• Refine Query
  • Source
  • Publication year
  • to
  • Language
  • 1
  • Tagged with
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • About
  • The Global ETD Search service is a free service for researchers to find electronic theses and dissertations. This service is provided by the Networked Digital Library of Theses and Dissertations.
    Our metadata is collected from universities around the world. If you manage a university/consortium/country archive and want to be added, details can be found on the NDLTD website.
1

Λειτουργικές γονιδιωματικές προσεγγίσεις για τη μελέτη της μορφογένεσης στη Drosophila melanogaster

Μουρατίδου, Μαρία 18 December 2013 (has links)
Τα τελευταία χρόνια πολλές ερευνητικές ομάδες εστίασαν στην ταυτοποίηση γονιδίων που ενέχονται σε διάφορες βιολογικές διεργασίες και η Δροσόφιλα αποτέλεσε τον ιδανικό οργανισμό-μοντέλο λόγω της διαθεσιμότητας πολλών γενετικών εργαλείων. Η ανάπτυξη της τεχνολογίας της RNA παρεμβολής ευνόησε ιδιαίτερα την ευρείας κλίμακας γενετική ανάλυση στη Δροσόφιλα. Εκμεταλλευόμενοι τα διαθέσιμα εργαλεία πραγματοποιήσαμε μία μελέτη σάρωσης βασισμένη σε RNAi για γονίδια που εμπλέκονται στη μορφογένεση του συστήματος των σωματικών μυών και του επιθηλίου του φτερού της Drosophila melanogaster. Συνολικά, εξετάσαμε 321 γονίδια με συστημική ή ιστοειδική RNAi σιώπηση στο μεσόδερμα ή με συνδυασμό και των δύο και ταυτοποιήσαμε 58 γονίδια άγνωστης λειτουργίας τα οποία χρειάζονται για την ανάπτυξη και ομοιόσταση του εμβρυϊκού/προνυμφικού μυϊκού συστήματος. Περιέργως, στις μισές σχεδόν περιπτώσεις δεν παρατηρήσαμε φαινότυπο θνησιμότητας πλήρους διεισδυτικότητας, γεγονός που υποδεικνύει ότι ο αριθμός των γονιδίων που συμμετέχουν στη συγκεκριμένη διεργασία είναι μεγαλύτερος από αυτόν που έχει προβλεφθεί με βάσει τα αποτελέσματα μίας ευρείας κλίμακας μελέτης σάρωσης με RNAi στο μυϊκό σύστημα που ολοκληρώθηκε πρόσφατα. Επιπλέον, μελετήσαμε 242 γονίδια με ιστοειδική σιώπηση στα επιθήλια και ταυτοποιήσαμε 32, τα οποία είναι απαραίτητα για τη βιωσιμότητα, και 24, τα οποία είναι αναγκαία για τη μορφοποίηση του ενήλικου φτερού. Από τα γονίδια που έδωσαν θετικό αποτέλεσμα επιλέξαμε ένα το οποίο είναι απαραίτητο και για τις δύο διεργασίες, το chd64. Το chd64 κωδικοποιεί μία πρωτεΐνη που αποτελείται από μία δομική περιοχή με ομολογία στις καλπονίνες (CH) και ένα μοτίβο CLIK23 και παρουσιάζει 42% και 43% ταυτότητα με τις τρανσγελίνες 2 και 3 των θηλαστικών αντιστοίχως. Οι τρανσγελίνες συνιστούν μία οικογένεια πρωτεϊνών που εμφανίζουν υψηλό βαθμό συντήρησης και συμμετέχουν στο σχηματισμό δεσμίδων και στη σταθεροποίηση των ινιδίων ακτίνης. Το γονιδίωμα της Δροσόφιλας εμπεριέχει τρεις διαφορετικούς γενετικούς τόπους: CG4694 ή Mp20, CG14996 ή Chd64 and CG5023, σε πλήρη αναλογία με τα γονιδιώματα των θηλαστικών. Τα προκαταρκτικά αποτελέσματα μας έδειξαν ότι από τα γονίδια που κωδικοποιούν τις τρεις τρανσγελίνες της Δροσόφιλας μόνο το Chd64 είναι απαραίτητο για τη βιωσιμότητα και τη σωστή ανάπτυξη των μυϊκών και επιθηλιακών ιστών. Για να μελετήσουμε τη λειτουργία του γονιδίου ήταναπαραίτητο: α) να διερευνήσουμε το πρότυπο έκφρασης του και β) να αξιολογήσουμε τα αποτελέσματα της απώλειας λειτουργίας του σε διαφορετικούς ιστούς. Έτσι, δημιουργήσαμε διαγονιδιακές μύγες που έφεραν τυχαίες ενθέσεις ενός γενωμικού τμήματος του γονιδίου συζευγμένου με GFP που επέτρεπε την παρατήρηση του ενδογενούς προτύπου έκφρασης του γονιδίου σε ζωντανό οργανισμό κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης. Ταυτόχρονα, δημιουργήσαμε ένα αντίσωμα έναντι ολόκληρης της πρωτεΐνης Chd64. Επιπλέον, προμηθευτήκαμε δύο UAS:chd64IR στελέχη και πολλά διαφορετικά GAL4 στελέχη με σκοπό να μελετήσουμε την επίδραση της μειορρύθμισης του chd64 σε διαφορετικούς ιστούς. Τέλος, δημιουργήσαμε δύο ελλείψεις που απομακρύνουν το chd64. Τα δεδομένα που έχουμε ως τώρα δείχνουν ότι το chd64 εκφράζεται έντονα στον εμβρυϊκό/προνυμφικό πεπτικό σωλήνα, στα αιμοκύτταρα, στην τραχεία, στο νευρικό σύστημα, στα περιτραχειακά κύτταρα Inka, στους εμβρυϊκούς δίσκους, στους σιελογόνους αδένες, στην επιδερμίδα και στα τενόντια κύτταρα. Επιπλέον, διαπιστώσαμε έκφραση του γονιδίου στα θυλακοκύτταρα και μισχοειδή κύτταρα των ωοθυλακίων. Σε όλους τους παραπάνω κυτταρικούς τύπους η πρωτεΐνη συσσωρεύεται στο κυτταρόπλασμα και στην περιφέρεια του κυττάρου. Λεπτομερέστερη ανάλυση των μεγάλων κυττάρων των σιελογόνων αδένων έδειξε ότι η πρωτεΐνη εντοπίζεται σε μεβρανικές δομές που αντιστοιχούν στο ενδοπλασματικό δίκτυο και στο φλοιό του κυττάρου, όπου συνεντοπίζεται με την ακτίνη. Οι μελέτες απώλειας λειτουργίας έδειξαν ότι έκφραση του chd64 είναι απαραίτητη για τη βιωσιμότητα και τη μορφολογία ή/και λειτουργικότητα των μαλπιγγιανών σωληναρίων. Συγκεκριμένα, διαπιστώσαμε ότι η αναστολή της ζυγωτικής έκφρασης του γονιδίου οδηγεί σε διόγκωση των μαλπιγγιανών σωληναρίων και σχετίζεται με τη μη φυσιολογική υποκυτταρική κατανομή της DE-καδερίνης. Ωστόσο, ο τρόπος δράσης του γονιδίου στην προαναφερθείσα διαδικασία παραμένει άγνωστος. Η απομάκρυνση της μητρικής προέλευσης Chd64 πρωτεΐνης και η εκτενέστερη εξέταση της διαδικασίας καθορισμού και της πολικότητας των κυττάρων που συγκροτούν τα μαλπιγγιανά σωληνάρια σε αγρίου τύπου και μεταλλαγμένο γενετικό υπόβαθρο με τη χρήση κατάλληλων μαρτύρων θα μας δώσουν νέες πληροφορίες σχετικά με τη λειτουργία του γονίδιου σε ολόκληρο τον οργανισμό. / In the past years many research groups have focused in the identification of genes that are involved in distinct biological processes and Drosophila has provided the ideal model-organism due to the availability of several genetic tools. The introduction of RNAi technology has greatly facilitated the conduction of many large scale genetic analyses in Drosophila. Taking advantage of the available tools we conducted an RNAi-based screen for genes involved in the morphogenesis of the somatic muscle system and wing epithelium of Drosophila melanogaster. Collectively, we tested 321 genes with either systemic or tissue-specific RNAi silencing in the mesoderm or a combination of both and discovered 58 novel genes which are required for proper development and homeostasis of the embryonic/larval muscular system. Surprisingly, in almost half of the cases we did not observe a lethal phenotype of complete penetrance arguing that the number of genes involved in the particular process is greater than the one estimated based on the results of a recently completed genome-wide scale RNAi-based muscle screen. In addition, we tested 242 genes by tissue-specific gene inactivation in the epithelia and identified 32 that are required for adult viability and 24 that are indispensible for proper adult wing morphogenesis. Among our positive hits we selected one that is required for both processes for further examination, namely chd64. Chd64 encodes a protein that consists of a calponin-homology (CH) domain and a CLIK23 motif and exhibits 42% and 43% identity with the mammalian transgelins 2 and 3 respectively. Transgelins comprise a highly conserved family of proteins that have been implicated in the bundling and stabilization of actin filaments. The Drosophila genome bears three distinct loci: CG4694 or Mp20, CG14996 or Chd64 and CG5023 by complete analogy to the mammalian genomes. Our initial results showed that out of the three genes that code for the fly transgelins only chd64 is required for viability and the proper development of muscle and epithelial tissues. In order to gain insight into the function of chd64 it was crucial to: a) explore the expression pattern of the gene and b) evaluate the effects of chd64 loss of function in diverse tissues. Thus, we generated transgenic flies that bear random insertions of a GFP-tagged genomic fragment for the gene that allowed us to visualize the endogenous gene expression pattern in the living organism throughout development. Meanwhile, we developed an antibody against the full-length Chd64 protein. Inaddition, we obtained two different UAS:chd64IR strains and many tissue specific GAL4 strains in order to explore the effects of chd64 knock-down in the specific tissues. Finally we generated two deletions that remove chd64. Our data so far indicate that chd64 is largely expressed in the embryonic/larval gut, hemocytes, trachea, nervous system, peritracheal Inka cells, imaginal discs, salivary glands, epidermis and tendon cells. In addition, we observed chd64 expression in the follicle and stalk cells of egg chambers. In all the above mentioned cell types the protein is accumulated in the cytoplasm and periphery. More detailed analysis using the large salivary gland cells shows that Chd64 is specifically localized in some membranous structures of the cytoplasm corresponding to the ER and in the cell cortex where it colocalises with actin. Our loss of function studies demonstrate that chd64 expression is indispensable for viability and for the normal morphology and/or function of malpighian tubules. We specifically observed that the ablation of chd64 zygotic expression results in the appearance of bloated tubules and is involved in the abnormal subcellular distribution of DE-cadherin. However the mode of the gene’s action in the above mentioned procedure remains unknown. Consequently, we conclude that chd64 exhibits a complicated expression pattern during development and is required for viability. Removal of the maternally derived Chd64 protein and further examination of malpighian tubule cell specification and polarity using specific markers in wild type and mutant backgrounds will provide a novel insight on the gene’s functions in the whole organism.

Page generated in 0.052 seconds