A pecuária de corte brasileira tem sofrido grande pressão devido às questões ambientais, às exigências dos mercados consumidores por carne de qualidade e rígidos padrões sanitários. Esses fatores aumentam a importância da melhoria da eficiência produtiva da pecuária de corte. A proposta do presente trabalho foi avaliar o efeito da inclusão dos valores genéticos moleculares, de um painel de marcadores genéticos comerciais (Perfil IGENITY® Nelore V3) na seleção de animais da raça Nelore. Foram utilizados dados de 9.749 animais da raça Nelore mensurados para área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea e espessura de gordura na picanha e 39.687 animais na matriz de parentesco. Dois modelos de análise foram utilizados. O modelo de análise uni-característica em que apenas os parâmetros genéticos do fenótipo foram estimados e o modelo bi-característica em que os valores genéticos moleculares de 3.033 animais foram incluídos como característica correlacionada. A inclusão dos valores genéticos moleculares no modelo aumentou as acurácias das estimativas dos valores genéticos preditos dos animais genotipados, principalmente dos machos jovens. As analises dos conflitos de seleção demonstraram maiores divergências nos touros e machos jovens que tiveram seus genótipos definidos. A taxa de ganho genético anual com a inclusão dos valores genéticos moleculares no modelo foi aumentada em 2,4% para área de olho de lombo, 0,9% para espessura de gordura subcutânea e 1,9% para espessura de gordura na picanha. Esses resultados demonstram que a utilização dos valores genéticos moleculares , mesmo quando oriundos de painéis de marcadores de DNA de baixa densidade, pode contribuir na seleção de animais superior mérito genético e, além de promover aumento nos ganhos genéticos dos programas de melhoramento genético da raça Nelore. / The Brazilian beef cattle chain is suffering a huge pressure due to environmental issues, the demand of consumer markets for meat quality and strict sanitary standards of the international market. These factors increase the importance of improving productive efficiency of beef cattle. The proposal of this study was to evaluate the effect of inclusion of the molecular breeding values of a commercial panel of genetic markers (Nellore Profile IGENITY® V3) in the genetic selection of Nellore cattle. Data of 9,749 animals measured for ribeye area, fat thickness and rump fat thickness were used in this study, with a relationship matrix compound of 39,687 animals. Two models of analysis were performed. Single trait model was performed only for each observed phenotypes and two-trait model was performed phenotypes and molecular breeding values of 3,033 animals as a correlated trait. The inclusion of molecular information in genetic evaluation provided increases on the accuracies of predicted breeding values of genotyped animals and, mainly, for replacement young bulls. The divergences of selection for 20% best animals classified by 1-trait breeding values and 2-trait breeding values demonstrated highest divergence for sires and replacement young bulls. The genetic change rate on the 2-trait model increased 2,4% for ribeye area, 0,9 for fat thickness and 1,9% for rump fat thickness. These results demonstrated that the inclusion of molecular breeding values, even when estimated from low density genetic markers panels, on animal breeding evaluations can contribute on the selection of best genetic merit animals and increase of genetic change rate on animal breeding programs for Nellore cattle.

A pecuária de corte brasileira tem sofrido grande pressão devido às questões ambientais, às exigências dos mercados consumidores por carne de qualidade e rígidos padrões sanitários. Esses fatores aumentam a importância da melhoria da eficiência produtiva da pecuária de corte. A proposta do presente trabalho foi avaliar o efeito da inclusão dos valores genéticos moleculares, de um painel de marcadores genéticos comerciais (Perfil IGENITY® Nelore V3) na seleção de animais da raça Nelore. Foram utilizados dados de 9.749 animais da raça Nelore mensurados para área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea e espessura de gordura na picanha e 39.687 animais na matriz de parentesco. Dois modelos de análise foram utilizados. O modelo de análise uni-característica em que apenas os parâmetros genéticos do fenótipo foram estimados e o modelo bi-característica em que os valores genéticos moleculares de 3.033 animais foram incluídos como característica correlacionada. A inclusão dos valores genéticos moleculares no modelo aumentou as acurácias das estimativas dos valores genéticos preditos dos animais genotipados, principalmente dos machos jovens. As analises dos conflitos de seleção demonstraram maiores divergências nos touros e machos jovens que tiveram seus genótipos definidos. A taxa de ganho genético anual com a inclusão dos valores genéticos moleculares no modelo foi aumentada em 2,4% para área de olho de lombo, 0,9% para espessura de gordura subcutânea e 1,9% para espessura de gordura na picanha. Esses resultados demonstram que a utilização dos valores genéticos moleculares , mesmo quando oriundos de painéis de marcadores de DNA de baixa densidade, pode contribuir na seleção de animais superior mérito genético e, além de promover aumento nos ganhos genéticos dos programas de melhoramento genético da raça Nelore. / The Brazilian beef cattle chain is suffering a huge pressure due to environmental issues, the demand of consumer markets for meat quality and strict sanitary standards of the international market. These factors increase the importance of improving productive efficiency of beef cattle. The proposal of this study was to evaluate the effect of inclusion of the molecular breeding values of a commercial panel of genetic markers (Nellore Profile IGENITY® V3) in the genetic selection of Nellore cattle. Data of 9,749 animals measured for ribeye area, fat thickness and rump fat thickness were used in this study, with a relationship matrix compound of 39,687 animals. Two models of analysis were performed. Single trait model was performed only for each observed phenotypes and two-trait model was performed phenotypes and molecular breeding values of 3,033 animals as a correlated trait. The inclusion of molecular information in genetic evaluation provided increases on the accuracies of predicted breeding values of genotyped animals and, mainly, for replacement young bulls. The divergences of selection for 20% best animals classified by 1-trait breeding values and 2-trait breeding values demonstrated highest divergence for sires and replacement young bulls. The genetic change rate on the 2-trait model increased 2,4% for ribeye area, 0,9 for fat thickness and 1,9% for rump fat thickness. These results demonstrated that the inclusion of molecular breeding values, even when estimated from low density genetic markers panels, on animal breeding evaluations can contribute on the selection of best genetic merit animals and increase of genetic change rate on animal breeding programs for Nellore cattle.

A disponibilidade de informações baseadas nos marcadores genéticos surgiu como oportunidade de aprimorar os programas de melhoramento animal pela incorporação desses efeitos nas avaliações genéticas. Nesse contexto, o presente estudo teve como objetivos comparar modelos que consideraram ou não os efeitos dos marcadores para a estimação dos valores genéticos dos animais, bem como estimar os efeitos de substituição alélica dos marcadores por seis metodologias distintas (regressão múltipla bayesiana, regressão de cumeeira bayesiana, Bayes A, Bayes B, Bayes Cπ e LASSO bayesiano) e avaliar o impacto da inclusão desses efeitos na acurácia das estimativas dos valores genéticos e os conflitos de seleção existentes aos serem comparadas as classificações dos animais com base nos valores genéticos clássicos e nos valores genéticos assistidos por marcadores. Dados de 83.404 animais pertencentes a um programa de seleção de animas da raça Nelore, mensurados para peso na desmama, ganho de peso pós-desmama, perímetro escrotal e escore de musculosidade, que corresponderam a 116.652 animais na matriz de parentesco, foram utilizados. Do total de animais com informações fenotípicas e genealógicas disponíveis, apenas 3.160 foram genotipados para 106 marcadores do tipo SNP. Os resultados obtidos para a comparação de modelos não demonstraram vantagens claras da inclusão conjunta dos efeitos poligênicos e dos marcadores nos modelos de avaliação genética, entretanto, os modelos que incluíram apenas o efeito dos marcadores tiveram os piores ajustes e desempenhos preditivos. As diferenças observadas entre as estimativas dos efeitos de substituição alélica dos marcadores pelas diferentes metodologias analisadas se devem à maneira como cada método regulariza esses efeitos. A incorporação das informações dos marcadores nas avaliações genéticas proporcionou, no geral, um aumento na acurácia das estimativas dos valores genéticos, especialmente para os tourinhos de reposição. Ao serem comparados os 20% melhores animais classificados com base no valor genético clássico e no valor genético assistido por marcadores, os maiores conflitos de seleção foram observados para os touros e tourinhos genotipados. Em suma, o presente projeto demonstrou que, embora a utilização de painéis de marcadores de muito baixa densidade não altere a capacidade preditiva dos modelos de avaliação genética, esses têm impacto na acurácia das estimativas dos valores genéticos. / The availability of molecular markers information turned out to be an opportunity to improve animal breeding programs, by the inclusion of those effects in the estimation of breeding values. Under that perspective, the aims of present research were to compare genetic evaluation models that assumed or not markers effects on the estimation of breeding values, as well estimate the allelic substitution effects of SNP markers applying six different methodologies (Bayesian multiple regression, Bayesian ridge regression, Bayes A, Bayes B, Bayes Cπ and Bayesian Lasso) and evaluate the impact of these effects on the reliability of breeding values and the divergences on animals classification based on classical breeding values and marker assisted breeding values. Data of 83,404 animals belonging to a Nellore beef cattle (Bos indicus) selection program, measured for post-weaning gain, scrotal circumference and muscle score, corresponding to 116,562 animals on the relationship matrix, were used. From those animals, a set of 3,160 animals with phenotypic and genealogy data available, was genotyped for a panel of 106 SNP markers. Model comparison results did not demonstrate clearly the advantage of assuming polygenic and markers effects together in genetic evaluation models, however, models that considered only markers effects presented the worst global fit and predictive ability. Differences observed on the markers effects estimates were due the shrinkage process applied by each method. The incorporation of markers information on genetic evaluations provided, in general, increases on the reliability of breeding values, mainly for replacement young animals. Comparing the 20% best animals classified by classical breeding value and marker assisted breeding value, the highest divergences were observed to sires and young bulls that were genotyped. Summarizing, although this research showed that the inclusion of very low density SNP chip information was not able to improve the predictive ability of genetic evaluation models, they increased the reliability of breeding values estimates.

A disponibilidade de informações baseadas nos marcadores genéticos surgiu como oportunidade de aprimorar os programas de melhoramento animal pela incorporação desses efeitos nas avaliações genéticas. Nesse contexto, o presente estudo teve como objetivos comparar modelos que consideraram ou não os efeitos dos marcadores para a estimação dos valores genéticos dos animais, bem como estimar os efeitos de substituição alélica dos marcadores por seis metodologias distintas (regressão múltipla bayesiana, regressão de cumeeira bayesiana, Bayes A, Bayes B, Bayes Cπ e LASSO bayesiano) e avaliar o impacto da inclusão desses efeitos na acurácia das estimativas dos valores genéticos e os conflitos de seleção existentes aos serem comparadas as classificações dos animais com base nos valores genéticos clássicos e nos valores genéticos assistidos por marcadores. Dados de 83.404 animais pertencentes a um programa de seleção de animas da raça Nelore, mensurados para peso na desmama, ganho de peso pós-desmama, perímetro escrotal e escore de musculosidade, que corresponderam a 116.652 animais na matriz de parentesco, foram utilizados. Do total de animais com informações fenotípicas e genealógicas disponíveis, apenas 3.160 foram genotipados para 106 marcadores do tipo SNP. Os resultados obtidos para a comparação de modelos não demonstraram vantagens claras da inclusão conjunta dos efeitos poligênicos e dos marcadores nos modelos de avaliação genética, entretanto, os modelos que incluíram apenas o efeito dos marcadores tiveram os piores ajustes e desempenhos preditivos. As diferenças observadas entre as estimativas dos efeitos de substituição alélica dos marcadores pelas diferentes metodologias analisadas se devem à maneira como cada método regulariza esses efeitos. A incorporação das informações dos marcadores nas avaliações genéticas proporcionou, no geral, um aumento na acurácia das estimativas dos valores genéticos, especialmente para os tourinhos de reposição. Ao serem comparados os 20% melhores animais classificados com base no valor genético clássico e no valor genético assistido por marcadores, os maiores conflitos de seleção foram observados para os touros e tourinhos genotipados. Em suma, o presente projeto demonstrou que, embora a utilização de painéis de marcadores de muito baixa densidade não altere a capacidade preditiva dos modelos de avaliação genética, esses têm impacto na acurácia das estimativas dos valores genéticos. / The availability of molecular markers information turned out to be an opportunity to improve animal breeding programs, by the inclusion of those effects in the estimation of breeding values. Under that perspective, the aims of present research were to compare genetic evaluation models that assumed or not markers effects on the estimation of breeding values, as well estimate the allelic substitution effects of SNP markers applying six different methodologies (Bayesian multiple regression, Bayesian ridge regression, Bayes A, Bayes B, Bayes Cπ and Bayesian Lasso) and evaluate the impact of these effects on the reliability of breeding values and the divergences on animals classification based on classical breeding values and marker assisted breeding values. Data of 83,404 animals belonging to a Nellore beef cattle (Bos indicus) selection program, measured for post-weaning gain, scrotal circumference and muscle score, corresponding to 116,562 animals on the relationship matrix, were used. From those animals, a set of 3,160 animals with phenotypic and genealogy data available, was genotyped for a panel of 106 SNP markers. Model comparison results did not demonstrate clearly the advantage of assuming polygenic and markers effects together in genetic evaluation models, however, models that considered only markers effects presented the worst global fit and predictive ability. Differences observed on the markers effects estimates were due the shrinkage process applied by each method. The incorporation of markers information on genetic evaluations provided, in general, increases on the reliability of breeding values, mainly for replacement young animals. Comparing the 20% best animals classified by classical breeding value and marker assisted breeding value, the highest divergences were observed to sires and young bulls that were genotyped. Summarizing, although this research showed that the inclusion of very low density SNP chip information was not able to improve the predictive ability of genetic evaluation models, they increased the reliability of breeding values estimates.