L'éventail sous-marin profond du Congo, situé sur la marge continentale Congo-Angolaise (côte Ouest Africaine, Océan Atlantique Equatorial Sud) représente un écosystème sédimentaire marin profond unique.Celui-ci est caractérisé par de forts apports en matière organique provenant du fleuve Congo, qui se déversent le long du canyon et au travers de systèmes chenal Jevées actuels jusque dans les zones les plus profondes (5 000 m) où se développe le système des lobes.L'objectif de cette thèse est d'étudier la distribution spatiale et la diversité phylogénétique et fonctionnelle des communautés archéennes et bactériennes en relation avec les caractéristiques et les contraintes de I'environnement.Cette étude a permis de mettre en évidence une distribution géographique régionale et locale des communautés microbiennes contraintes par la distance des différents lobes par rapport à l'embouchure du chenal. La distribution des communautés microbiennes est liée à la disponibilité en accepteurs et donneurs d'électrons issus de la diagénèse précoce de la matière organique. La composition et l'identité taxonomique de ces communautés microbiennes sont comparables aux communautés rencontrées dans des sédiments marins et des zones d'émission de fluides froids riches en méthane.Cette étude révèle également des densités cellulaires relativement élevées de bactéries méthanotrophes aérobies associées à différents habitats sédimentaires particuliers, colonisés par des bivalves Vesicomyidae, des tapis microbiens et des sédiments réduits caractéristiques des environnements d'émissions de fluides froids riches en méthane et hydrogène sulfuré. Ces communautés sont non seulement apparentées à celles rencontrées dans des habitats d'émissions de fluides froids, mais également à celles des habitats terrestres, malgré la distance ~ 1000 km des côtes Africaines.Les travaux menés au cours de cette thèse montrent l'intérêt des études pluridisciplinaires pour comprendre la diversité et le fonctionnement des écosystèmes dans les lobes terminaux du système turbiditique du Congo et apportent de nouvelles informations sur la diversité des microorganismes peu explorée dans les éventails sous-marins profonds. / The Congo deep sea fan, located in the Congo-Angola continental margin (West African coast, Equatorial South Atlantic Ocean) represents a unique deep-sea sedimentary ecosystem. It is characterized by high organic matter inputs from the Congo River, that flow along a canyon and through presently active channel system-lifted into the deeper areas (5 000 m) where the lobes system develops.The aim of this thesis is to study the spatial distribution as well as the phylogenetic and functional diversity of archaeal and bacterial communities in relation with environmental characteristics and constraints of the terminal lobes of the Congo deep see fan, one of the largest submarine fan systems in the world.This study highlights geographical distribution of microbial communities constrained by the distal and proximal distance of the different lobes from the Congo river's channel mouth as well as linked to the electron donor and acceptor availability from organic matter diagenesis. This study revealed quite high abundance of aerobic methane oxidizing bacteria cells at peculiar sedimentary habitats dominated by Vesicomyid bivalves, microbial mats and reduced sediments typical of cold-seep environments. These communities are not only related to the ones encountered in cold seeps, but also to the ones in terrestrial habitats despite an approximately distance of 1000 km offshore the African coast.This thesis underlines the interest of pluridisciplinary studies to understand the ecosystem diversity and functioning in the terminal lobes of the Congo turbiditic system and provides further insights into the underexplored microbial diversity from deep-sea fans.

La maladie d'Alzheimer (MA) constitue un problème majeur de santé publique. La clé pour diminuer le fardeau de la démence dans les prochaines décennies repose en grande partie sur la prévention primaire et secondaire. Les interventions de prévention ciblent les habitudes de vie et les facteurs de risque modifiables de la MA, dont l'inactivité physique. Des interventions en activité physique (AP) sont étudiées depuis quelques années chez les aînés ayant un trouble cognitif léger (TCL). Le TCL correspond au prodrome de la MA chez une large proportion d'aînés et constituerait une fenêtre d'action ciblée pour la prévention de la MA. Les interventions en AP auprès des personnes ayant un TCL sont prometteuses, mais les travaux sur le sujet sont limités, présentent des défis quant à l'adhésion des participants à l'intervention, s'intéressent peu aux effets psychologiques et excluent généralement les personnes présentant des symptômes dépressifs. Or, les symptômes dépressifs sont fréquents dans les cas de TCL et ils augmentent le risque de progresser vers la MA. Cette thèse vise à étudier une intervention en AP de 12 semaines auprès d'aînés ayant un TCL et des symptômes neuropsychiatriques (SNP, dont des symptômes dépressifs) concomitants. Le premier objectif de cette thèse est d'investiguer la faisabilité et la tolérance de cette intervention. Le taux d'attrition et le taux d'adhérence sont documentés à cet effet. Des entretiens de groupes focalisés (EGF) explorent comment la mise en œuvre du programme d'AP contribue à l'adhésion des aînés ayant un TCL et des SNP. Les données des EGF sont le sujet d'une analyse thématique. Le second objectif est de comparer de façon préliminaire les effets de deux programmes d'entraînement (cardiovasculaire, musculaire) chez cette population. Les effets de l'AP sont mesurés objectivement sur la cognition, l'état psychologique et la qualité de vie. Les variables d'efficacité sont soumises à une analyse par composantes principales (ACP) afin d'en dériver des scores composites. Une Anova à mesures répétées (Traitement x Temps) est effectuée pour chaque score composite. Des tailles d'effet (êta-carré partiel) sont calculées pour chaque résultat des Anovas. Dans l'ensemble, les résultats de cette thèse suggèrent qu'un programme d'AP présente un défi sur le plan du recrutement, mais qu'il est faisable et tolérable sur le plan de l'adhésion à l'intervention. L'analyse thématique des EGF permet d'identifier plusieurs facteurs de la mise en œuvre du programme qui peuvent contribuer à l'adhésion des participants. Les facteurs facilitant la participation regroupent les sous-thèmes suivants : (a) les relations sociales avec le groupe et les intervenants, (b) les services offerts ou recherchés concernant l'évaluation et l'intervention (c) les effets du programme d'entrainement sur l'état physique et psychocognitif, (d) les attitudes favorables et attentes réalistes envers l'étude et (e) l'horaire fixe et qui s'intègre facilement à l'emploi du temps. Les facteurs d'insatisfaction regroupent les sous-thèmes suivants : (a) la communication insuffisante d'informations, (b) la sollicitation difficile de leur mémoire et (c) les quantité et type d'AP imposés. En ce qui concerne les effets psychocognitifs préliminaires des deux programmes d'AP, il est à noter que la présente étude s'attarde avant tout aux tailles d'effet et non au seuil de signification. Les tailles d'effet suggèrent que le groupe cardiovasculaire montre une plus grande amélioration que le groupe musculaire entre le pré- et le post-test concernant : (a) les deux scores composites des fonctions exécutives (Composante 1, effet significatif, grande taille d'effet; Composte 2, moyenne taille d'effet) et (b) sur le score composite de mémoire épisodique (petite taille d'effet). Le groupe musculaire montre une plus grande amélioration que le groupe cardiovasculaire entre le pré- et le post-test concernant les deux scores composites des SNP et de la qualité de vie (Composante 1, moyenne taille d'effet; Composante 2, grande taille d'effet). Les conclusions à propos de l'effet des programmes sur l'attention sont limitées et discutées plus en détails dans cette thèse. En somme, ces résultats permettront d'ajuster les interventions en AP pour mener ultérieurement une étude à plus grande échelle pour démontrer les bénéfices de l'AP en matière de prévention secondaire de la MA. / Alzheimer's disease (AD) is a major public health issue. The key to reducing the burden of dementia in the coming decades lies in large part in primary and secondary prevention. Prevention interventions target lifestyle habits and modifiable risk factors for AD, including physical inactivity. Interventions in physical activity (PA) have been studied in the last few years in older aduts with mild cognitive impairment (MCI). For a high proportion of MCI cases, MCI is a prodromal phase of AD and could represent a favorable window of action to prevent AD. PA interventions in MCI are promising, but research on the subject is limited, presents challenges in terms of participants' adherence to the intervention, pays little attention to the psychological effects of these interventions and generally excludes people with depressive symptoms. Yet, depressive symptoms are frequent in MCI cases and they increase the risk of progressing to AD. This thesis aims to study a 12-week PA intervention in older adults with MCI and concomitant neuropsychiatric symptoms (NPS, including depressive symptoms). The first objective of this thesis is to investigate the feasibility and tolerance of this intervention. The attrition rate and adhesion rate are documented for this purpose. Focus group interviews explore how the implementation of the PA program contributes to adherence of seniors with MCI and NPS. These data are the subject of a thematic analysis. The second objective is to make a preliminary comparison of the effects of two PA programs (cardiovascular, resistance). The effects of PA are objectively measured on cognition, psychological state, and quality of life. The outcome variables are subjected to principal component analysis (PCA) in order to derive composite scores. A repeated measures Anova (Treatment x Time) is performed for each composite score. Effect sizes (partial eta-square) are calculated for each Anovas' result. The results of this thesis suggest that a PA program presents a challenge in terms of recruitment, but that the program is feasible and tolerable in terms of adherence to the intervention. The thematic analysis helps identify several factors that may contribute to participant adherence. The factors facilitating participation include the following sub-themes: (a) social relationships with the group and the instructors, (b) the services offered or sought regarding evaluation and intervention (c) the effects of the training program on physical and psychocognitive states, (d) favorable attitudes and realistic expectations towards the study and (e) a fixed PA schedule that fits easily into the weekly schedule. The dissatisfaction factors group together the following sub-themes: (a) insufficient communication of information, (b) difficult request upon their memory and (c) imposed quantity and type of PA. Regarding the preliminary psychocognitive effects of the two PA programs, it should be noted that the present study focuses primarily on effect sizes and not on the significance level. The effect sizes suggest that the cardiovascular training program leads to greater improvements than the resistance training program regarding: (a) the two composite scores of executive functions (Component 1, significant effect, large effect size; Component 2, moderate effect size) and (b) the composite score of episodic memory (small effect size). The resistance training program leads to greater improvements than the cardiovascular training program regarding the two composite scores of NPS and quality of life (Component 1, moderate effect size; Component 2, large effect size). Conclusions about the programs'effects on attention are limited and discussed in more details in this thesis. In sum, these results will allow adjustment of the PA interventions for a further large scale study with the aim of demonstrating the benefits of PA in secondary prevention of AD.