CAPES; CNPq / Considerada como o maior complexo hídrico do Paraná, a Bacia do Iguaçu tem importância estratégica, principalmente no que se refere à característica do rio – por sua extensão e potencial hidrelétrico altamente explorado – com a formação de cinco reservatórios para gerar mais de 6.000 MW de energia. Em detrimento de sua importância estratégica, o represamento em cascada do Rio Iguaçu faz com que suas características hidráulicas sejam modificadas, podendo gerar passivos ambientais, como a incidência de florações de cianobactérias nos reservatórios, podendo apresentar potencial tóxico. São poucos estudos que contemplem a bacia do Iguaçu como um todo, avaliando o rio e os reservatórios formadores desse importante complexo hidrográfico. Pautado nesse entendimento, este estudo tem como objetivo avaliar a relação entre a qualidade da água na Bacia do Rio Iguaçu e a influência na ocorrência e concentração da cianotoxina microcistina-LR nos seus reservatórios. Com esta finalidade, foram realizadas três coletas de amostras de água no Rio Iguaçu da sua nascente na Região Metropolitana de Curitiba até sua foz, em Foz do Iguaçu. Também foram realizadas amostragens em quatro dos cinco reservatórios grandes reservatórios da Bacia: Foz do Areia, Segredo, Salto Santiago e Salto Caxias e avaliado variáveis físicas e químicas, teor e fonte de matéria orgânica e a contaminação nos reservatórios pela cianotoxina microcistina-LR na água. A avaliação dos resultados obtidos possibilitou a observação das principais influências no Rio Iguaçu, tais como atividade antrópica na Região Metropolitana de Curitiba, sazonalidade, e a influencia da mudança hidráulica promovida pelos reservatórios. Nos reservatórios estudados, as principais variáveis estão relacionadas com a sazonalidade, tempo de retenção hidráulico, nutrientes e produtividade primária. A Microcistina-LR foi detectada nos reservatórios de Foz do Areia, Segredo e Salto Santiago, este ultimo com a maior concentração de toxina intracelular obtida no centro da região lacustre, com concentração de 18,62 μg por litro filtrado e Foz do Areia, com 65,5 μg por litro filtrado em um ponto de margem com alta concentração de clorofila-a. As analises estatísticas permitiram a compreensão das variáveis possivelmente responsáveis pelo aumento da biomassa fitoplantônica, porém, não foi possível obter relações significativas que pudessem explicar a produção da microcistina intracelular. Diante dos resultados observados, fazem-se necessárias políticas de maior controle ambiental, visando à melhoria no tratamento de efluentes e uso e ocupação do solo em toda a extensão da bacia hidrográfica, porém, mais urgentemente na região do Alto Iguaçu. / Considered the largest hydric complex in Paraná, the basin Iguaçu has strategic importance, especially regarding the characteristics of the river, by its great extension and the highly exploited hydropower, forming five reservoirs that generate more than 6.000 MW energy. In detriment of its strategic significance, the damming of the Iguassu River modifies the hydraulic characteristics, which may cause some environmental damage, as the incidence of cyanobacterial blooms in reservoirs may submit toxic potential. Are few studies that consider the Iguaçu basin as a whole, evaluating the river and reservoirs forming this important hydrographic complex. Guided by this understanding, this study aims to evaluate the relationship between water quality in the Rio Iguaçu basin and the influence on the occurrence and concentration of microcystin-LR in its reservoirs. For this purpose, three collections of sampling were performed in Iguazu River from its source in the Metropolitan Region of Curitiba to its mouth in Foz do Iguaçu. Samples in four of the five major reservoirs Basin reservoirs were also performed: Foz do Areia, Segredo, Salto and Salto Caxias Santiago and evaluated physical and chemical variables, content and source of organic matter in reservoirs and contamination by microcystin-LR cyanotoxin. Furthermore, in the reservoirs was evaluated the possibility of contamination by cyanotoxin microcystin-LR. The results evaluation enabled the observation of the main influences on the Iguaçu River, such as anthropogenic influences in Curitiba Metropolitan Region, seasonality, and the influence of change promoted by the hydraulic reservoirs. In the studied reservoirs, the main variables are related to hydraulic seasonal retention time, nutrients and primary productivity. The microcystin- LR was detected in the reservoirs of Foz do Areia, Segredo and Salto Santiago, the latter with the highest concentration of intracellular toxin in the center of the lake region, with a concentration of 18.62μg per liter filtered and Foz do Areia, 65μg, on a point margin with a high concentration of chlorophyll-a. The statistical analysis allowed to understand the variables as possibly responsible for increasing phytoplankton biomass, however, it was not possible to obtain significant relations which could explain the production of intracellular microcystin. Front of the observed outcomes, this study points to the need of policies to increase environmental control, aiming to improve in wastewater treatment and the ground use and occupation all along the basin, but more urgently in the Alto Iguaçu.