La resistencia extrema al virus PVY es controlada por los genes Ry y es efectiva contra todas las cepas a diferencia de la resistencia hipersensitiva, la cual es específica para una determinada cepa. En Solanum tuberosum ssp andigena, el responsable de esta resistencia es el gen Ryadg localizado en el cromosoma XI. El presente trabajo tiene como objetivo caracterizar a nivel molecular la región del cromosoma XI donde se localiza el gen Ryadg que confiere resistencia al virus PVY con la finalidad de identificar marcadores moleculares estrechamente ligados al gen, así como el ordenamiento y la distancia de estos en esta región, y aplicar estos marcadores en la identificación de nuevas fuentes de resistencia a este virus en el germoplasma de Solanum tuberosum ssp andigena. La progenie segregante evaluada para determinar el orden y la distancia de los marcadores RySC3, M45 y M6 fue obtenida al cruzar la variedad Costanera, resistente a PVY por poseer el gen Ryadg en dosaje simplex, y la variedad susceptible LBr-43. Los tres marcadores evaluados segregaron en la progenie en la proporción 1:1, lo cual confirma el dosaje alélico de Ryadg de Costanera. De 1089 plantas evaluadas, se obtuvieron cuatro individuos recombinantes para los tres marcadores evaluados y se obtuvo que el orden más probable de estos marcadores es M6 flanqueado por RySC3 (a una distancia de 0,18 cM) y por M45 (a una distancia de 0,18 cM). La evaluación de la resistencia a PVY en los recombinantes indicó que el gen Ryadg se podría localizar entre los marcadores M6 y M45, o muy cercano a esta región. Al utilizar los marcadores M45 y RySC3 en una población de 251 entradas nativas de S. tuberosum ssp andigena, se encontró que solo la entrada Pisha Milpo es positiva para estos dos marcadores, y también al marcador M6. Posteriormente, se comprobó su identidad como S. tuberosum ssp andigena utilizando un marcador de cloroplasto y marcadores microsatélites. Finalmente, la evaluación en invernadero confirmó la resistencia a PVY en Pisha Milpo. Palabras claves: PVY, S. tuberosum ssp andigena, Ryadg, resistencia, marcadores moleculares / Extreme resistance to PVY virus is controlled by Ry genes and is effective against all strains in contrast to hypersensitive resistance, which is specific to a particular strain. In Solanum tuberosum ssp andigena, the responsible for this resistance is Ryadg gene located in the chromosome XI. This work aims to characterize at molecular level the region of chromosome XI where the gene Ryadg, that confers resistance to PVY, is located in order to identify molecular markers closely linked to this gen, the order and distance of these in this region and apply these markers in identifying new sources of resistance to PVY in the germplasm of Solanum tuberosum ssp andigena. Segregating progeny evaluated to determine the order and distance of the RySC3, M45 y M6 markers was obtained cross the Costanera variety, PVY resistant to possess the Ryadg gene in simplex dosage, and the susceptible variety LBr-43. The three markers evaluated in the progeny segregated in a 1:1 ratio, confirming the Ryadg allelic dosage of Costanera. Of 1089 evaluated were obtained four recombinant individuals for all three markers assessed and the most likely order of these markers is M6 flanked by RySC3 (to 0,18 cM) and M45 (to 0,18 cM). Evaluation of resistance to PVY in these recombinants indicated that the Ryadg could be located between M6 and M45 markers, or near of this region. By using the M45 and RySC3 markers in a population of 251 accessions of S. tuberosum ssp andigena, this work found that only the Pisha Milpo accession was positive for these markers, and also for the M6 marker. Subsequently, was confirmed their identity as S. tuberosum ssp andigena using a chloroplast marker and microsatellites. Finally, the greenhouse evaluation confirms the PVY resistance in Pisha Milpo accession. Keywords: PVY, S. tuberosum ssp andigena, Ryadg, resistance, molecular markers

La resistencia extrema al virus PVY es controlada por los genes Ry y es efectiva contra todas las cepas a diferencia de la resistencia hipersensitiva, la cual es específica para una determinada cepa. En Solanum tuberosum ssp andigena, el responsable de esta resistencia es el gen Ryadg localizado en el cromosoma XI. El presente trabajo tiene como objetivo caracterizar a nivel molecular la región del cromosoma XI donde se localiza el gen Ryadg que confiere resistencia al virus PVY con la finalidad de identificar marcadores moleculares estrechamente ligados al gen, así como el ordenamiento y la distancia de estos en esta región, y aplicar estos marcadores en la identificación de nuevas fuentes de resistencia a este virus en el germoplasma de Solanum tuberosum ssp andigena. La progenie segregante evaluada para determinar el orden y la distancia de los marcadores RySC3, M45 y M6 fue obtenida al cruzar la variedad Costanera, resistente a PVY por poseer el gen Ryadg en dosaje simplex, y la variedad susceptible LBr-43. Los tres marcadores evaluados segregaron en la progenie en la proporción 1:1, lo cual confirma el dosaje alélico de Ryadg de Costanera. De 1089 plantas evaluadas, se obtuvieron cuatro individuos recombinantes para los tres marcadores evaluados y se obtuvo que el orden más probable de estos marcadores es M6 flanqueado por RySC3 (a una distancia de 0,18 cM) y por M45 (a una distancia de 0,18 cM). La evaluación de la resistencia a PVY en los recombinantes indicó que el gen Ryadg se podría localizar entre los marcadores M6 y M45, o muy cercano a esta región. Al utilizar los marcadores M45 y RySC3 en una población de 251 entradas nativas de S. tuberosum ssp andigena, se encontró que solo la entrada Pisha Milpo es positiva para estos dos marcadores, y también al marcador M6. Posteriormente, se comprobó su identidad como S. tuberosum ssp andigena utilizando un marcador de cloroplasto y marcadores microsatélites. Finalmente, la evaluación en invernadero confirmó la resistencia a PVY en Pisha Milpo. Palabras claves: PVY, S. tuberosum ssp andigena, Ryadg, resistencia, marcadores moleculares / --- Extreme resistance to PVY virus is controlled by Ry genes and is effective against all strains in contrast to hypersensitive resistance, which is specific to a particular strain. In Solanum tuberosum ssp andigena, the responsible for this resistance is Ryadg gene located in the chromosome XI. This work aims to characterize at molecular level the region of chromosome XI where the gene Ryadg, that confers resistance to PVY, is located in order to identify molecular markers closely linked to this gen, the order and distance of these in this region and apply these markers in identifying new sources of resistance to PVY in the germplasm of Solanum tuberosum ssp andigena. Segregating progeny evaluated to determine the order and distance of the RySC3, M45 y M6 markers was obtained cross the Costanera variety, PVY resistant to possess the Ryadg gene in simplex dosage, and the susceptible variety LBr-43. The three markers evaluated in the progeny segregated in a 1:1 ratio, confirming the Ryadg allelic dosage of Costanera. Of 1089 evaluated were obtained four recombinant individuals for all three markers assessed and the most likely order of these markers is M6 flanked by RySC3 (to 0,18 cM) and M45 (to 0,18 cM). Evaluation of resistance to PVY in these recombinants indicated that the Ryadg could be located between M6 and M45 markers, or near of this region. By using the M45 and RySC3 markers in a population of 251 accessions of S. tuberosum ssp andigena, this work found that only the Pisha Milpo accession was positive for these markers, and also for the M6 marker. Subsequently, was confirmed their identity as S. tuberosum ssp andigena using a chloroplast marker and microsatellites. Finally, the greenhouse evaluation confirms the PVY resistance in Pisha Milpo accession. Keywords: PVY, S. tuberosum ssp andigena, Ryadg, resistance, molecular markers / Tesis

Evalúa la eficacia del ensayo molecular HRM (High Resolution Melting; en español, análisis de curvas de disociación de alta resolución) para la detección del número de copias del alelo resistente del gen Ryadg. Para lo cual se analizaron dos poblaciones resultantes del cruce de genotipos con distinto número de copias del alelo resistente del gen Ryadg: la población CT y la población TL. Se realizó el ensayo HRM con la sonda y los iniciadores diseñados a partir de las secuencias de los alelos del marcador molecular M6. Finalmente, se utilizó la prueba de bondad de ajuste del chi-cuadrado para comprobar que la segregación observada del alelo resistente del gen Ryadg, corresponde a la segregación esperada. El ensayo HRM diferencia los alelos susceptibles y resistentes del locus Ryadg, representados por dos picos bien definidos. Además, se distinguen cuatro genotipos: simplex, dúplex, triplex y nuliplex. Se esperaba que la segregación observada coincida con la teórica esperada; sin embargo, la prueba del chicuadrado indica que los resultados no se ajustan a esta segregación. Esta discrepancia podría ser explicada por un efecto adverso sobre el desarrollo de la planta, causado por la acumulación del número de copias del alelo resistente del gen Ryadg. En conclusión, el ensayo HRM es eficaz para la detección del número de copias del alelo resistente del gen Ryadg. / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Estudia la organización genómica y la variabilidad genética del virus del amarillamiento de la papa y del virus T de la papa mediante secuenciación del ARN de interferencia. Para ello, se utilizaron accesiones de papa y yacón de la colección del banco de germoplasma del Centro Internacional de la Papa (CIP). El virus del amarillamiento de la papa (PYV) presentó del 86 % al 95 % de identidad de secuencia de aminoácidos y nucleótidos con ilarvirus de Fragaria chiloensis latent virus (FCILV), respectivamente. Los análisis filogenéticos de dominios conservados de los aislamientos de PYV procedentes de Perú y Ecuador, el aislado de Smallanthus sonchifolius “yacón” y el FCILV indicaron que pertenecen al género Ilarvirus, familia Bromoviridae. Sin embargo, las diferencias en las secuencias y el rango de hospederos sugieren que los aislados pueden separarse en subgrupos o cepas. El virus T de la papa (PVT) ha sido reportado en Perú y Bolivia, también infecta ulluco, oca y mashua pero aún no se han determinado los síntomas. Los análisis filogenéticos de cepas de Perú, Chile y Bolivia respaldan la relación del PVT con la familia Betaflexiviridae pero difieren en el género. Presenta el primer reporte de la secuencia completa del genoma de PYV, a la vez brinda información molecular y filogenética para determinar el género de PVT. / Tesis