L'assemblage des arthropodes en milieu agricole dépend de plusieurs facteurs agissant à des échelles plus ou moins larges, pouvant aller des caractéristiques locales de l'habitat jusqu'à la structure du paysage. Dans le but de lutter naturellement contre les ravageurs des cultures, il s'avère alors essentiel de déterminer quels paramètres sont liés à une grande abondance et diversité d'arthropodes prédateurs. L'objectif de ce projet de maîtrise est de déterminer quelle est l'influence du paysage sur l'assemblage des prédateurs terricoles (Coleoptera: Carabidae et Cicindelidae) au sein des zones agricoles non cultivées. Nos principales hypothèses sont que: 1) l'influence du paysage est plus grande que celle des pratiques agronomiques et de l'environnement local et 2) l'influence du paysage est maximale en milieu de saison lorsque le paysage est bien défini. Un échantillonnage à l'aide de pièges-fosses a été effectué, en 2006 et 2007, en bordure de 20 fossés adjacents à des champs de maïs, répartis au sein du bassin versant du ruisseau Vacher (Lanaudière, Québec, Canada). Des données relatives aux pratiques agronomiques effectuées dans le fossé et le champ de maïs adjacent ont été relevées de même que les caractéristiques du fossé échantillonné. Une cartographie du paysage a également été réalisée autour de chaque site (aux échelles 200 et 500 mètres) et suivie d'analyses spatiales (composition et configuration du paysage). Les résultats montrent que le paysage est la plus importante variable permettant d'expliquer les différences d'abondance et diversité de carabes au sein du bassin versant. De plus, l'influence du paysage sur l'assemblage des carabes s'avère varier en fonction de la saison, atteignant son maximum en Juillet-Août lorsque le paysage est bien défini. Les espèces étudiées individuellement ont également été plus influencées par le paysage en milieu de saison malgré quelques différences pouvant partiellement être allouées aux caractéristiques biologiques et écologiques de chaque espèce. En conclusion, cette étude a permis de montrer qu'il est essentiel de tenir compte de facteurs à grande échelle comme la structure du paysage, de la saison et des caractéristiques biologiques et écologiques des espèces lorsque l'on étudie l'assemblage des arthropodes en milieu agricole. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Carabes, Pratiques agronomiques, Environnement local, Structure du paysage, Variation saisonnière, Caractéristiques biologiques et écologiques, Partition de la variation.

Bien que l'aménagement forestier écosystémique basé sur les perturbations naturelles soit généralement proposé afin de poursuivre la récolte de la matière ligneuse tout en conservant la biodiversité, son efficacité doit être démontrée. Dans ce mémoire, je compare les assemblages de carabes et d'araignées retrouvés dans une chronoséquence de peuplements naturels d'épinette noire enclins à la paludification à ceux de peuplements de même type ayant subi des CPRS traditionnelles et des coupes partielles sensées reproduire ou conserver des structures de peuplements anciens. Les 1 618 spécimens de carabes (Coleoptera : Carabidae) et 1l 628 spécimens adultes d'araignées (Araneae) totalisant 163 espèces qui sont inclus dans cette étude ont été récoltés par pièges-fosses lors des étés 2007 et 2008. Les deux taxons à l'étude ont montré des changements dans leurs assemblages lors du vieillissement naturel des peuplements, mais leur réponse aux traitements sylvicoles a été très différente. Pour les carabes, la coupe n'a pas eu d'effet remarquable. Ceci s'explique par l'effet important de l'épaisseur de la matière organique qui s'accumule avec le temps passé en absence de feu. Pour les araignées, les coupes ont favorisé des assemblages qui n'avaient pas d'équivalent dans la gamme de peuplements naturels utilisés comme référentiel. L'importance de la surface terrière pour les araignées et de la matière organique pour les carabes conduisent à proposer une modification des stratégies de coupe afin de mieux tenir compte de ces deux attributs forestiers dans l'émulation des perturbations naturelles. Dans une optique d'aménagement et de conservation par filtre brut, les coupes partielles pourraient être efficaces en étant pratiquées dans des peuplements productifs afin de laisser sur pied une surface terrière assez importante pour être représentative de celle des vieux peuplements de la mosaïque qui résulte des régimes de perturbations naturelles de la région. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : arthropodes terricoles, araignées (Araneae), carabes (Coleoptera : Carabidae), filtre brut, chronoséquence, coupes partielles, CPRS, pessière noire.

Les zoonoses constituent plus des deux tiers des pathologies virales qui concernent l’homme. Le développement et la démocratisation des outils de métagénomique en font de bons outils d’inventaire et de surveillance de virus potentiellement émergents.Dans un premier temps j’ai développé et validé un protocole expérimental de purification des viromes à ARN qui permettait le maintien de l’infectivité des particules virales. Ce protocole a ensuite été appliqué pour caractériser les communautés virales d’arthropodes hématophages et de prélèvements de faune sauvage. J’ai par la suite réalisé l’inventaire des communautés virales de viande de singe fumée illégalement importée en France et confisquée par les douanes, qui a révélé la présence de nombreux bactériophages, dont certains pourraient infecter des bactéries potentiellement pathogènes pour l’homme.Enfin j’ai caractérisé les communautés virales de culicoïdes collectés au Sénégal, ce qui a permis de mettre en évidence la présence de nombreux virus géants à ADN infectant les amibes. Le séquençage des viromes à ARN a quant à lui révélé la présence d'un certain nombre d'arbovirus qui pourraient constituer un risque d’émergence pour la santé humaine. Du fait de nombreux facteurs intrinsèques et extérieurs à l’agent infectieux, la prédiction des futures émergences de virus zoonotiques est très compliquée voire utopique, mais elle reste un challenge crucial et d’actualité. La stratégie de réalisation d’inventaires des communautés virales présentes dans les différents acteurs des cycles de transmission zoonotique est un premier pas indispensable dans la connaissance des risques potentiels d’émergence en population humaine. / Zoonoses are responsible of more than two thirds of human viral infections. The development of high-throughput sequencing tools and their application in metagenomics allow inventorying the viral communities of various reservoirs in order to detect the emergence of viruses before their infection to humans. In this context, I characterized the viral communities of simian bushmeat illegally imported into France and of Culicoides biting midges, recognized vectors of several viruses of human and veterinary medicine importance. I have first developed a protocol for the purification of RNA viromes which allowed maintaining the infectivity of viral particles. This protocol was subsequently applied to characterize viral communities of bloodsucking arthropods and wildlife samples. In a second part I realized the inventory of viral communities of smoked simian bushmeat illegally imported into France and confiscated by the French customs. This study revealed the presence of a wide diversity of bacteriophages, in which some of them could infect bacteria potentially pathogenic for humans.Finally I characterized the viral communities of Culicoides biting midges collected in Senegal, which revealed the presence of sequences related to several giant DNA viruses infecting amoeba. Sequencing of the RNA virome revealed the presence of several arboviruses that could constitute a risk of emergence of zoonoses for humans.The prediction of future emerging zoonotic viruses is very difficult, if not impossible. However the characterization of viral communities present in the different actors of zoonotic transmission cycle is a first step to evaluate potential risks of transmission to humans.