Paired box protein - 8 (PAX8) är ett protein kodat av PAX8-genen som lokaliseras i kromosom 2. PAX8 reglerar transkriptionen för organogenesen av tyreoidea, placenta, njure samt innerörat. MRQ-50 är en klon mot PAX8 som används för klinisk patologisk diagnostik inom Region Skåne. Det har visat sig att MRQ-50 korsreagerar med lymfocyter och andra PAX-proteiner i vävnaden. Syftet med studien var att utveckla och optimera ett protokoll för maskinell immunhistokemisk färgning med en alternativ klon av PAX8 antikropp, klon SP348. Immunhistokemi (IHC) används för detektion av antigen i vävnadssnitt och används som komplement inom histopatologi. I denna studie undersöktes två olika varianter av samma klon SP348, Anti PAX8 antibody [SP348] –N- terminal (PAX8-N) samt Anti PAX8 antibody [SP348] - BSA and Azid free (PAX8-B). Flera olika förbehandlingsprotokoll testades i Roche Ventana Benchmark ultra. Förbehandlingsprotokollen hade olika tid och temperatur samt två olika förbehandlingsbuffertar, CC1 och CC2. Två olika visualiserings kit användes, OptiView DAB IHC detektion kit och UltraView Universal DAB kit. Protokollnummer 4818 med buffert CC1 ansågs som bäst där inkubationstiden var 48 minuter med temperaturen 100C. PAX8-N hade en betydligt renare kontrastinfärgning och starkare intensitet jämfört med PAX8-B som hade måttlig till stark kontrast i majoriteten av vävnaderna som analyserades. Vid jämförelse med MRQ-50, klon som används kliniskt inom Region Skåne, visar PAX8-N en renare infärgning. / Paired box protein - 8 (PAX8) is a protein encoded by the PAX8 gene located on chromosome 2. PAX8 regulates the transcription for organogenesis of thyroid, placenta, kidney and inner ear. MRQ-50 is a clone directed against PAX8 and used for clinical diagnostics within Region Skåne. MRQ-50 has been shown to cross-react with lymphocytes and other PAX genes in tissues. The purpose of the study was to optimize a protocol for automated immunohistochemical staining with an alternative antibody clone directed to PAX8, clone SP348. Immunohistochemistry (IHC) is used to detect antigens in tissue sections and is used as a complement within histopathology. In this study, two different variants of the same clone SP348, Anti PAX8 antibody [SP348] -N terminal (PAX8-N) and Anti PAX8 antibody [SP348] - BSA and Azide free (PAX8-B) were investigated. Several pre-treatment protocols were tested on Ventana Benchmark ultra from Roche. The pre-treatment protocols had different incubation time, temperature and two different pre-treatment buffers, CC1 and CC2. Two different detection kits were used, OptiView DAB IHC detection kit and UltraView Universal DAB kit. The protocol number 4818 with buffer CC1, incubation time of 48 minutes and temperature of 100C was considered optimal. PAX8-N had a significantly clearer contrast staining och stronger intensity compared to PAX8-B which had a moderate to strong contrast in the majority of the tissues analyzed. When compared to MRQ-50, the currently used clone clinically in Region Skåne, PAX8-N shows a cleaner staining.