Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The respiratory viruses of dogs are associated with a disease called canine infectious respiratory disease (CIRD). The main etiological agents of CIRD are canine distemper virus (CDV), canine parainfluenza virus (cPIV), canine adenovirus type 2 and canid herpesvirus type 1 (CaHV-1), which may cause single or mixed infections. CIRD occurs most frequently in places with high animal density and constant movement. CDV, cPIV, CAdV-2 and CaHV-1 infections have been described worldwide, however, few reports of molecular identification of these viruses are available in Brazil. Thus, the objective of this study was to investigate the occurrence of respiratory viruses in dogs in Santa Maria, RS, and in dog shelters in RS, trying to correlate their occurrence with the environmental conditions. Nasal secretions were collected from dogs with respiratory signs submitted to veterinary clinics in Santa Maria; and from dogs of three shelters of RS (Cachoeira do Sul [shelters #1 and #2] and Passo Fundo [shelter #3]). Viral detection/identification was performed by polymerase chain reaction (PCR) for CDV, cPIV, CAdV-2 and CaHV-1. Positive samples were sequenced and, for some viruses, phylogenetic analysis was performed, comparing with sequences deposited in GenBank. Samples of shelters #1 and #3 were obtained during the cold season. Shelter #1 presented poor sanitary and nutrition conditions, high animal density and constant direct contact among dogs. In this shelter 78% (58/74) of the respiratory samples were positive for at least one virus. The single infections were caused by cPIV in 30% (22/74) of the samples and CAdV-2 in 5% (4/74). Coinfections represented 23% (cPIV and CAdV-2); 13% cPIV, CDV and CAdV-2; 4% cPIV-2 and CDV; and 3% CDV and CAdV-2. Shelters #2 and #3 presented satisfactory sanitary and nutrition conditions, with large outdoors exercise areas (#2) and animal separation by groups (#3). In shelter #2, 8% (5/35) of the samples were positive to cPIV and 6% to CaHV-1; in shelter #3, 8% (7/77) of the samples were positive to CAdV-2 and 1% to CDV. Of samples obtained in Santa Maria, 40% (10/25) were positive for virus, being 28% (7/25) for cPIV, and 4% (1/25) to each of the other viruses. Thus, the results obtained demonstrate that infections and coinfections by respiratory viruses are common in shelter dogs in RS, and their occurrence is related to population density, health and nutritional conditions and season. These viruses are also circulating in domestic dogs in Santa Maria, associated with respiratory disease. This study reinforces the importance of preventive measures such as vaccination and good environmental conditions to prevent/reduce infections caused by respiratory viruses in dogs. / Os vírus respiratórios de cães estão associados com uma enfermidade denominada doença respiratória infecciosa canina (canine infectious respiratory disease - CIRD). Os principais agentes da CIRD são o vírus da cinomose (canine distemper virus - CDV), vírus da parainfluenza canina tipo 2 (canine parainfluenza virus - cPIV), adenovírus canino tipo 2 (canine adenovirus type 2 - CAdV-2) e herpesvírus canino tipo 1 (canid herpesvirus 1 - CaHV-1), que podem causar infecções simples ou mistas. A CIRD ocorre com maior frequência em locais com alta densidade populacional e constante fluxo de animais. Infecções pelo CDV, cPIV, CAdV-2 e CaHV-1 tem sido descritas em vários países, contudo, são escassos os relatos da identificação molecular desses agentes no Brasil. Além disso, há falta de estudos relacionados aos fatores que favorecem a ocorrência e disseminação desses agentes em cães de abrigos. Desta forma, o objetivo do presente estudo foi investigar a ocorrência de vírus respiratórios em cães do município de Santa Maria, Rio Grande do Sul, e em cães de abrigos, buscando-se associar a ocorrência das infecções com as condições ambientais. Para isso, foram coletadas secreções nasais de cães com sinais respiratórios em clínicas veterinárias de Santa Maria; e de cães de três abrigos do estado do RS (dois em Cachoeira do Sul [#1 e #2] e um em Passo Fundo [#3]). A identificação viral foi realizada por reação em cadeia de polimerase (PCR) para o CDV, cPIV, CAdV-2 e CaHV-1. As amostras positivas foram sequenciadas e, para alguns vírus, foi realizada a análise filogenética, comparando-se com sequências depositadas no GenBank. As amostras dos abrigos #1 e #3 foram obtidas durante épocas de baixas temperaturas. O abrigo #1 apresentava condições sanitárias e nutricionais precárias, além de alta densidade populacional e constante contato entre os cães. Neste abrigo, 78% (58/74) das amostras foram positivas para, pelo menos, um dos vírus investigados. As infecções simples foram causadas pelo cPIV em 30% (22/74) das amostras e CAdV-2 em 5% (4/74). As coinfecções totalizaram 23% (17/74) para o cPIV e CAdV-2; 13% (10/74) para o cPIV, CDV e CAdV-2; 4% (3/74) para o cPIV e CDV; e 3% (2/74) para o CDV e CAdV-2. Os abrigos #2 e #3 eram higienizados corretamente e os cães recebiam alimentação adequada, sendo que no abrigo #2 os animais possuíam amplo espaço para se exercitarem, e no abrigo #3 os animais eram separados em grupos e alojados em gaiolas. No abrigo #2 foram detectadas 8% de amostras positivas para o cPIV e 6% para o CaHV-1; e no abrigo #3, 8% de amostras positivas para o CAdV-2 e 1% para o CDV. Das amostras obtidas em clínicas de Santa Maria, 40% (10/25) foram positivas para um dos vírus pesquisados, sendo 28% (7/25) para o cPIV, e 4% (1/25) para cada um dos outros vírus. Assim, os resultados obtidos demonstram que infecções e coinfecções por vírus respiratórios são comuns em cães de abrigos no estado do RS, estando relacionadas com a densidade populacional, condições sanitárias e nutricionais e estação do ano. Estes vírus também circulam em cães domésticos em Santa Maria, estando associados com doença respiratória. Este estudo reforça a importância de medidas de prevenção, tendo em vista que a vacinação e boas condições ambientais podem reduzir e/ou prevenir as infecções causadas por vírus respiratórios em cães.