El objetivo del estudio fue determinar el nivel de conocimiento del manejo odontológico de pacientes con fisura labio palatina de los internos de odontología de tres universidades de Lima Metropolitana en el año 2014. Se realizó un estudio descriptivo, de corte transversal y retroprospectivo. La muestra se seleccionó por muestreo probabilístico estratificado y estuvo conformada por 120 internos de tres universidades. Se elaboró una encuesta de 15 preguntas cerradas validada por juicio de expertos y de consistencia interna confiable según el alfa Cronbach. El instrumento evaluó el nivel de conocimiento de cinco dimensiones: clasificación y epidemiología de las fisuras labio palatinas, protocolo de tratamiento, equipo profesional, alimentación e higiene bucal y se calificó como bueno, regular y deficiente según la escala establecida. Se utilizó las pruebas Kruskal-Wallis para comparar el nivel de conocimiento entre los 3 grupos y U de Mann-Whitney para comparar entre 2 grupos. El nivel de conocimiento del manejo odontológico de pacientes con fisura labio palatina fue deficiente. Se encontró diferencia estadísticamente significativa (p=0.014) entre el nivel de conocimiento del manejo odontológico de pacientes con fisura labio palatina y la universidad de procedencia. Se sugiere reformular los contenidos académicos de los cursos en competencia, mejorar los criterios de enseñanza de pregrado en este tema, retroalimentar y aplicar los conocimientos teóricos adquiridos.