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Études de nouvelles sondes d’affinité pour l’identification de la protéine-cible d’UM171Bisson, Alexanne 04 1900 (has links)
La molécule UM171 amplifie les greffons de cellules souches hématopoïétiques. Cela
permet l’utilisation de greffons de cellules souches provenant du sang de cordon
ombilical pour des greffes chez les patients adultes, notamment dans les cas de cancers
du sang. Bien que le mode d’action biologique d’UM171 soit connu, la protéine à
laquelle se lie UM171 reste indéterminée.
Le but de ce projet est d’identifier cette protéine-cible. Afin d’atteindre cet objectif, cette
étude mise sur la conception, la synthèse, puis l’utilisation de sondes d’affinité. Dans ce
mémoire, deux types de sonde sont présentées : les sondes d’affinité non covalentes et
les sondes d’affinité photoréactives.
Dans un premier temps, une sonde non covalente est synthétisée. Cette sonde, très
active, est ensuite utilisée dans un essai de chimio-protéomique. Elle permet d’identifier
les protéines KBTBD4, RCOR1 et HDAC2 par buvardage de western.
Dans un deuxième temps, une sonde photoréactive est conçue, puis synthétisée.
Considérant l’hypothèse de la présence d’un acide carboxylique dans le site actif de la
protéine-cible, cette sonde exploite une fonctionnalité 2,5-diaryltétrazole comme
groupement photoréactif sélectif aux acides carboxyliques. Afin de maximiser l’activité
de cette sonde, celle-ci est développée grâce à l’étude de plusieurs analogues, dont la
synthèse est également rapportée.
Dans un troisième temps, la sonde photoréactive est utilisée dans deux essais de chimio-
protéomique. Ces essais ont permis d’identifier la protéine CUL3 par spectrométrie de
masse. La protéine CAND1 a également été identifiée, de façon moins significative. / The small molecule UM171 amplifies hematopoietic stem cells grafts. This allows the use of umbilical cord blood stem cells grafts for transplants in adult patients, for example in the case of blood cancer. Although the biological mode of action of UM171 is known, the protein to which UM171 binds remains undetermined. The aim of this project is to identify this target protein. To achieve this goal, this study focuses on the design, synthesis, and use of affinity probes. In this thesis, two types of probes are presented: non-covalent affinity probes and photoreactive affinity probes. First, a non-covalent probe is synthesized. This probe revealed to be very potent and is used in a chemoproteomics assay. The proteins KBTBD4, RCOR1 and HDAC2 are identified by western blotting. Second, a photoreactive probe is designed, and then synthesized. Assuming the presence of a carboxylic acid in the active site of the target protein, this probe exploits a 2,5-diaryltetrazole functionality as its photoreactive group selective to carboxylic acids. To maximize the activity of this probe, it is designed by studying several analogues, the synthesis of which is also reported. Third, the photoreactive probe is used in two chemoproteomics assays. These led to the identification of the protein CUL3 by mass spectrometry. The protein CAND1 was also identified, less significantly.
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