La diversification de la production, par la domestication de nouvelles espèces de poissons, constitue l’une des solutions pour une aquaculture durable. Dans ce contexte, l’élevage de la perche Eurasienne, Perca fluviatilis, s’est bien développé ces dernières années permettant aujourd’hui une production stable et croissante. Le progrès de la filière requiert, la mise en œuvre de programmes de sélection génétique pour améliorer, entre-autres, la croissance, la reproduction, et la résistance aux maladies. Pour ce faire, la caractérisation génétique des stocks de poisson actuellement en élevage est un pré-requis indispensable afin d’évaluer si la variabilité génétique est suffisante. Au cours de ce travail, nous avons analysé la variabilité génétique entre les populations sauvages de deux lacs alpins (lacs Léman et Neuchâtel) dont les populations sont utilisées comme fondatrices par les perciculteurs et les stocks de deux fermes d’élevage. Nous avons trouvé une seule population panmictique dans le lac Léman, alors que deux sous-populations ont été identifiées dans le lac Neuchâtel et dont la variabilité génétique est plus forte. Par contre, ces populations sauvages ne sont pas représentées dans les stocks d’élevage bien qu’elles étaient utilisées pour fonder les stocks de géniteurs. De plus, la variabilité génétique est plus forte dans les populations captives. Entre les géniteurs et leurs descendances, la diversité génétique n’a pas diminué malgré une faible augmentation de la consanguinité. Ainsi, ce travail permettra aux perciculteurs de mettre en place une réelle gestion génétique de leurs cheptels et par la suite de développer des programmes de sélection. De plus, il a permis de mieux comprendre les liens possibles entre le processus de domestication et l’évolution de la variabilité génétique / The diversification of production, by the domestication of new fish species, is one of the possible solutions for sustainable aquaculture. In this context, the farming of the Eurasian perch, Perca fluviatilis, has developed well in recent years allowing today a stable and increasing production. The progress of the sector requires, among others, the establishment of breeding programs to improve, growth, reproduction and disease resistance. For this, the genetic characterization of currently farmed fish stocks is an essential prerequisite to assess whether genetic variation is sufficient. In this work, we analyzed the genetic variability among wild populations of two alpine lakes (lakes Geneva and Neuchâtel) whose populations are used by fish farmers to establish their stocks. We found one panmictic population in Lake Geneva, while two sub-populations were identified in Lake Neuchâtel, whose genetic variability is higher. However, those wild populations are not found in captive stocks. In addition, the genetic variability is higher in captive populations. Between parents and their offspring, the genetic diversity has not decreased despite a small increase in inbreeding. Thus, this work will allow fish farmers to set up a real genetic management of their stocks and subsequently to develop breeding programs. Moreover, it provides a better understanding of the possible links between the process of domestication and the evolution of genetic variability