Introduction : Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (Map) est l’agent étiologique de la paratuberculose, qui affecte les ruminants et est suspectée d’être transmissible à l’homme en lien avec la maladie de Crohn, une inflammation chronique de l’intestin. Le contrôle de cette maladie à forte prévalence, nécessite de mieux identifier et connaître son agent. Aujourd’hui, le typage des souches repose sur la RFLP-IS900 qui est peu discriminante et peu sensible. Objectif : Dans cette optique, mon projet de thèse a eu pour objectif de développer une méthode de typage moléculaire novatrice utilisant les minisatellites afin d’évaluer le degré de diversité génétique de la sous-espèce paratuberculosis. Ce travail nécessite la construction d’une collection de souches et le développement d’une méthode de typage hautement discriminante. Résultats : Nos résultats obtenus avec huit marqueurs MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit-Variable Number Tandem Repeat) montrent que cette méthode est rapide, adaptée à Map et plus discriminante de la RFLP-IS900. Par ailleurs, ces mêmes marqueurs nous ont permis de typer une collection de souches de M. avium ssp. avium et M. avium ssp. hominissuis. Le typage MIRU-VNTR a également permis de différencier la souche vaccinale Map 316F, en fonction de son origine, laboratoire Weybridge (Royaume-Uni) et laboratoire Mérial (France). Dans le but d’affiner la discrimination de ces souches, nous nous sommes intéressés aux marqueurs microsatellites SSR (Short Sequence Repeat) analysés par séquençage. Onze loci SSR ont été analysés et évalués sur une collection de 127 souches de Map préalablement typées par MIRU-VNTR et RFLP- IS900. Les résultats suggèrent que la stratégie la plus adaptée pour la discrimination des souches consiste à utiliser dans un premier temps le typage MIRU-VNTR ; le typage SSR et la RFLP-IS900 peuvent permettre une discrimination complémentaire. Conclusion : Ce travail de thèse nous a permis de développer une méthode de typage rapide, fiable et discriminante pour l’étude de la sous-espèce paratuberculosis, mais également du complexe MAC. / Background: Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (Map) is the etiological agent of paratuberculosis, affecting wide range of domestic ruminants and suspected to be involved in Crohn’s disease in human. The control of this disease, highly prevalent, requires better identification methods and better knowledge of the etiological agent. Currently, the gold standard method to type Map strains is the IS900-RFLP. But this technique is not very sensitive and not very discriminating. Objective: In this context, the project of my thesis aimed to develop an innovative method of molecular typing using the minisatellites in order to evaluate the degree of diversity of Map. This work requires the construction of a collection of strains and the development of a new molecular typing method. Results: Our results obtained with eight MIRU-VNTR markers (Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit-Variable Number Tandem Repeat) show that MIRU-VNTR typing is a fast typing method, adapted to Map and more discriminative than IS900-RFLP. In addition, these 8 markers could be applied to type a collection of Mycobacterium avium subsp. avium and Mycobacterium avium subsp. hominissuis. MIRU-VNTR typing differentiated the vaccine strain 316F according to the laboratory of origin Weybridge (UK) or Mérial (France). In order to improve the discrimination of the strains, we used the microsatellites markers SSR (Short Sequence Repeat) using sequencing analysis of the Map genome. Eleven SSR were analysed and evaluated on a collection of 127 Map strains previously typed by MIRU-VNTR and IS900-RFLP typing. Our results suggested that the most adapted strategy to discriminate the Map strains consisted in using MIRU-VNTR typing, and that SSR and RFLP-IS900 typing to better discriminate the clustered isolates. Conclusion: The work of my thesis enabled to develop fast, reliable and robust typing method for the study of Map and also MAC subspecies.