A estratégia de criação de grupos genéticos aditivos é uma técnica que permite que animais de paternidade desconhecida tenham seus valores genéticos preditos de forma mais adequada quando incluídos em programas de melhoramento genético. O modo como esses grupos são formados é ainda arbitrário, o que torna importante o estudo de metodologias de formação de grupos genéticos aditivos (GG) visando a uma estrutura apropriada para as avaliações dos rebanhos em programas de melhoramento genético animal. O objetivo do trabalho foi definir a estrutura de grupo genético adequada às avaliações genéticas, comparando-as em relação às mudanças efetivas na eficiência do processo seletivo dos animais com paternidade desconhecida. As características estudadas foram: peso ao desmame, peso ao sobreano, ganho de peso pós-desmama, perímetro escrotal ao sobreano e escore visual de musculosidade ao sobreano. Três cenários foram simulados a partir de um banco de dados composto apenas por animais com pedigree completo (grupo controle). O primeiro teve 30% dos animais com identificação de pai apagada, o segundo 50% e um terceiro com 70%. As estratégias de formação de GG foram: a fazenda de nascimento do animal com paternidade desconhecida; o ano de nascimento (SAFRA) e a concatenação de ano de nascimento e fazenda de nascimento (FAZSAFRA). Os componentes de variância foram calculados para o banco controle pelo software VCE e os valores genéticos foram preditos pelo software PEST, utilizando duas estruturas de modelo animal que se diferenciaram pela inclusão ou não do efeito fixo de GG. A definição da estrutura de grupo genético aditivo adequado à avaliação genética dos animais foi baseada na eficiência de seleção e na comparação entre os valores genéticos preditos quanto aos seus valores absolutos e quanto à classificação dos animais, sendo que animais do grupo controle foram assumidos como tendo o máximo em resposta à seleção genética. Os resultados demonstraram que os grupos genéticos aditivos proporcionam uma melhora na predição genética dos animais com paternidade desconhecida. As estratégias que proporcionaram valores mais próximos aos do grupo controle foram SAFRA e FAZSAFRA e, mesmo com similaridade de valores, a estratégia SAFRA foi superior na seleção dos melhores animais. / The structure of genetic groups is a technique that allows that animals with unknown paternity be included in breeding programs. The ways these groups are formed are still arbitrary, which makes it important to study formation methodologies of genetic groups aiming an appropriate framework for the evaluation of livestock in animal breeding programs. Therefore, the aim of this study was to define the structure of genetic group suited to genetic evaluations, comparing them regarding changes in the effective efficiency of the process of animals with unknown parentage. The characteristics studied were: weaning weight, post-weaning weight, post-weaning weight gain, scrotal circumference at 18 months of age and visual muscularity score at 18 months of age. Three scenarios were simulated from a database consisting only of complete pedigree animals (control group). The first had 30% of animals with identification of father off, the second with 50% and a third with 70%. The training strategies additive genetic groups were: the farm of birth of the animal with unknown parentage; birth year (SAFRA) and the concatenation of year of birth and birth farm (FAZSAFRA). The variance components were calculated for the data bank control program by VCE and breeding values were predicted using PEST software, with two structures of animal models that differ by the inclusion or not of the fixed effect of additive genetic group. The definition of the structure of genetic group suitable for genetic evaluation of animals was based on the efficiency of selection and comparison of estimated breeding values to the \"control\" breeding values and the classification of animals, while control animals were assumed to have the maximum response to selection whereas the choice of any other group of animals results in a reduction thereof. The results demonstrated that the additives genetic groups provide an improvement in the genetic prediction of animals with unknown paternity. Strategies that provided values closer to those of the control group were SAFRA and FAZSAFRA and even with similarity values, strategy SAFRA was superior in selecting the best animals.

A estratégia de criação de grupos genéticos aditivos é uma técnica que permite que animais de paternidade desconhecida tenham seus valores genéticos preditos de forma mais adequada quando incluídos em programas de melhoramento genético. O modo como esses grupos são formados é ainda arbitrário, o que torna importante o estudo de metodologias de formação de grupos genéticos aditivos (GG) visando a uma estrutura apropriada para as avaliações dos rebanhos em programas de melhoramento genético animal. O objetivo do trabalho foi definir a estrutura de grupo genético adequada às avaliações genéticas, comparando-as em relação às mudanças efetivas na eficiência do processo seletivo dos animais com paternidade desconhecida. As características estudadas foram: peso ao desmame, peso ao sobreano, ganho de peso pós-desmama, perímetro escrotal ao sobreano e escore visual de musculosidade ao sobreano. Três cenários foram simulados a partir de um banco de dados composto apenas por animais com pedigree completo (grupo controle). O primeiro teve 30% dos animais com identificação de pai apagada, o segundo 50% e um terceiro com 70%. As estratégias de formação de GG foram: a fazenda de nascimento do animal com paternidade desconhecida; o ano de nascimento (SAFRA) e a concatenação de ano de nascimento e fazenda de nascimento (FAZSAFRA). Os componentes de variância foram calculados para o banco controle pelo software VCE e os valores genéticos foram preditos pelo software PEST, utilizando duas estruturas de modelo animal que se diferenciaram pela inclusão ou não do efeito fixo de GG. A definição da estrutura de grupo genético aditivo adequado à avaliação genética dos animais foi baseada na eficiência de seleção e na comparação entre os valores genéticos preditos quanto aos seus valores absolutos e quanto à classificação dos animais, sendo que animais do grupo controle foram assumidos como tendo o máximo em resposta à seleção genética. Os resultados demonstraram que os grupos genéticos aditivos proporcionam uma melhora na predição genética dos animais com paternidade desconhecida. As estratégias que proporcionaram valores mais próximos aos do grupo controle foram SAFRA e FAZSAFRA e, mesmo com similaridade de valores, a estratégia SAFRA foi superior na seleção dos melhores animais. / The structure of genetic groups is a technique that allows that animals with unknown paternity be included in breeding programs. The ways these groups are formed are still arbitrary, which makes it important to study formation methodologies of genetic groups aiming an appropriate framework for the evaluation of livestock in animal breeding programs. Therefore, the aim of this study was to define the structure of genetic group suited to genetic evaluations, comparing them regarding changes in the effective efficiency of the process of animals with unknown parentage. The characteristics studied were: weaning weight, post-weaning weight, post-weaning weight gain, scrotal circumference at 18 months of age and visual muscularity score at 18 months of age. Three scenarios were simulated from a database consisting only of complete pedigree animals (control group). The first had 30% of animals with identification of father off, the second with 50% and a third with 70%. The training strategies additive genetic groups were: the farm of birth of the animal with unknown parentage; birth year (SAFRA) and the concatenation of year of birth and birth farm (FAZSAFRA). The variance components were calculated for the data bank control program by VCE and breeding values were predicted using PEST software, with two structures of animal models that differ by the inclusion or not of the fixed effect of additive genetic group. The definition of the structure of genetic group suitable for genetic evaluation of animals was based on the efficiency of selection and comparison of estimated breeding values to the \"control\" breeding values and the classification of animals, while control animals were assumed to have the maximum response to selection whereas the choice of any other group of animals results in a reduction thereof. The results demonstrated that the additives genetic groups provide an improvement in the genetic prediction of animals with unknown paternity. Strategies that provided values closer to those of the control group were SAFRA and FAZSAFRA and even with similarity values, strategy SAFRA was superior in selecting the best animals.

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Resumo: As características reprodutivas são fundamentais para a rentabilidade do sistema produtivo de gado de corte. Contudo, características como idade ao primeiro parto (IPP) e perímetro escrotal (PE) possuem desvantagens para serem utilizadas em programas de melhoramento genético tradicional, uma vez que são mensuradas em só um sexo e podem apresentar baixa herdabilidade. Nas últimas décadas os avanços nas tecnologias de análise de DNA têm permitido o desenvolvimento de procedimentos estatísticos como estudos de associação (GWAS) e seleção genômica (GS). Comumente têm-se utilizado marcadores de tipo SNP para desenvolver este tipo de estudos. Entretanto, outro tipo de marcador molecular os haplótipos, que são grupos de SNPs que estão em alto desequilíbrio de ligação (DL) podem ser utilizados neste tipo de estudo, uma vez que estes podem estar em maior desequilíbrio de ligação com os QTL quando comparados com os SNPs. O objetivo deste estudo foi verificar o uso de haplótipos em estudos de GWAS e GS, para características reprodutivas, em bovinos da raça Nelore. Para o estudo de GWAS, 2.390 observações de IPP e 4.832 informações para CE, provenientes de três programas de melhoramento da raça Nelore, foram utilizadas em um estudo de associação genômica ampla. 1900 fêmeas e 1500 machos jovens foram genotipados com o painel HD da Ilumina® (777K). 490 fêmeas e 3.332 machos jovens foram genotipados utilizando o painel da GeneSeek 75K. Os animais genotipados com painel de menor densidade fo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The reproductive traits are fundamental for the profitability of the beef cattle production system profitability. However, traits such as age at firs calving (AFC) and scrotal circumference (SC) have disadvantages to be used in traditional breeding programs, since they are measured in only one sex and may have low heritability. In the last few decades, the advances in technology for DNA analysis allowed the development of statistical techniques as genomic-wide (GWAS) and genomic selection studies (GS). Commonly, SNPs markers have been used to perform these studies. Nonetheless, another molecular marker, the haplotype, that are SNPs in high linkage disequilibrium (LD), could be used in these studies, since these could be in higher LD with the QTLs when compared to the individual SNPs. The aim of this study was to verify the use of haplotypes in GWAS and GS, for reproductive traits, in Nelore cattle. In GWAS study, 2,390 and 4,832 animals with information of age at first calving (AFC) and scrotal circumference (SC) belonging to three Nelore breeding programs were used to perform the GWAS. The genotypes of 1900 heifers and 1500 young bulls were obtained with HD panel from Ilumina® (777K) and 490 heifers and 3332 young bulls were genotyped with the GeneSeek Genomic Profiler HDi 75K. Animals genotyped with lower density panel were imputed to HD using the FImpute program. Phenotype was adjusted for the contemporary groups fixed effects (Y*). Missing genotypes and linkage phase were... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-05-05T11:28:03Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_CaracteristicasFenotipicasManejo.PDF: 925848 bytes, checksum: 035025f01eb69e98818666c2becad1cb (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-05-09T18:43:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_CaracteristicasFenotipicasManejo.PDF: 925848 bytes, checksum: 035025f01eb69e98818666c2becad1cb (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-09T18:43:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_CaracteristicasFenotipicasManejo.PDF: 925848 bytes, checksum: 035025f01eb69e98818666c2becad1cb (MD5) Previous issue date: 2015-08-10 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O búfalo é um animal que pode competir com produtos diferenciados nos mercados interno e mundial, que apresenta características próprias e grande rendimento quando da transformação em subprodutos e derivados. Não obstante a isso, o agronegócio do búfalo se ressente de animais melhoradores provados e/ou testados para atender uma demanda que é vital por melhor padrão genético. O presente estudo teve o objetivo de avaliar características fenotípicas da produção de leite e da eficiência reprodutiva de búfalos e efetuar análises genéticas, determinando parâmetros e índices genéticos, visando a seleção de búfalos, para a elaboração de um ranking de reprodutores geneticamente superiores, incrementando a cadeia produtiva dos búfalos do País. Foram utilizados 2.459 registros fenotípicos de búfalos das raças Murrah, Mediterrâneo e meio-sangue, do rebanho da EMBRAPA – CPATU, do período de 1953 a 2013. As características avaliadas foram: produção total de leite (PTL), percentual de gordura (G), idade ao primeiro parto (IPP), intervalo de partos (IDP) e período de serviço (PS). A análise descritiva se iniciou com a editoração dos dados trabalhados nos ambientes da planilha Excel e no pacote SAS. Os resultados gerais foram: PTL = 1741,00 ± 496,48 kg, G = 7,07 ± 0,86 %, IPP= 49,39 ± 7,37 meses, IDP = 13,16 ± 0,79 meses e PS = 91,52 ± 24,22 dias. Os efeitos que mais influenciaram a PTL foram a Ordem de Parto e o Grau de Sangue da fêmea, para G foi Grau de Sangue da fêmea, para IPP foi Estação de Parto e Ordem de Parto e para IDP e PS foram Estação de Parto e o Sexo do bezerro. A correlação fenotípica entre PTL e G foi 0,034, entre PTL e IPP 0,118, entre PTL e IDP 0,070, entre PTL e PS 0,070, entre G e IPP -0,113, entre G e IDP -0,025, entre G e PS -0,025, entre IPP e IDP 0,445, entre IPP e PS 0,445 e entre IDP e PS 1,00. Os dados foram trabalhados na planilha Excel e no pacote SAS e as análises genéticas foram efetuadas pelo software WOMBAT. Na estimação de parâmetros genéticos foi utilizado o modelo animal com análise de bicaracterísticas. A PTL foi regredida em função da duração de lactação e o coeficiente de regressão foi utilizado para correção das lactações em 305 dias (PL305). Os efeitos fixos foram grupo de contemporâneos e efeito linear e quadrático da idade da fêmea ao parto, como (co)variável. Para IPP e PS o modelo foi igual ao anteriormente descrito com a exclusão do termo do efeito de ambiente permanente materno. As estimativas de herdabilidade para a raça Murrah foram: 0,49 para PTL; 0,59 para G; 0,75 para IPP; 0,006 para IDP e 0,06 para PS; para a raça Mediterrâneo foram: 0,31 para PTL; 0,08 para G; 0,78 para IPP; 0,90 para IDP e 0,90 para PS. As correlações genéticas entre PTL e as demais características na raça Murrah foram 0,065 PTL e G; 0,097 PTL e IPP, -0,450 PTL e IDP e 0,079 PTL e PS, para Mediterrâneo foram: -0,267 PTL e G; 0,629 PTL e IPP, 0,559 PTL e IDP e 0,624 PTL e PS. O ranking de touros/reprodutores foi elaborado com base nas predições da Provável Habilidade de Transmissão (PTA’s), utilizando-se o pacote SAS, o que permite a edição de um catálogo de touros da espécie bubalina da Embrapa Amazônia Oriental, no referido período. Com base nos resultados a variabilidade do rebanho estudado é passível de ser trabalhada com o manejo genético, tanto para as características produtivas quanto para as de eficiência reprodutiva. / The buffalo is an animal that can compete with differentiated products on internal and world markets, which presents own features and great performance when processing by-products and derivatives. Despite this, buffalo agribusiness resents of enhancers animals proved and / or tested to meet a demand that is vital for better genetic pattern. This study aimed to evaluate phenotypic characteristics of production milk and reproduction efficient of buffalo and perform genetic analyzes determining parameters and genetic index aimed at selection of buffalo to prepare a ranking of genetically superior breeding, increasing production chain of buffaloes in the Amazon region. We used 2,459 phenotypic records of Murrah, Mediterranean and half-blood buffaloes of EMBRAPA - CPATU herd from period between 1953 to 2013. The characteristics evaluated were: total milk production (TMP), fat percentage (F), age at first calving (AFC), calving interval (CI) and service period (SP). The descriptive analysis began with the editing of the data worked in the environments of Excel spreadsheet and SAS package. The overall results were: TMP = 1741.00 ± 496.48 kg, F = 7.07 ± 0.86%, AFC = 49.39 ± 7.37 months, CI = 13.16 ± 0.79 months and SP = 91.52 ± 24,22 days. In the analysis of variance for TMP the most significant effects were the birth order and the degree of blood from female, and to F was degree of female blood and AFC was calving season and birth order and CI and SP were station childbirth and the calf sex. The phenotypic correlations between TMP and F was 0.034, between TMP and AFC 0.118, between TMP and CI 0.070, between TMP and SP 0.070, between F and AFC -0.113, between F and CI -0.025, -0.025 between F and SP, among AFC and CI 0.445, 0.445 between AFC and SP and between CI and SP 1.00. Genetic analysis began with the editing of the data discussed in the environments of Excel spreadsheet and the SAS package and genetic analyzes were performed by WOMBAT software. For estimation of genetic parameters we used the animal model with two-trait analysis. The TMP was regressed depending on length of lactation and the regression coefficient was used for correction of lactation in 305 days (PL305). Fixed effects were contemporary group and linear and quadratic effects of birth female age as (co) variable. AFC and SP model was the same as described above with the exclusion of the term of the maternal permanent environmental effect. The heritability estimates for Murrah were: 0.49 for TMP; 0.59 for F; 0.75 for AFC; 0.006 for CI and 0.06 for SP; for the Mediterranean race were 0.31 for TMP; 0.08 for F; 0.78 for AFC; 0.90 for CI and 0.90 for SP. Genetic correlations between TMP and other features in the Murrah were 0.065 TMP and F; TMP and AFC 0.097, -0.450 TMP and CI and 0.079 TMP and SP for the Mediterranean were: -0.267 TMP and F; 0,629 TMP and AFC; 0.559 TMP and CI and 0.624 CI TMP and SP. The ranking of bulls / breeding was based on predictions of probable transmission ability (PTA's), using the SAS package which allows editing a bulls catalog of buffalo species of EMBRAPA Amazônia Oriental in that period. Based on the results the variability of the studied herd is likely to be crafted with the genetic management for both production characteristics as to the reproductive efficiency.