Les virus foamy simiens (VFS) sont la troisième famille des rétrovirus complexes exogènes infectant l'Homme. Ces virus, zoonotique, sont transmis par des fluides biologiques (principalement la salive), lors d'un contact direct entre un individu et un singe infecté. Ils établissent une infection chronique chez l'hôte infecté. À ce jour, aucune pathologie n'a été associée à au cas d'infections humaines par le VFS, et aucun cas de transmission secondaire n'a été rapporté dans la population. L'infection VFS représente un modèle naturel de la restriction de l'émergence d'un rétrovirus simien chez l'Homme. Lors de ma thèse, j'ai caractérisé la réponse humorale contre les VFS chez des personnes vivant au Cameroun ou au Gal infectées suite à des morsures lors d'épisodes de chasse. J'ai montré la présence d'anticorps neutralisants les VFS dans 48 sujets infectés, à des titres élevés. La population étudiée est infectée par des virus de deux génotypes qui diffèrent dans le domaine central de la protéine impliqué dans la liaison au récepteur cellulaire. J'ai montré des réponses neutralisantes spécifiques de chaque génotype des sujets étudiés et des réactivités croisées chez 40% d'entre-eux. Parmi ces derniers, la moitié est infectée par deux souches virales. En conclusion, mon travail de thèse est la première caractérisation des anticorps neutralisants chez des personnes infectées chroniquement par un VFS zoonotique : ces anticorps sont fréquemment détectés, à des titres élevés et sont dirigés contre des épitopes conservés entre les VFS de chimpanzé et de gorille. / Simian foamy virus (SFV) are the third family of exogenous complex retroviruses infecting humans. These viruses, of origins, are transmitted by body fluids (mainly saliva), through a direct contact between an individual and an infected m establish a chronic infection in the infected human host. To date, neither pathology, nor secondary transmission has be to be associated with SFV infection in humans. Therefore, SFV represents a natural model of restriction emerging simiar in humans. During my PhD, I characterized the humoral response against SFV in people living in Cameroon and Gabon, mainly infected bites during hunting episodes. I showed the presence of SFV neutralizing antibodies in the plasma of 48 infected individ titers. Our study population is infected with viruses of 2 different genotypes, which differ in the central region of the En region involved in binding to the cellular receptor.While in 60% of cases, neutralizing response was specific to a single genotype, 40% of cases showed cross-reactivity. Cr( was associated in 50% of cases with co-infection with viruses from both genotypes.In conclusion, my PhD is the first study to characterize neutralizing antibodies in individuals chronically infected with a zoonotic SFV : these antibodies are frequently detected at high titers and are directed against epitopes commonly found in chimpanzee and gorilla SFV.

Les virus entérotropes sont des virus ubiquitaires infectant une large catégorie de vertébrés dont l’homme et les primates non-humains (PNHs). Ils se transmettent principalement par voie féco-orale directe ou indirecte à la suite de laquelle ils atteignent les entérocytes et s’y multiplient. Bien que parfois asymptomatiques, les infections causées par les virus entérotropes peuvent se manifester par des gastroentérites très fréquentes chez les enfants de moins de 5 ans. Ces mêmes virus peuvent être responsables de pathologies sévères telles que les maladies respiratoires, encéphalitiques, cardiaques, neurologiques. À partir des années 1950, de nombreux virus entérotropes ont été isolés de tissus de PNHs couramment utilisés en cultures cellulaires et en recherche biomédicale. Dès lors, de nombreuses études ont été conduites sur la caractérisation des virus entérotropes principalement chez les PNHs captifs ou en contact avec l’homme. En milieu naturel, en dehors des entérovirus et des adénovirus, leur circulation, leur épidémiologie et leur diversité restent encore peu connues. L’objectif de cette thèse est donc de rechercher et caractériser les virus entérotropes chez les PNHs d’Afrique Centrale. Ainsi à partir de 600 échantillons de fèces de PNHs collectés dans des forêts et réserves naturelles au Gabon, nous avons pu mettre en évidence la circulation de différentes espèces d’entérovirus (EVs) chez les mandrills et les chimpanzés. Cette caractérisation a également permis de mettre en évidence des EVs proches d’EVs infectant l’homme ainsi que deux nouveaux sérotypes chez un chimpanzé et chez un mandrill. Nous avons également mis en évidence un astrovirus (AstV) totalement divergent d’AstVs référencés chez un gorille. En dehors de leur circulation en milieu naturel, les virus entérotropes sont également présents chez les PNHs en contact fréquents avec l’homme. De ce fait à partir d’échantillons fécaux d’un groupe de 12 chimpanzés du Sanctuaire de Tchimpounga, nous avons caractérisé l’EV-C99 responsable de cas de paralysie chez l’homme et probablement responsable de celle observée chez un chimpanzé. De plus, deux sapovirus (SaVs) très proches d’un SaV identifié chez l’homme ont également été caractérisés. L’Afrique Centrale est donc caractérisée par une diversité de virus entérotropes qui circulent chez les PNHs. L’identification chez les PNHs de virus entérotropes proches en milieu naturel de ceux infectant l’homme soulève l’existence d’une probabilité de transmission inter-espèce entre les PNHs et l’homme dont le sens reste encore à déterminer. Par contre chez les PNHs du sanctuaire, la susceptibilité à ces virus humains peut être responsable de pathologies graves comme la paralysie observée chez les chimpanzés. / The enteric viruses are ubiquitous virus infecting a broad range of vertebrates, including humans and non-human primates (NHPs). They are spread by direct or indirect fecal-oral route following which they reach the enterocytes and multiply. Even though infections caused by these viruses are asymptomatic, enteric viruses could be responsible for frequent gastroenteritis in children under 5 years of age. These viruses may be responsible for severe pathologies such as respiratory, encephalitic, cardiac and neurological diseases. In the 1950s, many viruses have been isolated from NHPs species commonly used in cell culture and biomedical research. Since, many studies have been conducted to characterize, then enteric viruses have been mainly identified in captive NHPs or those living in close contact with humans. Little is known concerning the circulation, epidemiology and diversity of enteric viruses in the wild, except for enteroviruses and adenoviruses. The objective of this thesis is to investigate and characterize the enteric virus in NHPs of Central Africa. Thus from 600 samples of feces of NHPs collected in natural forests and reserves in Gabon, we highlighted the circulation of different species enteroviruses (EVs) in mandrills and chimps. We also identified EVs close to those infecting humans as well as two new serotypes in a chimpanzee and in a mandrill. We have highlighted an astrovirus (AstV) completely divergent from those referenced in a gorilla. Apart from their outstanding natural environment, enteric viruses are also present in NHPs in frequent contact with humans. Therefore fecal samples from a group of 12 chimpanzees from the Tchimpounga Sanctuary, we characterized the EV-C99 responsible for cases of paralysis in humans and probably responsible for that observed in a chimpanzee. In addition, two sapovirus (SaVs) very close to a SaV identified in humans have also been characterized. Central Africa is therefore characterized by a diversity of enteric virus circulating in NHPs. The identification in the wild of enteric virus in NHPs close to those infecting humans raises probability of cross-species transmissions between NHPs and humans whose sense remains to be determined. However in NHPs in the sanctuary, susceptibility to these human viruses can be responsible for severe diseases such as paralysis observed in chimpanzee.