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Predição genômica da resistência à ferrugem alaranjada em café arábica via algoritmos de aprendizagem de máquina / Genomic prediction of leaf rust resistance to arabica coffee using machine learning algorithmsSousa, Ithalo Coelho de 26 February 2018 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-07-11T12:09:39Z
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Previous issue date: 2018-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A seleção genômica (SG) foi proposta como uma forma de aumentar a eficiência e acelerar o melhoramento genético. A SG enfatiza a predição simultânea dos efeitos genéticos de milhares de marcadores dispersos em todo o genoma de um organismo. Algumas metodologias estatísticas têm sido utilizadas em SG para a predição do mérito genético, como por exemplo a Ridge Regression Best Linear Unbiased Prediction (RR- BLUP), Bayesian Lasso (BLASSO). Porém tais metodologias exigem algumas pressuposições a respeito dos dados tais como normalidade da distribuição dos valores fenotípicos. Além disto, a presença de fatores complicadores tais como epistasia e dominância atrapalham a utilização destes modelos, uma vez que exigem que tais efeitos sejam estabelecidos à priori pelo pesquisador. Visando contornar a não normalidade dos valores fenotípicos a literatura sugere o uso dos modelos lineares generalizados sob o enfoque bayesiano (BGLR). Outra alternativa são os modelos baseados em aprendizagem de máquina (AM), representados por metodologias tais como Redes Neurais (RNA), Árvores de Decisão (AD) e seus possíveis refinamentos (Bagging, Random Forest e Boosting) as quais podem incorporar a epistasia e a dominância no modelo além de não exigirem pressuposições quanto ao modelo e a distribuição dos valores fenotípicos. Diante disso, o objetivo deste trabalho foi utilizar AD e seus refinamentos Bagging, Random Forest e Boosting para predição da resistência a ferrugem alaranjada no café arábica. Além disso, AD e seus refinamentos foram utilizadas para identificar a importância dos marcadores relacionados a característica de interesse. Os resultados foram comparados com aqueles provenientes do GBLASSO (Lasso Bayesiano Generalizado) e RNA. Foram utilizados dados da resistência a ferrugem do café de 245 plantas derivadas do cruzamento do Híbrido de Timor e do Catuaí Amarelo, genotipados para 137 marcadores. A AD e seus refinamentos obtiveram resultados satisfatórios, visto que apresentaram valores iguais ou inferiores de Taxa de Erro Aparente comparados com aqueles obtidos pelo GBLASSO e RNA. Ademais, os refinamentos da AD demonstraram ser capazes de identificar marcadores importantes para característica de interesse, visto que dentre os 10 marcadores mais importantes analisados em cada metodologia, 3-4 marcadores estavam próximos a QTL’s relacionados a resistência a doença listados na literatura. Por fim, a AD e seus refinamentos mostraram um melhor desempenho em relação ao GBLASSO e a RNA quanto ao custo computacional. / Genomic selection (GS) has been proposed as a way to increase efficiency and accelerate genetic improvement. GS emphasizes the simultaneous prediction of the genetic effects of thousands of scattered markers throughout an organism's genome. Some statistical methodologies have been used in GS for the prediction of genetic merit, such as Ridge Regression Best Linear Unbiased Prediction (RR-BLUP), Bayesian Lasso (BLASSO). However such methodologies require some assumptions about the data such as normality of the distribution of phenotypic values. In addition, the presence of complicating factors such as epistasis and dominance hinder the use of these models, since they require that such effects be established a priori by the researcher. In order to avoid the non-normality of phenotypic values, the literature suggests the use of Bayesian Generalized Linear Regression (BGLR). Another alternative is the models based on machine learning, represented by methodologies such as Artificial Neural Networks (ANN), Decision Trees (DT) and their possible refinements such as Bagging, Random Forest and Boosting, which can incorporate epistasis and dominance in the model, besides not requiring assumptions about the model and the distribution of phenotypic values. The aim of this work was to use DT and its refinements Bagging, Random Forest and Boosting for prediction of resistance to orange rust in arabica coffee. In addition, DT and its refinements were used to identify the importance of markers related to the characteristic of interest. The results were compared with those from GBLASSO (Generalized Bayesian Lasso) and ANN. Data from the coffee rust resistance of 245 plants derived from the hybrid of the Timor Hybrid and the Yellow Catuaí, genotyped for 137 markers were used. The DT and its refinements obtained satisfactory results, since they presented equal or inferior values of Apparent Error Rate compared to those obtained by GBLASSO and RNA. In addition, DT refinements seem to be able to identify important markers for characteristic of interest, since among the 10 most important markers analyzed in each methodology, 3-4 markers were close to QTLs related to resistance to disease listed in the literature. Finally, the Decision Tree and its refinements showed a better performance in relation to the GBLASSO and RNA regarding computational cost.
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Abordagem de leitura de texto em imagens provenientes de redes sociais para ganho em disponibilidade de dadosFERREIRA NETO, Luiz Cortinhas 19 October 2017 (has links)
Submitted by Marina Farias (mgmf@ufpa.br) on 2018-02-21T14:36:31Z
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Previous issue date: 2017-10-19 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Este trabalho tem como objetivo propor uma adaptação metodológica no processo de análise de redes sociais, baseado na inclusão de texto obtido de imagens provenientes das próprias redes sociais. O processo de análise de sentimento é de fundamental importância para a inteligência de mercado, análise de produtos, para os processos de CRM e SCRM, uma vez que estes são tendências de mercado utilizadas por grandes empresas, que acabam, portanto, auxiliando na atração de incentivos financeiros e motivando a pesquisa. A modificação metodológica aplicada neste trabalho tem sua importância fundamentada na disponibilidade de dados, que tem se tornado cada vez mais restrita, graças a utilização de API’s, que são as interfaces de gerenciamento de acesso aos dados onde, de várias maneiras diferentes, cada rede social limita a consulta de dados, seja por tipo de dado, quantidade coletada ou janela de coleta. Esta pesquisa demonstra, por meio de estudos de caso, que existe ganho de informação para o processo de análise de sentimentos ao incluir dados textuais proveniente de imagens. / This work aims to propose a methodological adaptation in the process of social network analisys, based on the inclusion of text extracted from images that are obtained from the social networks themselves. Highly important for market intelligence, product analysis, CRM and SCRM processes, since these are market trends used by large companies, thus, promotes financial and research incentives. The adaptation proposed in here has its importance based on data availability, which has become increasingly restricted, thanks to the use of APIs, interfaces of data access management where, in several different ways, each social network limits the data query, either by type of data, quantity or collected window. This research intends to prove, through case studies, that there is relevant information gain to sentiment analyses process when textual data derived from images are used.
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Procedimento de projeto de embarcações trimarã por otimização multiobjetivo. / Design procedure of a trimaran vessels using multiobjective optimization.Ribeiro, Rafael Maximo Carreira 04 March 2015 (has links)
O presente trabalho aborda o desenvolvimento de um modelo de síntese para o projeto conceitual de uma embarcação rápida do tipo trimarã, destinada ao transporte de passageiros. Tal modelo visa possibilitar o entendimento dos mecanismos que governam o projeto deste tipo de navio, através de analises comparativas (atributos de desempenho) entre diferentes soluções de projeto, em função dos parâmetros escolhidos para sua representação (variáveis de projeto). Foram desenvolvidos dois modelos de síntese, em programas comerciais distintos. Cada modelo gera a superfície do casco, a partir de series sistemáticas, e calcula a resistência ao avanço dividindo-a nas parcelas viscosa e de ondas. A parcela viscosa e calculada pela aproximação de placa plana e a parcela de ondas calculada pela teoria de navio no. São feitas, ainda, estimativas preliminares do fator de forma e da resistência adicional em ondas. O arranjo geral dos principais espaços e subsistemas foi parametrizado com base no arranjo de embarcações semelhantes e o conforto dos passageiros a bordo e calculado segundo padrões estabelecidos por sociedades classificadoras internacionais. As variáveis de projeto escolhidas foram o comprimento do casco central e razões entre as demais dimensões, de modo a permitir o calculo das dimensões principais de cada casco e o posicionamento relativo entre eles. Com isso, tem-se que, ao mudar o valor do comprimento, escala-se o casco mantendo-se todas as proporções. A vantagem buscada ao se utilizar esta abordagem e a extinção das restrições geométricas implícitas, pois estarão embutidas diretamente nas restrições explícitas que definem os limites de exploração de cada variável de projeto. Estes modelos foram integrados a procedimentos de otimização mono e multiobjetivo, com base em diferentes versões do algoritmo genético, e aplicados a um problema de projeto exemplo. As funções de mérito, ou funções objetivo, escolhidas para este problema foram a potencia requerida pela embarcação para navegar na velocidade de projeto e a disponibilidade operacional da embarcação, calculada a partir dos índices de conforto dos passageiros. Com isso, descobriu-se que os parâmetros com maior influencia na resistência ao avanço e no conforto dos passageiros são o comprimento do casco central e sua razão de comprimento por boca. O posicionamento relativo entre os cascos e extremamente importante para a resistência de ondas geradas pela embarcação, mas não e possível observar nenhuma grande tendência em relação a posições que privilegiam seja a resistência seja o comportamento, pois o posicionamento ótimo para cada objetivo depende tanto do número de Froude quanto das demais dimensões da embarcação. / The present work studies the development of a synthesis model for the conceptual design of a fast trimaran passenger vessel, in order to understand the mechanisms that govern the design of such a vessel through a comparative analysis (performance parameters) between different design solutions, as a function of the variables chosen to uniquely represent them (design variables). Two separate models were developed, using different commercial softwares. Each model generates the hull surface based on systematic hull series and calculates the ship\'s forward resistance as the sum of the viscous and wave components. The viscous component is estimated by at plate approximation, corrected by a form factor, and the wave component is calculated according to thin ship theory. A preliminary estimate of the ship\'s added resistance in waves is also made. The general layout of the main volumes and systems was parametrized following design trends of similar ships and passenger comfort on board was calculated using international classification societies standards. The design variables chosen were the length of the center hull, the ratios between the main dimensions of each hull as to allow for their calculation and two coeficients regarding the relative positioning of the center and side hulls. The advantage sought by adopting this approach is the elimination of implicit geometrical constraints, once they will be automatically included in the explicit constraints defining the exploration range of each design variable. These models were then coupled to mono and multi objective optimization procedures, based on different versions of the genetic algorithm, and applied to a case study.The objective functions taken for this problem were the required power to achieve the design speed and the operational availability, measured from passengers comfort thresholds. It was found that the parameters with the most influence on the forward resistance, and thus on required power, and on passengers comfort level are the center hull length and its length to breadth ratio. The relative positioning of the side hulls play an important role on the total wave resistance of the ship, although it was not possible to observe any clear trend concerning positions that would favor nor the ship forward resistance neither its seakeeping performance. This is due the fact that the optimum positions of the side hulls are also a function of the Froude number and the remaining design variables.
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Procedimento de projeto de embarcações trimarã por otimização multiobjetivo. / Design procedure of a trimaran vessels using multiobjective optimization.Rafael Maximo Carreira Ribeiro 04 March 2015 (has links)
O presente trabalho aborda o desenvolvimento de um modelo de síntese para o projeto conceitual de uma embarcação rápida do tipo trimarã, destinada ao transporte de passageiros. Tal modelo visa possibilitar o entendimento dos mecanismos que governam o projeto deste tipo de navio, através de analises comparativas (atributos de desempenho) entre diferentes soluções de projeto, em função dos parâmetros escolhidos para sua representação (variáveis de projeto). Foram desenvolvidos dois modelos de síntese, em programas comerciais distintos. Cada modelo gera a superfície do casco, a partir de series sistemáticas, e calcula a resistência ao avanço dividindo-a nas parcelas viscosa e de ondas. A parcela viscosa e calculada pela aproximação de placa plana e a parcela de ondas calculada pela teoria de navio no. São feitas, ainda, estimativas preliminares do fator de forma e da resistência adicional em ondas. O arranjo geral dos principais espaços e subsistemas foi parametrizado com base no arranjo de embarcações semelhantes e o conforto dos passageiros a bordo e calculado segundo padrões estabelecidos por sociedades classificadoras internacionais. As variáveis de projeto escolhidas foram o comprimento do casco central e razões entre as demais dimensões, de modo a permitir o calculo das dimensões principais de cada casco e o posicionamento relativo entre eles. Com isso, tem-se que, ao mudar o valor do comprimento, escala-se o casco mantendo-se todas as proporções. A vantagem buscada ao se utilizar esta abordagem e a extinção das restrições geométricas implícitas, pois estarão embutidas diretamente nas restrições explícitas que definem os limites de exploração de cada variável de projeto. Estes modelos foram integrados a procedimentos de otimização mono e multiobjetivo, com base em diferentes versões do algoritmo genético, e aplicados a um problema de projeto exemplo. As funções de mérito, ou funções objetivo, escolhidas para este problema foram a potencia requerida pela embarcação para navegar na velocidade de projeto e a disponibilidade operacional da embarcação, calculada a partir dos índices de conforto dos passageiros. Com isso, descobriu-se que os parâmetros com maior influencia na resistência ao avanço e no conforto dos passageiros são o comprimento do casco central e sua razão de comprimento por boca. O posicionamento relativo entre os cascos e extremamente importante para a resistência de ondas geradas pela embarcação, mas não e possível observar nenhuma grande tendência em relação a posições que privilegiam seja a resistência seja o comportamento, pois o posicionamento ótimo para cada objetivo depende tanto do número de Froude quanto das demais dimensões da embarcação. / The present work studies the development of a synthesis model for the conceptual design of a fast trimaran passenger vessel, in order to understand the mechanisms that govern the design of such a vessel through a comparative analysis (performance parameters) between different design solutions, as a function of the variables chosen to uniquely represent them (design variables). Two separate models were developed, using different commercial softwares. Each model generates the hull surface based on systematic hull series and calculates the ship\'s forward resistance as the sum of the viscous and wave components. The viscous component is estimated by at plate approximation, corrected by a form factor, and the wave component is calculated according to thin ship theory. A preliminary estimate of the ship\'s added resistance in waves is also made. The general layout of the main volumes and systems was parametrized following design trends of similar ships and passenger comfort on board was calculated using international classification societies standards. The design variables chosen were the length of the center hull, the ratios between the main dimensions of each hull as to allow for their calculation and two coeficients regarding the relative positioning of the center and side hulls. The advantage sought by adopting this approach is the elimination of implicit geometrical constraints, once they will be automatically included in the explicit constraints defining the exploration range of each design variable. These models were then coupled to mono and multi objective optimization procedures, based on different versions of the genetic algorithm, and applied to a case study.The objective functions taken for this problem were the required power to achieve the design speed and the operational availability, measured from passengers comfort thresholds. It was found that the parameters with the most influence on the forward resistance, and thus on required power, and on passengers comfort level are the center hull length and its length to breadth ratio. The relative positioning of the side hulls play an important role on the total wave resistance of the ship, although it was not possible to observe any clear trend concerning positions that would favor nor the ship forward resistance neither its seakeeping performance. This is due the fact that the optimum positions of the side hulls are also a function of the Froude number and the remaining design variables.
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Avaliação do uso de meta-heurísticas baseadas no comportamento da natureza em apoio a operações de esclarecimento por aeronaves de asa móvel / Evaluation of the use of metaheuristics based on the behavior of the nature in support of search and reconnaissance operations by rotary-wing aircraftYokoyama, André Muniz 10 May 2016 (has links)
Submitted by Maria Cristina (library@lncc.br) on 2016-07-27T18:14:27Z
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Previous issue date: 2016-05-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) / Brazil has an Exclusive Economic Zone that is very extensive and rich, both in its biodiversity as in its mineral resources. In order to exploit these resources and ensure safety for navigation, Brazil must ensure its sovereignty over this part of its territory. For this purpose, Brazil has the Naval Power exercised by the Brazilian Navy. Among the operations carried out by the Navy there are the search and reconnaissance missions, carried out by ships and by naval aircraft. This work is focused on reconnaissance missions carried out by naval aircraft. The main objective is the evaluation of meta-heuristics for the development of an application that can generate optimized routes for aircraft in the missions, attending the requirements of the Brazilian Navy. This work presents the methods developed based on two nature inspired meta-heuristics, for the elaboration of optimized routes for aircraft. The method is complying with two main constraints for these missions: checkpoints (targets) mobility and the limit of aircraft autonomy. It also presents the results of tests performed with the methods developed in this work and a general evaluation of their performance. / O Brasil possui uma área de Zona Econômica Exclusiva muito extensa e muito rica, tanto na sua biodiversidade como em recursos minerais. Porém, para poder explorar estas riquezas e garantir a segurança para a navegação destas águas o Brasil precisa assegurar sua soberania sobre esta parte de seu território. Para isso conta com o Poder Naval exercido pela Marinha do Brasil, que entre as operações por ela realizadas estão as missões de busca e esclarecimento, tanto por embarcações, como por aeronaves embarcadas. Este trabalho tem seu foco nas operações de esclarecimento por aeronaves embarcadas, tendo como objetivo principal a avaliação de meta-heurísticas para a elaboração de uma aplicação capaz de gerar rotas otimizadas para as aeronaves, em missões de esclarecimento, as quais atendam as necessidades da Marinha do Brasil. Neste trabalho, são apresentados os métodos desenvolvidos com base em duas meta-heurísticas, baseadas na natureza, para a elaboração de rotas otimizadas para as aeronaves, atendendo a duas restrições fundamentais em missões de esclarecimento aéreo, a mobilidade dos pontos de checagem (alvos) e o limite de autonomia das aeronaves. Também são apresentados os resultados dos testes realizados com os métodos desenvolvidos e uma avaliação geral dos seus desempenhos.
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