Antecedentes: La Meningitis tuberculosa es la causante de muerte y discapacidad en más de la mitad de las personas afectadas, a pesar de la quimioterapia antituberculosa. Es necesario desarrollar herramientas que permiten abordar el diagnostico clínico de maneras más eficientes. Objetivo: Evaluar el valor diagnóstico del Árbol de Clasificación y Regresión de Thwaites para diferenciar Meningitis Tuberculosa de Meningitis Bacteriana. Material y Métodos: Es un estudio observacional, transversal y retrospectivo de evaluación de test diagnóstico en los que se utilizó las historias clínicas de pacientes con diagnóstico de meningitis tuberculosa y meningitis bacteriana del Servicio de Medicina Interna del Hospital Nacional Hipólito Unanue entre los años 2003-2012 y se aplicó el Árbol de Clasificación y Regresión de Thwaites. Resultados: Se incluyeron 108 historias clínicas, de las cuales 77 (71.30%) presentaron diagnóstico de meningitis tuberculosa y 31 (28.7%) presentaron diagnóstico de meningitis bacteriana. El Árbol de clasificación y regresión presentó una Sensibilidad de 0.80 (IC 95% 0.71-0.87), Especificidad de 0.72 (IC 95% 0.49-0.88), Valor Predictivo Positivo de 0.94 (IC 95% 0.85-0.98),Valor Predictivo Negativo fue de 0.42 (IC 95% 0.25-0.61), exactitud diagnóstica de 0.79 (IC 95% 0.70-0.86). Likelihood ratio negativo de 0.28 (IC 95% 0.17-0.46) y Likelihood ratio positivo de 2.88 (IC 95% 1.36-6.11) Conclusiones: Nuestros resultados muestran que el árbol de clasificación y regresión de Twaithes es una herramienta con utilidad limitada para el diagnóstico diferencial de meningitis tuberculosa vs bacteriana. En escenarios de alta incidencia puede ser útil corroborar el diagnostico.