Cette thèse en sciences de gestion a pour objet de prendre la mesure du rôle du système d'information dans le déclenchement et la propagation des difficultés que rencontrent les petites et moyennes entreprises du secteur agro-alimentaire en France. Nous étudions le lien entre le désalignement des usages du système d'information et les difficultés que peuvent rencontrer les PME.Le terrain est constitué, d'un côté, par des enquêtes d'entreprises qui permettent de construire un indicateur synthétique de performances et, de l'autre côté, par l'enquête COI-TIC de 2006 dont nous obtenons quatre jeux d'indicateurs liés à l'usage du système d'information.À l'aide d'une démarche compréhensive, nous caractérisons ainsi le rôle du système d'information et son désalignement dans les dynamiques de performances. Nous montrons, au cas des PME des IAA, notamment l'importance de la coordination électronique (inter entreprise et entre les parties prenantes) et la place majeure des changements impliquant des projets informatiques. Enfin, les entreprises, quelles que soient leurs performances, rencontrent d'importantes difficultés d'appropriation des usages du système d'information.