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Le virus de l‘hépatite E (VHE) est endémique mondialement. Dans les pays en voie de développement, le VHE est une cause majeure d'hépatite aiguë et l'hépatite E est une maladie du péril fécal, transmise par la consommation d'eau contaminée. Le taux de mortalité de l'hépatite E aiguë en situation d'épidémie est estimé entre 0,2 et 4%. Dans les pays développés, l'hépatite E d'origine autochtone a émergé au début du XXIème siècle et un réservoir porcin à l'origine de transmissions zoonotiques du VHE a été établi. En 2008, pour la première fois, des formes chroniques de l'hépatite E ont été décrites révélant que le VHE était également une cause d'hépatite chronique et de cirrhose. Ces nouvelles formes d'hépatite E ont été rapportées chez des patients immunodéprimés pour transplantation d'organes solides, par le virus de l'immunodéficience humaine ou par des hémopathies malignes ou les traitements de ces hémopathies. Les travaux de cette Thèse ont eu pour objectifs de décrire les aspects cliniques puis épidémiologiques de l'hépatite E, d'étudier certains aspects immunologiques de l'hôte et certains aspects virologiques des VHE dans le but de comprendre les mécanismes conduisant au développement d'une hépatite E chronique dans la population des patients transplantés d'un rein suivis au CHU de Marseille. Nous avons décrit dans une étude rétrospective les caractéristiques et l'histoire naturelle de 16 infections autochtones diagnostiquées devant une hépatite inexpliquée. Nous avons décrit une évolution majoritairement chronique de l'hépatite E et son potentiel cirrhogène. / Hepatitis E virus (HEV) is endemic worldwide. In developing countries, HEV is a major cause of acute hepatitis and hepatitis E is a disease transmitted by the faecal-oral route through contaminated water. The estimated mortality rate of acute hepatitis E in the setting of outbreaks ranges from 0.2 to 4%. In developed countries, hepatitis E of autochthonous origin emerged at the beginning of twenty-first century and a porcine reservoir for HEV has been established that is a source for zoonotic transmission. In 2008, for the first time, chronic forms of hepatitis E have been reported showing that HEV was also a cause of chronic hepatitis and cirrhosis. These new forms of hepatitis E have been reported in immunocompromised patients due to solid organ transplantation, infection by human immunodeficiency virus, hematological malignancies or treatment of these malignancies. The objectives of this Thesis have been to describe the clinical and epidemiological features of hepatitis E, to examine some immunological aspects of the host and some virological aspects of HEV in order to understand the mechanisms leading to the development of chronic hepatitis E in the population of kidney transplant recipients followed at the University Hospital of Marseille. In a retrospective study, we described the characteristics and natural history of 16 HEV infections diagnosed in patients presenting with unexplained hepatitis. We described that hepatitis E progressed the most frequently towards chronicity and possibly towards liver cirrhosis. We showed that after dose reduction of immunosuppressants, more than half of the chronic infections resolved.

A dissertation submitted to the Faculty of Science, University of the Witwatersrand, Johannesburg, South Africa, in ful lment of the requirements for the degree of Master of Science in Statistics November, 2017 / This study presents survival modelling and evaluation of risk factors of graft survival in the context of kidney transplant data generated in South Africa. Beyond the Kaplan-Meier estimator, the Cox proportional hazard (PH) model is the standard method used in identifying risk factors of graft survival after kidney transplant. The Cox PH model depends on the proportional hazard assumption, which is rarely met. Assessing and accounting for this assumption is necessary before using this model. When the PH assumption is not valid, modi cation of the Cox PH model could o er more insight into parameter estimates and the e ect of time-varying predictors at di erent time points. This study aims to identify the survival model that will e ectively describe the study data by employing the Cox PH and parametric accelerated failure time (AFT) models. To identify the risk factors that mediate graft survival after kidney transplant, secondary data involving 751 adults that received a single kidney transplant in Charlotte Maxeke Johannesburg Academic Hospital between 1984 and 2004 was analysed. The graft survival of these patients was analysed in three phases (overall, short-term and long-term) based on the follow-up times. The Cox PH and AFT models were employed to determine the signi cant risk factors. The purposeful method of variable selection based on the Cox PH model was used for model building. The performance of each model was assessed using the Cox-Snell residuals and the Akaike Information Criterion. The t of the appropriate model was evaluated using deviance residuals and the delta-beta statistics. In order to further assess how appropriately the best model t the study data for each time period, we simulated a right-censored survival data based on the model parameter-estimates. Overall, the PH assumption was violated in this study. By extending the standard Cox PH model, the resulting models out-performed the standard Cox PH model. The evaluation methods suggest that the Weibull model is the most appropriate in describing the overall graft survival, while the log-normal model is more reasonable in describing short-and long-term graft survival. Generally, the AFT models out-performed the standard Cox regression model in all the analyses. The simulation study resulted in parameter estimates comparable with the estimates from the real data. Factors that signi cantly in uenced graft survival are recipient age, donor type, diabetes, delayed graft function, ethnicity, no surgical complications, and interaction between recipient age and diabetes. Statistical inferences made from the appropriate survival model could impact on clinical practices with regards to kidney transplant in South Africa. Finally, limitations of the study are discussed in the context of further studies. / MT 2018

by Francis Ka-leung Chan. / Thesis (M.D.)--Chinese University of Hong Kong, 1997. / Includes bibliographical references (p. 187-210). / Electronic reproduction. Hong Kong : Chinese University of Hong Kong, [2012] System requirements: Adobe Acrobat Reader. Available via World Wide Web. / Mode of access: World Wide Web.

Tsang Kam Sze Kent. / "March 2002." / Thesis (Ph.D.)--Chinese University of Hong Kong, 2002. / Includes bibliographical references (p. 277-339). / Electronic reproduction. Hong Kong : Chinese University of Hong Kong, [2012] System requirements: Adobe Acrobat Reader. Available via World Wide Web. / Mode of access: World Wide Web. / Abstracts in English and Chinese.

En Méditerranée, comme dans de nombreux autres endroits autour du monde, les herbiers à phanérogames marines sont en régression suite à laugmentation des pressions anthropiques sur les zones côtières. Dans ce travail, nous avons abordé la problématique de la transplantation de Posidonia oceanica dans la Baie de la Revellata. Les objectifs de ce travail étaient, dune part, de tester une technique de transplantation écologiquement « propre » et lutilisation de pousses « flottantes » comme transplants. Dautre part, notre travail devait nous permettre dessayer de mettre en évidence les modifications, tant morphologiques que physiologiques intervenant dans les transplants de P. oceanica. Enfin, le bouturage naturel étant une voie de recolonisation connue chez les phanérogames marines, notre recherche devait permettre de mieux appréhender la biologie fondamentale de cette espèce et de vérifier si cette recolonisation par bouturage naturel est vraiment envisageable. Les matériaux choisis pour fabriquer les grilles de transplantation, à savoir, du bambou et des liens en sisal, ne permettent pas de réaliser des expériences de transplantation à long terme. En effet, le bambou bien que peu putrescible sest quand même désagrégé après les 3 ans de transplantation mais surtout, les liens en sisal se sont rompus dès la première année dexpérience entraînant la destruction des grilles et le détachement des transplants. Le taux de survie sur les grilles a été mesuré régulièrement entre mars 2002 et mars 2005. Les résultats obtenus pour les transplants orthotropes montrent que les transplants survivent bien durant la première année dexpérimentation mais par la suite, le taux de survie diminue régulièrement pour atteindre une valeur très basse après trois ans. De faibles taux de survie ont été observés dans dautres expériences de transplantation réalisées sur P. oceanica. Au niveau des transplants plagiotropes, le taux de survie est resté très élevé durant plus dun an mais est rapidement tombé à zéro par la suite. Une des principales causes de ces mauvais taux de survie est la destruction des grilles qui maintenaient les transplants en place. Le taux de ramification obtenus sur les transplants orthotropes survivants sont encourageant puisque la grande majorité des transplants ont développé de nouveaux faisceaux. Le nombre de faisceaux de feuilles par transplant augmente rapidement tout au long de lexpérience et après trois ans, certains transplants ne portant quun unique faisceau de feuille au départ, en présentaient jusquà six. Pour les transplants plagiotropes, on observe une augmentation rapide du nombre de faisceaux de feuilles en début dexpérience puis cette augmentation diminue et le nombre de faisceaux est resté stable. Différents paramètres biométriques ont régulièrement été mesurés en laboratoire sur les transplants durant les 3 années dexpérience. On peut noter des différences significatives entres les résultats obtenus sur les transplants et ceux mesurés sur les pousses témoins à 17 mètres de profondeur. Le nombre de feuilles par faisceau est plus faible sur les transplants. De même, la longueur maximale des feuilles, leur largeur et donc la surface foliaire, bien que suivant les mêmes variations saisonnières que celles des pousses témoins, sont inférieures dans les transplants. La croissance et la biomasse foliaire des transplants sont significativement plus faibles que celles des pousses témoins. Au niveau de la biomasse racinaire, par contre, on observe un développement des racines dès le troisième mois dexpérience et cette augmentation se poursuit durant les trois années de croissance des transplants. Cette augmentation de la biomasse racinaire au détriment de la biomasse foliaire indique bien le rôle prépondérant joué par les organes souterrains dans la survie et le développement des transplants. Les modifications des paramètres biométriques saccompagnent de modifications au niveau morphologique. Les transplants initialement orthotropes changent de mode de croissance et deviennent progressivement plagiotropes avec des rhizomes horizontaux, des feuilles courbées, plus étroites et plus courtes que les témoins orthotropes. Le mode de croissance plagiotrope étant la forme colonisatrice de P. oceanica, ce changement constitue une modification positive et indispensable pour la recolonisation des zones altérées. Les concentrations en chlorophylles ont été mesurées dans les feuilles des transplants et des pousses témoins entre mars 2002 et mars 2005. Les résultats obtenus montrent une évolution saisonnière marquée dans les deux types de pousses. Les transplants montrent des concentrations nettement inférieures à celles des pousses témoins dès leur mise en place. Malgré une augmentation constante des concentrations dans les transplants durant les trois ans, les concentrations mesurées à la fin de lexpérience restent toujours plus faibles dans les transplants. Ce déficit en chlorophylle peut en partie expliquer la croissance et la biomasse réduites des transplants. Les dosages des concentrations en fer dans les différents organes des transplants et des pousses témoins ne montrent pas de différence significative entre les deux types de pousses. Le fer et la chlorophylle étant métaboliquement liés, un déficit en fer aurait pu expliquer les différences observées dans les concentrations en chlorophylles entre pousses témoins et transplants mais cette situation doit trouver sa source ailleurs. Les concentrations en carbone et en azote ont également été mesurées dans les différents organes des transplants tout au long de lexpérience. Si les concentrations en carbone ne montrent pas de différences significatives entre les pousses témoins et les transplants, les concentrations en azote, elles, diffèrent significativement. En effet, dans les feuilles des transplants, les concentrations en azote son plus faibles tout au long de lexpérience. La situation est la même dans les rhizomes en début et en fin dexpérience. Enfin, dans les racines, les comparaisons ponctuelles effectuées semblent également indiquer un déficit en azote dans les tissus des transplants. Comme cela à déjà été noté dans dautres expériences, il semble que les transplants nont pas les capacités dassimilation nécessaires pour faire face à leurs besoins en nutriments. La situation est la même pour les concentrations en phosphore dans les différents organes des transplants. Les concentrations mesurées sont significativement plus faibles que celles mesurées dans les pousses témoins à la même profondeur. A nouveau, ce déficit en phosphore est présent dès la mise en place des transplants. Au vu des différents dosages réalisés dans les transplants pendant notre étude, il semble que lutilisation de pousses « flottantes » comme transplants ne constitue pas une bonne alternative à larrachage de pousses saines dans lherbier en place. En effet, les dosages réalisés en début dexpérience ont montré que les pousses « flottantes » récoltées présentaient déjà un déficit en chlorophylles et en nutriments dans leurs feuilles, ce qui représente un handicap pour leur bon développement. Etant donné le stress et les conditions de vie difficiles que doivent supporter les transplants (isolation de lherbier, absence de racines), il est nécessaire que les pousses transplantées soient saines et en possession de leur stocks de nutriments intacts. Les essais de fertilisation du sédiment à laide de bâtonnets dengrais commerciaux nont pas donné de résultats satisfaisants. Les paramètres biométriques mesurés dans les transplants nétaient pas différents de ceux mesurés sur les transplants non fertilisés. Au contraire, les grilles fertilisées montraient en moyenne moins de faisceaux de feuilles que les autres. Par contre, au niveau des concentrations en chlorophylles, les transplants fertilisés montraient des valeurs plus importantes. Toutefois, ces concentrations en chlorophylles plus élevées nont pas induit une augmentation de la croissance des feuilles. Dans les feuilles et les racines des transplants fertilisés, on a observé une augmentation des concentrations en azote mais a nouveau pas de stimulation de la croissance et du développement. La méthode dengraissement utilisée ne semble donc pas convenir pour améliorer le développement des transplants. Enfin, les expériences de marquages isotopiques réalisées en fin dexpérience nous montrent que les différents processus de transport des nutriments entre les différents compartiments de la plante sont bien présents et les nutriments assimilés au niveau des feuilles sont transportés vers les organes souterrains pour assurer le développement rapide des racines. Par contre, les processus de recyclage de ces nutriments sont très réduits voire absents dans les transplants puisquon nobserve aucun transport des nutriments depuis les feuilles adultes vers les feuilles intermédiaires en croissance active. Les expériences de marquages réalisées à long terme ont confirmé le transport des nutriments depuis les feuilles vers les organes souterrains et ce durant les 9 mois dexpérience. A nouveau, ces nutriments doivent être utilisés pour le développement du système racinaire indispensable à lassimilation des nutriments nécessaires pour couvrir la croissance et le développement des transplants. En conclusion, la transplantation de P. oceanica semble difficile à réaliser et en dehors dun mauvais choix de support, les dosages réalisés nous montrent que les transplants ont des difficultés à faire face à leurs besoins en nutriments nécessaires à leur développement en absence de connexion avec le reste de lherbier et en absence de racines. La colonisation ou la recolonisation par bouturage de pousses de P. oceanica naturellement arrachées semble donc être peu probable et très aléatoire au vu des données récoltées dans ce travail.

Etude des Treg dans la physiopathologie du syndrome de Wiskott-Aldrich et étude de la reconstitution des Treg dans les greffes de cellules souches hématopoïétiques après un conditionnement nonmyéloablateur.

Primarily expressed by trophoblast cells, human leukocyte antigen-G (HLA-G) plays an essential role in maintaining maternal-fetal immune tolerance. Having previously been detected following heart transplantation, we sought to establish the value of HLA-G in identifying freedom from moderate or severe rejection post-heart transplant, and the capability of its expression in vitro. After assessing myocardial HLA-G expression through immunohistochemistry, we demonstrated that it was significantly more prevalent in non-rejecting than rejecting heart transplant recipients. Utilizing vascular endothelial and smooth muscle cell culture models, we also determined that while HLA-G expression remains tightly regulated, its expression in vitro can be induced following progesterone treatment in a dose-dependent manner. Hence, HLA-G may reliably identify patients with a low immunological risk of developing subsequent clinically significant rejection post-heart transplant. Furthermore, HLA-G expression can be induced in cultured endothelial and smooth muscle cells, which might represent a strategy to protect against allograft rejection and vasculopathy.

The ability of articular cartilage to self-repair after injury is limited due to the nature of the tissue. Biological repair is a promising treatment for cartilage injuries but success is limited by the ability to integrate with native cartilage. An in vitro model can be developed to investigate factors that regulate cartilage repair. A tissue engineered cartilage construct was placed into a host bovine osteochondral explant and cultured for 4 and 8 weeks. This same construct was cultured under stimulated and unstimulated conditions for 2 and 4 weeks. Autologous osteochondral implants served as controls. Integration was evaluated histologically, biochemically, biomechanically and for changes in gene expression. The tissue-engineered implants integrated over time whereas the autologous implants did not. Mechanical stimulation and prolonged incubation improved integration between implant and host tissue. An in vitro model of repair-native cartilage integration has been developed which is suitable for further study of tissue integration.

The ability of articular cartilage to self-repair after injury is limited due to the nature of the tissue. Biological repair is a promising treatment for cartilage injuries but success is limited by the ability to integrate with native cartilage. An in vitro model can be developed to investigate factors that regulate cartilage repair. A tissue engineered cartilage construct was placed into a host bovine osteochondral explant and cultured for 4 and 8 weeks. This same construct was cultured under stimulated and unstimulated conditions for 2 and 4 weeks. Autologous osteochondral implants served as controls. Integration was evaluated histologically, biochemically, biomechanically and for changes in gene expression. The tissue-engineered implants integrated over time whereas the autologous implants did not. Mechanical stimulation and prolonged incubation improved integration between implant and host tissue. An in vitro model of repair-native cartilage integration has been developed which is suitable for further study of tissue integration.