No description available.

Le Syndrome de Taybi-Linder (TALS) est une maladie génétique rare affectant le développement embryonnaire, caractérisée par un nanisme microcéphalique sévère et un décès précoce des patients. Le gène muté dans ce syndrome est RNU4ATAC, qui encode un petit ARN nucléaire (snRNA) non-codant : U4atac. Ce snRNA est l’une des briques composant le spliceosome mineur, une machinerie nucléaire dédiée à l’épissage des introns U12, un groupe d’introns peu étudié car présent dans ~1 % des gènes seulement. Dans le TALS, ces introns sont fréquemment retenus dans les transcrits matures, l’épissage correct des introns U12 semble donc capital pour le développement embryonnaire. L’étude du profil transcriptomique des patients TALS permet ainsi d’établir les conséquences moléculaires d’un dysfonctionnement du spliceosome mineur, nous permettant d’en apprendre davantage sur les mécanismes d’épissage des introns U12 en condition physiologique ou pathologique, et sur le rôle de l’épissage mineur dans le développement embryonnaire. Cette thèse présente la première analyse approfondie du transcriptome de cellules provenant de patients TALS. Pour mener cette analyse, nous avons développé un pipeline bioinformatique qui, à partir de données RNA-seq de seconde génération, utilise différentes méthodes dédiées à l’étude différentielle de l’expression des gènes ou de la qualité d’épissage entre patients et contrôles. L’épissage étant particulièrement complexe à analyser à partir de reads courts, deux approches complémentaires ont été utilisées : l’une classique, basée sur l’alignement des reads, et l’autre plus originale, basée sur l’assemblage des reads et permettant de détecter plus d’événements d’épissage non-annotés (KisSplice). Une des conséquences attendue d’un dysfonctionnement du spliceosome mineur est une rétention massive des introns U12 dans les ARN matures. Cependant, la détection et la quantification de rétentions d’intron chez les mammifères constituent encore aujourd’hui un challenge bioinformatique. Nous avons donc utilisé une méthode récente dédiée à l’analyse des rétentions d’introns pour caractériser le plus précisément possible le profil transcriptomique des patients TALS. J’ai ainsi participé au développement de KisSplice et de notre outil d’analyse statistique des différentielles d’épissage, kissDE, et mis en évidence certaines caractéristiques de l’épissage mineur, que ce soit en condition physiologique ou pathologique / The Taybi-Linder Syndrome (TALS) is a rare genetic disorder of the embryonic development leading to a severe microcephaly, a primordial dwarfism and an early/unexpected death. The mutated gene in this syndrome is RNU4ATAC, which encode a non-coding small nuclear RNA (snRNA) named U4atac, involved in the minor spliceosome. This nuclear machinery is dedicated to the splicing of a small number of particular introns : the U12 introns. Because only about 1 % of the Human’s genes display at least one U12 intron, they have not been extensively study and little is known about their function. In TALS patients’ cells, most of the U12 introns are retained in mature transcripts ; hence, splicing of U12 introns seems important for the embryonic development. Studying TALS patients’ cells transcriptomes both in physiological and pathological conditions should enable us to precisely identify most of the molecular consequences of a minor splicing defect and could shed light on the mechanism linking minor splicing and embryonic development. This thesis is the first work to conduct an in depth analysis of TALS patients’ cells transcriptomes. In order to do a precise analysis, we developed a bioinformatic pipeline that uses multiple methods to detect differentially expressed or spliced genes between patients and controls and from second generation RNA-seq data. Splicing analysis is a very complex task complete with short reads ; hence, we used two complementary approaches. The first one is based on reads alignement to a reference genome, method conventionnally used to work on splicing, and the second one is based on reads assembly (KisSplice), a original method enabling to find more non-annotated splicing events. One of the expected consequences of a minor splicing malfunction is a global U12 introns retention in mature transcripts. However, intron retention detection and quantification in mammals is particulary difficult task in mammals, thus we used a new method dedicated to intron retentions analysis to study the transcriptomic profile of TALS patients. During my thesis, I was one of the developer of KisSplice and kissDE, our differential splicing analysis tool, and I identified important charcteristics of minor splicing either in physiological or pathological conditions

Title: Analysis of the game performance in relation to different types of the match mini-basketball players. Objectives: The objective of this study is analysis and comparison of the selected performance indicators of the player in relation to the current competiton system in the Czech minibasketball (5x5 vs 3x3 with one basket). Methods: As a research method, the method of observation of the video recordings. Using the basic statistic and arithmetic methods, the measured data were processed statistically and consequently, graphically also. Results: It was discovered that frequency of selected performance indicators is higher , for the whole team as well as individual players in form of modified minibasketball 3x3, in most cases. Key words: 5x5, 3x3, performance indicators, modification, U11, U12, Baskeťáci TJ Sokol Josefov

Les transporteurs ABC sont les membres d'une superfamille de protéines qui utilisent l'hydrolyse de l'ATP pour déplacer une large gamme de substrats au travers des membranes biologiques. Les membres de la sous famille ABCC sont généralement caractérisés par un domaine transmembranaire supplémentaire en région N-terminal (TMD0). Dans cette étude, nous avons analysé deux gènes ABCC de plantes : CrABCC1 de Catharanthus roseus et AtABCC13 son orthologue chez Arabidopsis thaliana. L'analyse phylogénétique répartit les ABCC de plantes dans 3 clades distinctes. Les clades I et II sont spécifiques aux plantes tandis que le clade III est le seul associant des ABCC humains et de plantes. Le criblage de la base de données a permis d'identifier 16 séquences ABCC chez Catharanthus roseus parmi lesquelles 2 appartiennent à CrABCC. / ABC transporters are members of a large superfamily of proteins that utilize ATP hydrolysis to translocate a wide range of substrate across biological membranes. Members of C. subfamily (ABCC) are generally structurally characterized by an additional (N-Terminal) transmembrane domain (TMD0). In this study the analysed two plant ABCC : CrABCC1 from Catharanthus roseus and AtABCC13, it's ortholog in Arabidopsis thaliana. Phylogenetic analysis of plant ABCCs separates their protein sequences over three distinct clusters : I and II are plant specific whereas cluster III is the only gathering humain and plant ABCCs. Screening of plant database allowed us to identify 16 different ABCCs sequences in Catharanthus roseus.

No description available.

Topic: Analysis of game in girls minibasketball from the perspective of interruptions by referees. Aim: The aim in this thesis is to make a analysis in one season in girls minibasketbal games in all categories to find out how often and why referees are interrupting the game. Than to make a statistic of all games and compare categories between themselves. Primary aim is to make the analysis which will show characteristic of interrupting the game and how often they are happening in game. Methods: Taking into consideration quantitative survey, my dissertation work was based on methods of secondary information collecting that implies secondary statistical analysis and observation with taking records down. Results: In average there are 98,14 interrupting in game of minibasketbal from referee. The travelling and ball outside of playcourt are the most often violations. There are differences between categories. Key words: Basketball, girls minibasketbal, categories U11, U12, U13 referee in minibasketbal, modification of basketball rules, types of interrupting game by referee

L'incessant augment del nombre de seqüències genòmiques, juntament amb l'increment del nombre de tècniques experimentals de les que es disposa, permetrà obtenir el catàleg complet de les funcions cel.lulars de diferents organismes, incloent-hi la nostra espècie. Aquest catàleg definirà els fonaments sobre els que es podrà entendre millor com els organismes funcionen a nivell molecular. Al mateix temps es tindran més pistes sobre els canvis que estan associats amb les malalties. Per tant, la seqüència en brut, tal i com s'obté dels projectes de seqüenciació de genomes, no té cap valor sense les anàlisis i la subsegüent anotació de les característiques que defineixen aquestes funcions. Aquesta tesi presenta la nostra contribució en tres aspectes relacionats de l'anotació dels gens en genomes eucariotes. Primer, la comparació a nivell de seqüència entre els genomes humà i de ratolí es va dur a terme mitjançant un protocol semi-automàtic. El programa de predicció de gens SGP2 es va desenvolupar a partir d'elements d'aquest protocol. El concepte al darrera de l'SGP2 és que les regions de similaritat obtingudes amb el programa TBLASTX, es fan servir per augmentar la puntuació dels exons predits pel programa geneid, amb el que s obtenen conjunts d'anotacions més acurats d'estructures gèniques. SGP2 té una especificitat que és prou gran com per que es puguin validar experimentalment via RT-PCR. La validació de llocs d'splicing emprant la tècnica de la RT-PCR és un bon exemple de com la combinació d'aproximacions computacionals i experimentals produeix millors resultats que per separat. S'ha dut a terme l'anàlisi descriptiva a nivell de seqüència dels llocs d'splicing obtinguts sobre un conjunt fiable de gens ortòlegs per humà, ratolí, rata i pollastre. S'han explorat les diferències a nivell de nucleòtid entre llocs U2 i U12, pel conjunt d'introns ortòlegs que se'n deriva d'aquests gens. S'ha trobat que els senyals d'splicing ortòlegs entre humà i rossegadors, així com entre rossegadors, estan més conservats que els llocs no relacionats. Aquesta conservació addicional pot ser explicada però a nivell de conservació basal dels introns. D'altra banda, s'ha detectat més conservació de l'esperada entre llocs d'splicing ortòlegs entre mamífers i pollastre. Els resultats obtinguts també indiquen que les classes intròniques U2 i U12 han evolucionat independentment des de l'ancestre comú dels mamífers i les aus. Tampoc s'ha trobat cap cas convincent d'interconversió entre aquestes dues classes en el conjunt d'introns ortòlegs generat, ni cap cas de substitució entre els subtipus AT-AC i GT-AG d'introns U12. Al contrari, el pas de GT-AG a GC-AG, i viceversa, en introns U2 no sembla ser inusual. Finalment, s'han implementat una sèrie d'eines de visualització per integrar anotacions obtingudes pels programes de predicció de gens i per les anàlisis comparatives sobre genomes. Una d'aquestes eines, el gff2ps, s'ha emprat en la cartografia dels genomes humà, de la mosca del vinagre i del mosquit de la malària, entre d'altres. El programa gff2aplot i els filtres associats, han facilitat la tasca d'integrar anotacions de seqüència amb els resultats d'eines per la cerca d'homologia, com ara el BLAST. S'ha adaptat també el concepte de pictograma a l'anàlisi comparativa de llocs d splicing ortòlegs, amb el desenvolupament del programa compi. / El aumento incesante del número de secuencias genómicas, junto con el incremento del número de técnicas experimentales de las que se dispone, permitirá la obtención del catálogo completo de las funciones celulares de los diferentes organismos, incluida nuestra especie. Este catálogo definirá las bases sobre las que se pueda entender mejor el funcionamiento de los organismos a nivel molecular. Al mismo tiempo, se obtendrán más pistas sobre los cambios asociados a enfermedades. Por tanto, la secuencia en bruto, tal y como se obtiene en los proyectos de secuenciación masiva, no tiene ningún valor sin los análisis y la posterior anotación de las características que definen estas funciones. Esta tesis presenta nuestra contribución a tres aspectos relacionados de la anotación de los genes en genomas eucariotas. Primero, la comparación a nivel de secuencia entre el genoma humano y el de ratón se llevó a cabo mediante un protocolo semi-automático. El programa de predicción de genes SGP2 se desarrolló a partir de elementos de dicho protocolo. El concepto sobre el que se fundamenta el SGP2 es que las regiones de similaridad obtenidas con el programa TBLASTX, se utilizan para aumentar la puntuación de los exones predichos por el programa geneid, con lo que se obtienen conjuntos más precisos de anotaciones de estructuras génicas. SGP2 tiene una especificidad suficiente como para validar esas anotaciones experimentalmente vía RT-PCR. La validación de los sitios de splicing mediante el uso de la técnica de la RT-PCR es un buen ejemplo de cómo la combinación de aproximaciones computacionales y experimentales produce mejores resultados que por separado. Se ha llevado a cabo el análisis descriptivo a nivel de secuencia de los sitios de splicing obtenidos sobre un conjunto fiable de genes ortólogos para humano, ratón, rata y pollo. Se han explorado las diferencias a nivel de nucleótido entre sitios U2 y U12 para el conjunto de intrones ortólogos derivado de esos genes. Se ha visto que las señales de splicing ortólogas entre humanos y roedores, así como entre roedores, están más conservadas que las no ortólogas. Esta conservación puede ser explicada en parte a nivel de conservación basal de los intrones. Por otro lado, se ha detectado mayor conservación de la esperada entre sitios de splicing ortólogos entre mamíferos y pollo. Los resultados obtenidos indican también que las clases intrónicas U2 y U12 han evolucionado independientemente desde el ancestro común de mamíferos y aves. Tampoco se ha hallado ningún caso convincente de interconversión entre estas dos clases en el conjunto de intrones ortólogos generado, ni ningún caso de substitución entre los subtipos AT-AC y GT-AG en intrones U12. Por el contrario, el paso de GT-AG a GC-AG, y viceversa, en intrones U2 no parece ser inusual. Finalmente, se han implementado una serie de herramientas de visualización para integrar anotaciones obtenidas por los programas de predicción de genes y por los análisis comparativos sobre genomas. Una de estas herramientas, gff2ps, se ha utilizado para cartografiar los genomas humano, de la mosca del vinagre y del mosquito de la malaria. El programa gff2aplot y los filtros asociados, han facilitado la tarea de integrar anotaciones a nivel de secuencia con los resultados obtenidos por herramientas de búsqueda de homología, como BLAST. Se ha adaptado también el concepto de pictograma al análisis comparativo de los sitios de splicing ortólogos, con el desarrollo del programa compi. / The constantly increasing amount of available genome sequences, along with an increasing number of experimental techniques, will help to produce the complete catalog of cellular functions for different organisms, including humans. Such a catalog will define the base from which we will better understand how organisms work at the molecular level. At the same time it will shed light on which changes are associated with disease. Therefore, the raw sequence from genome sequencing projects is worthless without the complete analysis and further annotation of the genomic features that define those functions. This dissertation presents our contribution to three related aspects of gene annotation on eukaryotic genomes. First, a comparison at sequence level of human and mouse genomes was performed by developing a semi-automatic analysis pipeline. The SGP2 gene-finding tool was developed from procedures used in this pipeline. The concept behind SGP2 is that similarity regions obtained by TBLASTX are used to increase the score of exons predicted by geneid, in order to produce a more accurate set of gene structures. SGP2 provides a specificity that is high enough for its predictions to be experimentally verified by RT-PCR. The RT-PCR validation of predicted splice junctions also serves as example of how combined computational and experimental approaches will yield the best results. Then, we performed a descriptive analysis at sequence level of the splice site signals from a reliable set of orthologous genes for human, mouse, rat and chicken. We have explored the differences at nucleotide sequence level between U2 and U12 for the set of orthologous introns derived from those genes. We found that orthologous splice signals between human and rodents and within rodents are more conserved than unrelated splice sites. However, additional conservation can be explained mostly by background intron conservation. Additional conservation over background is detectable in orthologous mammalian and chicken splice sites. Our results also indicate that the U2 and U12 intron classes have evolved independently since the split of mammals and birds. We found neither convincing case of interconversion between these two classes in our sets of orthologous introns, nor any single case of switching between AT-AC and GT-AG subtypes within U12 introns. In contrast, switching between GT-AG and GC-AG U2 subtypes does not appear to be unusual. Finally, we implemented visualization tools to integrate annotation features for gene- finding and comparative analyses. One of those tools, gff2ps, was used to draw the whole genome maps for human, fruitfly and mosquito. gff2aplot and the accompanying parsers facilitate the task of integrating sequence annotations with the output of homologybased tools, like BLAST.We have also adapted the concept of pictograms to the comparative analysis of orthologous splice sites, by developing compi.