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Avaliação de marcadores sorológicos, microbiológicos e moleculares para diagnóstico da brucelose canina / Evaluation of serological, microbiological and molecular markers for canine brucellosis diagnosisLima, Julia Teresa Ribeiro de 07 March 2018 (has links)
A brucelose causada pela B. canis constitui uma infecção sistêmica e zoonótica que acomete principalmente os cães, causando problemas reprodutivos. O diagnóstico da infecção é difícil, sendo necessária a associação do diagnóstico clínico aos métodos laboratoriais diretos e indiretos para sua confirmação. Um dos problemas relativos ao diagnóstico laboratorial está relacionado à ausência de marcadores que possibilitem a identificação acurada de cães em ausência de bacteremia. A partir do exposto, foi realizado um estudo com o objetivo de avaliar o desempenho de testes laboratoriais diretos e indiretos como marcadores da infecção por B. canis em cães e determinar a combinação de testes que possibilite o diagnóstico da brucelose canina com maiores valores de sensibilidade e especificidade. Foram coletadas amostras de sangue, soro e aspirado de linfonodo de 92 cães, sem distinção de sexo, idade ou raça, incluindo cães reprodutores e não reprodutores. A hemocultura e a reação em cadeia pela polimerase (PCR) foram previamente realizadas nas amostras de sangue e, com base nos resultados, os 92 animais foram divididos em dois grupos: infectados (n=37) e não infectados (n= 55). Em seguida, as amostras de aspirado de linfonodo foram submetidas à PCR e ao cultivo microbiológico e as amostras de soro foram testadas por um ensaio imunocromatográfico (EIC). A partir dos resultados obtidos, a sensibilidade e especificidade diagnóstica dos testes foram calculadas utilizando os grupos infectados e não infectados, respectivamente. O coeficiente Kappa foi usado para calcular a concordância entres os testes laboratoriais e suas combinações. A proporção de resultados positivos foi de 40,2% (37/92) para os testes diretos em amostras de sangue, 29% (27/92) e 25% (23/92) para PCR e cultivo em amostras de aspirado de linfonodo, respectivamente, e 43% (40/92) para o EIC. A concordância entre os testes variou de moderada a quase perfeita. A sensibilidade e especificidade diagnóstica foram, respectivamente, 65% e 95% para PCR em amostras de aspirado de linfonodo, 62% e 100% para o cultivo microbiológico em amostras de aspirado de linfonodo e 92% e 89% para o EIC. A PCR em amostras de aspirados de linfonodos apresentou maior sensibilidade em relação ao cultivo aplicado a estas amostras, sendo uma alternativa ao diagnóstico microbiológico. A associação entre os testes de PCR em amostras de aspirados de linfonodos e de sangue e o EIC possibilitou um aumento da sensibilidade diagnóstica, por possibilitar a identificação de cães na ausência e na presença de bacteremia, com maior rapidez. / Brucellosis caused by B. canis is a systemic and zoonotic infection characterized by prolonged bacteremia that affects mainly dogs causing reproductive problems. The diagnosis of the infection is quite difficult, being necessary the association of the clinical diagnosis with direct and indirect laboratory methods to confirm the infection. The main drawback regarding the laboratory diagnosis relies on the lack of markers that allow the accurate identification of non bacteremic dogs. From the above, a study was carried out to evaluate the performance of direct and indirect laboratory tests as markers for B. canis infection in dogs and to determine the combination of tests that allows the diagnosis of the infection with higher values of sensitivity and specificity. Samples of blood, serum and lymph node aspirates were collected from 92 dogs, regardless the sex, age or breed, including pet and breeding dogs. All the dogs were tested using culturing and the polymerase chain reaction (PCR) in blood samples and, based on the results, they were divided into two groups: infected (n = 37) and non-infected (n = 55). Lymph node aspirates were tested through PCR and microbiological culturing, and serum samples using an immunochromatographic assay (EIC). The infected and uninfected groups were used to calculate, respectively, the sensitivity and specificity of the tests. The agreement between the tests was calculated using Kappa coefficient. The proportion of positive results was 40.2% (37/92) for the direct tests in blood samples, 29% (27/92) and 25% (23/92) for PCR and lymph node culturing, respectively, and 43% (40/92) for the EIC. The agreement between the tests ranged from moderate to near perfect. The sensitivity and specificity was, respectively, 65% and 95% for PCR in lymph node aspirates, 62% and 100% for lymph node culturing, and 92% and 89% for EIC. The PCR in lymph node aspirates showed a higher sensitivity when compared to the lymph node culturing, being an alternative to the microbiological diagnosis. The association between PCR in blood and lymph node aspirates and the EIC enabled an increased sensitivity in the diagnosis with the identification of non-bacteremic dogs more rapidly.
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Avaliação de marcadores sorológicos, microbiológicos e moleculares para diagnóstico da brucelose canina / Evaluation of serological, microbiological and molecular markers for canine brucellosis diagnosisJulia Teresa Ribeiro de Lima 07 March 2018 (has links)
A brucelose causada pela B. canis constitui uma infecção sistêmica e zoonótica que acomete principalmente os cães, causando problemas reprodutivos. O diagnóstico da infecção é difícil, sendo necessária a associação do diagnóstico clínico aos métodos laboratoriais diretos e indiretos para sua confirmação. Um dos problemas relativos ao diagnóstico laboratorial está relacionado à ausência de marcadores que possibilitem a identificação acurada de cães em ausência de bacteremia. A partir do exposto, foi realizado um estudo com o objetivo de avaliar o desempenho de testes laboratoriais diretos e indiretos como marcadores da infecção por B. canis em cães e determinar a combinação de testes que possibilite o diagnóstico da brucelose canina com maiores valores de sensibilidade e especificidade. Foram coletadas amostras de sangue, soro e aspirado de linfonodo de 92 cães, sem distinção de sexo, idade ou raça, incluindo cães reprodutores e não reprodutores. A hemocultura e a reação em cadeia pela polimerase (PCR) foram previamente realizadas nas amostras de sangue e, com base nos resultados, os 92 animais foram divididos em dois grupos: infectados (n=37) e não infectados (n= 55). Em seguida, as amostras de aspirado de linfonodo foram submetidas à PCR e ao cultivo microbiológico e as amostras de soro foram testadas por um ensaio imunocromatográfico (EIC). A partir dos resultados obtidos, a sensibilidade e especificidade diagnóstica dos testes foram calculadas utilizando os grupos infectados e não infectados, respectivamente. O coeficiente Kappa foi usado para calcular a concordância entres os testes laboratoriais e suas combinações. A proporção de resultados positivos foi de 40,2% (37/92) para os testes diretos em amostras de sangue, 29% (27/92) e 25% (23/92) para PCR e cultivo em amostras de aspirado de linfonodo, respectivamente, e 43% (40/92) para o EIC. A concordância entre os testes variou de moderada a quase perfeita. A sensibilidade e especificidade diagnóstica foram, respectivamente, 65% e 95% para PCR em amostras de aspirado de linfonodo, 62% e 100% para o cultivo microbiológico em amostras de aspirado de linfonodo e 92% e 89% para o EIC. A PCR em amostras de aspirados de linfonodos apresentou maior sensibilidade em relação ao cultivo aplicado a estas amostras, sendo uma alternativa ao diagnóstico microbiológico. A associação entre os testes de PCR em amostras de aspirados de linfonodos e de sangue e o EIC possibilitou um aumento da sensibilidade diagnóstica, por possibilitar a identificação de cães na ausência e na presença de bacteremia, com maior rapidez. / Brucellosis caused by B. canis is a systemic and zoonotic infection characterized by prolonged bacteremia that affects mainly dogs causing reproductive problems. The diagnosis of the infection is quite difficult, being necessary the association of the clinical diagnosis with direct and indirect laboratory methods to confirm the infection. The main drawback regarding the laboratory diagnosis relies on the lack of markers that allow the accurate identification of non bacteremic dogs. From the above, a study was carried out to evaluate the performance of direct and indirect laboratory tests as markers for B. canis infection in dogs and to determine the combination of tests that allows the diagnosis of the infection with higher values of sensitivity and specificity. Samples of blood, serum and lymph node aspirates were collected from 92 dogs, regardless the sex, age or breed, including pet and breeding dogs. All the dogs were tested using culturing and the polymerase chain reaction (PCR) in blood samples and, based on the results, they were divided into two groups: infected (n = 37) and non-infected (n = 55). Lymph node aspirates were tested through PCR and microbiological culturing, and serum samples using an immunochromatographic assay (EIC). The infected and uninfected groups were used to calculate, respectively, the sensitivity and specificity of the tests. The agreement between the tests was calculated using Kappa coefficient. The proportion of positive results was 40.2% (37/92) for the direct tests in blood samples, 29% (27/92) and 25% (23/92) for PCR and lymph node culturing, respectively, and 43% (40/92) for the EIC. The agreement between the tests ranged from moderate to near perfect. The sensitivity and specificity was, respectively, 65% and 95% for PCR in lymph node aspirates, 62% and 100% for lymph node culturing, and 92% and 89% for EIC. The PCR in lymph node aspirates showed a higher sensitivity when compared to the lymph node culturing, being an alternative to the microbiological diagnosis. The association between PCR in blood and lymph node aspirates and the EIC enabled an increased sensitivity in the diagnosis with the identification of non-bacteremic dogs more rapidly.
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Detecção do gene blaOXA-23 por PCR em tempo real de aspirados traqueais de pacientes sob ventilação mecânicaBrust, Flávia January 2012 (has links)
Introdução: O gênero Acinetobacter representa um importante patógeno relacionado a infecções hospitalares, principalmente, à pneumonia associada à ventilação mecânica (PAV). O aumento de isolados de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos (ABRC) representa um problema mundial, pois limita drasticamente as opções terapêuticas. A produção da carbapenamase OXA-23, uma β-lactamase da classe D de Ambler, representa o principal mecanismo responsável por esta resistência em nosso país. Objetivo: O presente estudo tem como objetivo padronizar a técnica de PCR em tempo real (qPCR) para a detecção do gene blaOXA-23 diretamente de aspirados traqueais (ATs) de pacientes com suspeita de pneumonia associada à ventilação mecânica (PAV) de unidades de tratamento intensivo (UTIs). Métodos e resultados: O DNA das amostras de ATs coletadas de pacientes em ventilação mecânica foi analisado pela técnica de qPCR, utilizando o SYBR green, para a detecção do gene blaOXA-23. Dentre os 20 ATs analisados, ABRC foi isolado em 10, A. baumannii sensível aos carbapemêmicos (ABSC) em 3 e 7 foram negativos na culura bacteriológica. O gene blaOXA-23 foi detectado tanto na colônia quanto no AT em 8 das 10 amostras de ABRC. Em uma amostra não houve detecção do gene por qPCR em nenhum dos materiais e em outra amostra houve detecção só no AT. Dos ABSC, em duas amostras não houve detecção do gene na colônia e no AT enquanto que em uma amostra o gene foi detectado somente no AT. Em nenhuma das amostras de ATs negativas na cultura foi detectado o gene. Conclusão: O estudo sugere que a técnica qPCR pode ser aplicada para a detecção do gene blaoxa-23 diretamente de amostras de AT, reduzindo assim, o tempo para o início de uma terpia antimicrobiana adequada e melhorando, consequentemente, o desfecho clínico deste pacientes. / Background: The genus Acinetobacter is an important pathogen associated with nosocomial infections mainly ventilator-associated pneumonia (VAP). The increasing of carbapenemresistant Acinetobacter baumannii (CRAB) isolates is a worldwide concern since it limits drastically the range of therapeutic alternatives. The OXA-23 producing, a carbapenemhydrolysing class D β-lactamase, is the major mechanism responsible for CRAB in our country. Objective: The study objective is to develop a real time PCR (qPCR) to detect the Acinetobacter baumannii blaOXA-23 gene directly in endotracheal aspirate (ETA) of patients under mechanical ventilation, with suspected ventilator-associated pneumonia (VAP). Methods and Results: DNA extracted from ETA samples from patients under mechanical ventilation was analyzed by qPCR, using SYBR green, for the presence of blaOXA-23 gene. Among the 20 ETAs examined, CRAB isolates were recovered in 10 quantitative cultures; carbapenem-susceptible A. baumannii (CSAB) in 3 and 7 cultures were negative to A. baumanni. Of the 10 CRAB, 8 were positive for blaOXA-23 on both the colony and ETA. In one blaOXA-23 qPCR was negative in colony and directly from ETA, while the other showed a qPCR negative result in the colony and positive in the ETA. In 3 CSAB, 2 samples showed negative results in colony and ETA and one showed a blaOXA-23 positive result only from the ETA. None of the 7 negative ETAs were positive for blaOXA-23 gene in the qPCR of the ETA. Conclusion: Our study suggests that qPCR can be applied to detect the presence of blaOXA-23 gene directly from ETAs reducing the time to an earlier initiation of appropriate therapy improving, consequently, the clinical outcomes for these patients.
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Detecção do gene blaOXA-23 por PCR em tempo real de aspirados traqueais de pacientes sob ventilação mecânicaBrust, Flávia January 2012 (has links)
Introdução: O gênero Acinetobacter representa um importante patógeno relacionado a infecções hospitalares, principalmente, à pneumonia associada à ventilação mecânica (PAV). O aumento de isolados de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos (ABRC) representa um problema mundial, pois limita drasticamente as opções terapêuticas. A produção da carbapenamase OXA-23, uma β-lactamase da classe D de Ambler, representa o principal mecanismo responsável por esta resistência em nosso país. Objetivo: O presente estudo tem como objetivo padronizar a técnica de PCR em tempo real (qPCR) para a detecção do gene blaOXA-23 diretamente de aspirados traqueais (ATs) de pacientes com suspeita de pneumonia associada à ventilação mecânica (PAV) de unidades de tratamento intensivo (UTIs). Métodos e resultados: O DNA das amostras de ATs coletadas de pacientes em ventilação mecânica foi analisado pela técnica de qPCR, utilizando o SYBR green, para a detecção do gene blaOXA-23. Dentre os 20 ATs analisados, ABRC foi isolado em 10, A. baumannii sensível aos carbapemêmicos (ABSC) em 3 e 7 foram negativos na culura bacteriológica. O gene blaOXA-23 foi detectado tanto na colônia quanto no AT em 8 das 10 amostras de ABRC. Em uma amostra não houve detecção do gene por qPCR em nenhum dos materiais e em outra amostra houve detecção só no AT. Dos ABSC, em duas amostras não houve detecção do gene na colônia e no AT enquanto que em uma amostra o gene foi detectado somente no AT. Em nenhuma das amostras de ATs negativas na cultura foi detectado o gene. Conclusão: O estudo sugere que a técnica qPCR pode ser aplicada para a detecção do gene blaoxa-23 diretamente de amostras de AT, reduzindo assim, o tempo para o início de uma terpia antimicrobiana adequada e melhorando, consequentemente, o desfecho clínico deste pacientes. / Background: The genus Acinetobacter is an important pathogen associated with nosocomial infections mainly ventilator-associated pneumonia (VAP). The increasing of carbapenemresistant Acinetobacter baumannii (CRAB) isolates is a worldwide concern since it limits drastically the range of therapeutic alternatives. The OXA-23 producing, a carbapenemhydrolysing class D β-lactamase, is the major mechanism responsible for CRAB in our country. Objective: The study objective is to develop a real time PCR (qPCR) to detect the Acinetobacter baumannii blaOXA-23 gene directly in endotracheal aspirate (ETA) of patients under mechanical ventilation, with suspected ventilator-associated pneumonia (VAP). Methods and Results: DNA extracted from ETA samples from patients under mechanical ventilation was analyzed by qPCR, using SYBR green, for the presence of blaOXA-23 gene. Among the 20 ETAs examined, CRAB isolates were recovered in 10 quantitative cultures; carbapenem-susceptible A. baumannii (CSAB) in 3 and 7 cultures were negative to A. baumanni. Of the 10 CRAB, 8 were positive for blaOXA-23 on both the colony and ETA. In one blaOXA-23 qPCR was negative in colony and directly from ETA, while the other showed a qPCR negative result in the colony and positive in the ETA. In 3 CSAB, 2 samples showed negative results in colony and ETA and one showed a blaOXA-23 positive result only from the ETA. None of the 7 negative ETAs were positive for blaOXA-23 gene in the qPCR of the ETA. Conclusion: Our study suggests that qPCR can be applied to detect the presence of blaOXA-23 gene directly from ETAs reducing the time to an earlier initiation of appropriate therapy improving, consequently, the clinical outcomes for these patients.
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Detecção do gene blaOXA-23 por PCR em tempo real de aspirados traqueais de pacientes sob ventilação mecânicaBrust, Flávia January 2012 (has links)
Introdução: O gênero Acinetobacter representa um importante patógeno relacionado a infecções hospitalares, principalmente, à pneumonia associada à ventilação mecânica (PAV). O aumento de isolados de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos (ABRC) representa um problema mundial, pois limita drasticamente as opções terapêuticas. A produção da carbapenamase OXA-23, uma β-lactamase da classe D de Ambler, representa o principal mecanismo responsável por esta resistência em nosso país. Objetivo: O presente estudo tem como objetivo padronizar a técnica de PCR em tempo real (qPCR) para a detecção do gene blaOXA-23 diretamente de aspirados traqueais (ATs) de pacientes com suspeita de pneumonia associada à ventilação mecânica (PAV) de unidades de tratamento intensivo (UTIs). Métodos e resultados: O DNA das amostras de ATs coletadas de pacientes em ventilação mecânica foi analisado pela técnica de qPCR, utilizando o SYBR green, para a detecção do gene blaOXA-23. Dentre os 20 ATs analisados, ABRC foi isolado em 10, A. baumannii sensível aos carbapemêmicos (ABSC) em 3 e 7 foram negativos na culura bacteriológica. O gene blaOXA-23 foi detectado tanto na colônia quanto no AT em 8 das 10 amostras de ABRC. Em uma amostra não houve detecção do gene por qPCR em nenhum dos materiais e em outra amostra houve detecção só no AT. Dos ABSC, em duas amostras não houve detecção do gene na colônia e no AT enquanto que em uma amostra o gene foi detectado somente no AT. Em nenhuma das amostras de ATs negativas na cultura foi detectado o gene. Conclusão: O estudo sugere que a técnica qPCR pode ser aplicada para a detecção do gene blaoxa-23 diretamente de amostras de AT, reduzindo assim, o tempo para o início de uma terpia antimicrobiana adequada e melhorando, consequentemente, o desfecho clínico deste pacientes. / Background: The genus Acinetobacter is an important pathogen associated with nosocomial infections mainly ventilator-associated pneumonia (VAP). The increasing of carbapenemresistant Acinetobacter baumannii (CRAB) isolates is a worldwide concern since it limits drastically the range of therapeutic alternatives. The OXA-23 producing, a carbapenemhydrolysing class D β-lactamase, is the major mechanism responsible for CRAB in our country. Objective: The study objective is to develop a real time PCR (qPCR) to detect the Acinetobacter baumannii blaOXA-23 gene directly in endotracheal aspirate (ETA) of patients under mechanical ventilation, with suspected ventilator-associated pneumonia (VAP). Methods and Results: DNA extracted from ETA samples from patients under mechanical ventilation was analyzed by qPCR, using SYBR green, for the presence of blaOXA-23 gene. Among the 20 ETAs examined, CRAB isolates were recovered in 10 quantitative cultures; carbapenem-susceptible A. baumannii (CSAB) in 3 and 7 cultures were negative to A. baumanni. Of the 10 CRAB, 8 were positive for blaOXA-23 on both the colony and ETA. In one blaOXA-23 qPCR was negative in colony and directly from ETA, while the other showed a qPCR negative result in the colony and positive in the ETA. In 3 CSAB, 2 samples showed negative results in colony and ETA and one showed a blaOXA-23 positive result only from the ETA. None of the 7 negative ETAs were positive for blaOXA-23 gene in the qPCR of the ETA. Conclusion: Our study suggests that qPCR can be applied to detect the presence of blaOXA-23 gene directly from ETAs reducing the time to an earlier initiation of appropriate therapy improving, consequently, the clinical outcomes for these patients.
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Pleomorphic AdenomaFeng, Jining, Al-Abbadi, Mousa A. 09 March 2011 (has links)
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