observed, that environmental pressures can promote the acquisition of characteristics that allow the local microorganism to survive to adverse environmental conditions, such as tolerance to toxic metals.