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Photosynthetic characteristics of free-living phycobionts from lichensWood, Louise January 1999 (has links)
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Polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism identification of trebouxia lichen photosymbiontsGysling, Kevin 01 January 2009 (has links)
Lichens are defined as symbiotic associations composed of a fungal partner, the mycobiont, and one or more photosynthetic partners, the photobiont (1). A currently employed method for the identification of photobionts is the culture of photobiont from the lichen, but this method employs a labor intensive and long cultivation period, thus identification has been neglected. Out of the approximatelyl4,000 lichen described, only about 4% oflichen photobionts have been identified to species (1). In this study we investigated the feasibility of developing a polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) identification system for rapidly identifying lichen algae of the genus Trebouxia (In this study we consider Pseudo-Trebouxia part of the genus Trebouxia).
DNA was isolated and purified from cultures of each Trebouxia species. A 1300 hp fragment of the 5' region of the nuclear-encoded large subunit (26S) ribosomal RNA genes was amplified by PCR (2). This 5'region of the 26S region is considered to be a byper-variable region because it differs amongst Trebouxia (2) making it a good candidate for RFLP. The sequences were then analyzed with restriction analysis software to determine restriction maps and individual virtual RFLP patterns. Patterns were constructed using the program SPR Opt (SNP and PCR-RFLP Optimization) allowing each Trebouxia species to be identified by a distinctive restriction pattern. We were unable to validate the key due to contamination of materials, which lead to inconclusive data. Future experiments aim to validate the key by comparing the virtual RFLP patterns to the actual patterns obtained for each type culture of each species.
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Taxonomy and Symbiosis in Associations of Physciaceae and Trebouxia / Taxonomie und Symbiose in Assoziationen von Physciaceen und TrebouxiaHelms, Gert 06 November 2003 (has links)
Die Familie der Physciaceen (lichenisierte Ascomyceten) und deren kompatible Photobionten wurden mit Hilfe von nrITS-Sequenzierungen untersucht. Es wurde Frisch- oder Herbarmaterial bearbeitet, das weltweit gesammelt worden war und 23 der 27 Physciaceengattngen repräsentierte. Die Sequenzdaten erlaubten eine differenzierte taxonomische Bearbeitung beider Biontengruppen. Basale Linien der Physciaceenphylogenie waren eng korreliert mit der Verteilung mehrerer phänotypischer Merkmale. Es konnte gezeigt werden, daß die Caliciaceen, eine andere Flechtenfamilie, die Schwestergruppe zu einer der vier Hauptlinien der Physciaceen bilden. Alle Proben der Physciaceen waren mit Algen aus der Gattung Trebouxia assoziiert. Ein Datensatz von über 300 Trebouxia nrITS-Sequenzen wurde zusammengestellt, der eine zuvor ungekannte Diversität innerhalb der Gattung Trebouxia repräsentiert. Die Taxonomie dieser Gattung wurde revidiert und ein System zur Abgrenzung und Zuordnung von nrITS-Varianten vorgeschlagen, das eine Strukturierung der gefundenen Diversität erlaubt. Viele der untersuchten Physciaceenarten erschienen hoch selektiv in Bezug auf ihre kompatiblen Photobionten. Im Gegensatz dazu konnte bei keinem der Photobionten eine Beschränkung auf nur eine Mycobiontenlinie gezeigt werden. Die Beschränkung vieler Mycobionten auf einen bestimmten Photobionten wurde als eine ökologische Abhängigkeit des Mycobionten von seinem kompatiblen Photobionten interpretiert. Daher wurde untersucht, ob Artbildungsereignisse in Trebouxia, Artbildungsereignisse in den assoziierten Physciaceen auslösen können. In einem Vergleich der Trebouxia- mit der Physciaceenphylogenie konnten jedoch keine korrelierten Verzweigungsmuster festgestellt werden. Hauptlinien der Trebouxien waren allerdings mit Umweltparametern, wie z.B. Substrat-pH und Makroklima korreliert. Die Evolution der Physciaceen war von diesen Faktoren offensichtlich deutlich weniger abhängig.Die nrSSU-Gene der Physciaceen enthielten mehr Introns als die aller anderen bekannter Organismengruppen. Der einzigartige Datensatz konnte genutzt werden, um konservierte Regionen innerhalb dieser Introns zu identifizieren. Auf diese konservierten Regionen konnten Primer konstruiert werden, die mit allen Introns einer Insertionsstelle kompatibel waren. Mit Hilfe dieser Primer konnten Introns detektiert werden, die bei der nrSSU-Sequenzierung unerkannt geblieben waren.
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Manganese as a site factor for epiphytic lichens / Mangan als Standortfaktor für epiphytische FlechtenPaul, Alexander 27 April 2005 (has links)
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