Les truffes sont des champignons ectomycorhiziens du genre Tuber, au sein des Pézizomycètes, vivant en symbiose avec de nombreux arbres et arbustes. Parmi les Pézizomycètes se retrouvent des espèces saprotrophes, pathogènes et symbiotiques ainsi que des champignons très connus comme les truffes et les morilles. Malgré leur intérêt, la structure et l'évolution des génomes des champignons de la classe des Pézizomycètes est encore mal connue. Les objectifs de ma thèse étaient de caractériser la structure et l'évolution des génomes de Truffes et d'autres Pézizomycètes. Une analyse de génomique comparative entre huit génomes de Pézizomycètes, dont trois de truffes, a montré que l'expansion de la taille des génomes des truffes, due principalement aux rétrotransposons gypsy, a probablement eu lieu chez l'ancêtre commun des Tuberaceae il y a environ 150 millions d'années. Ensuite, une réduction de leur contenu en gènes, et principalement en enzymes dégradant la paroi végétale, a eu lieu chez l'ancêtre des Tuber il y a environ 100 millions d'années. Des convergences et des divergences évolutives ont été mise en évidence entre les champignons ectomycorhiziens basidiomycètes et les truffes. Une analyse de génomique comparative au sein de l'espèce T. melanosporum a quant à elle permis de caractériser une ressource de plus de 400000 polymorphismes et de mettre en évidence des traces de sélection. Enfin une analyse plus détaillée des rétrotransposons gypsy présents dans le génome de T. melanosporum a montré que leur colonisation du génome est ancienne. Certains éléments semblent toutefois avoir transposé récemment suggérant que les rétrotransposons gypsy peuvent continuer de jouer un rôle dans l'évolution du génome de T. melanosporum / Truffles are ectomycorrhizal (ECM) fungi, belonging to Tuber genus in the Pezizomycete Class, that form symbiotic associations with numerous trees and shrubs. The Pezizomycetes constitute an early diverging lineage of Ascomycota composed of saprophytic, mycorrhizal and pathogenic species. Some Pezizomycetes, such as truffles and morels, are widely recognized by scientist and lay-person alike. Despite their importance, the genomic structure and evolution within the Pezizomycetes is largely unknown. The aims of my thesis were to characterize the structure and the evolution of the truffle and other Pezizomycete genomes. A comparative analysis performed using eight Pezizomycete fungi, among them three truffles, showed that the genome of truffles has evolved by a size expansion, mainly due to gypsy retrotransposons, in the common ancestor of Tuberaceae about 150 Mya. Then, a loss of the number of gene models, such as plant cell wall degrading enzymes occurred in the common ancestor of Tuber spp about 100 Mya. This study provides new insights into the evolution of the truffles, and ECM symbiosis in general, and highlights cases of divergence and convergence between Basidiomycota and truffle symbiotic species. A comparative analysis in T. melanosporum allowed characterizing a resource of more than 400,000 single nucleotide polymorphisms. This population genomic analysis allowed identifying candidate genomic regions with trace of selection. Finally, a more detailed characterization of T. melanosporum gypsy retrotransposons showed that the major invasive waves are old, but that more recently some elements have moved suggesting that retrotransposons continue to play an important role in the evolution of the truffle genome