Combiner des approches basées sur la composition en espèces et sur les traits fonctionnels a permis d’évaluer la réaction de l’écosystème forestier boréal à la suite de réductions de densités de cerfs, dans un contexte de surabondance. Un dispositif de broutement contrôlé a été instauré en 2001 à l’île d’Anticosti et a été suivi pendant 8 ans. Dans ce dispositif, la densité de cerfs était maintenue à 4 niveaux : 0, 7,5, 15 cerfs/km2 ainsi qu’à densité in situ (26-56 cerfs/km2). Avec l’approche taxonomique, 12 plantes, 11 papillons et 1 oiseau ont été identifiés comme indicateurs de 12 densités de cerfs. L’utilisation de combinaisons de deux ou trois espèces de plantes a ajouté des indicateurs pour 17 patrons de densités de cerfs augmentant ainsi la capacité d’estimation des densités. Ensuite, des syndromes fonctionnels à hautes densités et densités réduites de cerfs ont été identifiés grâce à l’analyse des traits fonctionnels des communautés. À haute densité de cerfs (>15 cerfs/km²), les traits dominants chez les plantes, tels qu’une reproduction végétative et une pollinisation et dispersion abiotique, impliquaient peu d’interactions avec les animaux, ce qui pourrait nuire au maintien de la biodiversité. De plus, bien que les méthodes de réduction de cerfs ne permettent pas, en 8 ans, un retour de la composition en espèces d’une sapinière de référence, elles permettent une succession menant à une composition fonctionnelle similaire à cet écosystème de référence. Finalement, les indices fonctionnels (ex : Rao), sont plus révélateurs de la réaction de la végétation à différentes densités de cerfs que les indices spécifiques (ex : Shannon), notamment lorsqu’on considère la variance de certains traits, comme la reproduction végétative qui diminue à haute densité de cerfs. Une faible variance d’un trait peut affecter la résilience d’un écosystème à de nouvelles perturbations. Ces résultats permettent d’entrevoir le retour d’une sapinière fonctionnelle sur l’île d’Anticosti avec une réduction des densités de cerfs. / We combined specific and functional approaches of biodiversity to capture the impact of deer densities on communities of Anticosti Island. With the specific approach, 12 plants, 11 moths and one bird have been identified as indicator of 12 specific patterns of deer densities. The use of plant combinations in comparison with single plant species added indicators for 17 deer density patterns and increased our capacity to estimate deer density. Then, functional syndromes at high and reduced deer densities were identified through analysis of functional traits of communities. For example, plants at high densities (> 15cerfs/km²) had a vegetative reproduction and abiotic pollination and dispersal. They are traits involving few interactions with animals, which could affect the maintenance of biodiversity. In addition, after eight years of succession, reduction of deer density on Anticosti did not allow the return of species composition similar to the one found in a reference stand of balsam fir forest. However, communities at reduced deer densities had similar composition of functional traits to the reference. Finally, the indices of species diversity (e.g. Shannon) did not change according to deer density but the indices of functional diversity (e.g. Rao) did. For example, the variance of some traits, such as vegetative reproduction, was reduced at high deer density. Low variance of a trait can affect the resilience of ecosystems to new disturbances. These results provide a glimpse for the return of afunctional Balsam fir forest on Anticosti Island when deer densities are controlled.

Dans un contexte où les pratiques culturales durables gagnent en popularité, des essais au champ ont permis d’évaluer l’effet combiné de trois modes de travail du sol et de systèmes avec ou sans intrants chimiques sur le rendement du blé panifiable, la fusariose de l’épi et la cécidomyie orangée. En 2009, les rendements les plus élevés ont été obtenus en travail conventionnel (avec ou sans intrants chimiques) ainsi qu’en travail réduit et en semis direct avec intrants chimiques. En 2010, ils ont été atteints avec le travail conventionnel ou avec le système avec intrants. Ces rendements étaient associés à une répression efficace des mauvaises herbes. La teneur en désoxynivalénol n’a pas varié selon le travail de sol et a été inférieure dans le système sans intrants chimiques durant l’année à forte pression de fusariose. Les traitements ont eu peu d’impact sur la cécidomyie orangée du blé. / Because bread wheat grown under sustainable practices is currently in high demand, trials were conducted in order to assess the combined effect of three tillage treatments with high-input or low-input system on wheat performance, fusarium head blight (FHB) and wheat midge. In 2009, higher wheat yields were obtained with moldboard plow (regardless of the system) and with chisel plow and no-till in the high-input system. In 2010, they were obtained with moldboard plow or high-input system. These yields were related to better weed control. Deoxynivalenol content was not affected by tillage and was lower in low-input system than in high-input system in the year with strong FHB pressure. Wheat midge incidence was mostly unaffected by treatments.

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La brûlure en plaques, causée par le champignon Sclerotinia homoeocarpa, est la maladie la plus importante sur les terrains de golf en Amérique du Nord, et son contrôle repose essentiellement sur l’utilisation répétée des fongicides de synthèse. Au Québec, les gestionnaires de terrains de golf doivent trouver des méthodes alternatives de contrôle pour cette maladie afin de réduire leur utilisation de pesticides. L’utilisation d’éliciteurs des réactions de défense des plantes est une méthode peu étudiée pour diminuer l’incidence des maladies chez les graminées à gazon. L’objectif de cette thèse était de mesurer l’efficacité de ces produits et de comprendre les mécanismes impliqués dans leur mode d’action. Premièrement, nous avons mesuré l’efficacité de trois éliciteurs, (silicate de potassium, phosphite et acibenzolar-S-méthyle) pour diminuer l’incidence de la brûlure en plaques sur les terrains de golf. Nos résultats démontrent que le phosphite et, dans une moindre mesure, le silicate de potassium, peuvent réduire l’incidence de cette maladie. Par la suite, nous avons développé une méthode pour mesurer l’expression des gènes chez l’agrostide stolonifère (Agrostis stolonifera) à l’aide d’une hybridation hétérologue de l’ARN de cette dernière sur une biopuce de riz (Oryza sativa). Cette méthode nous a permis valider l’utilité de cette plateforme et de constater que l’infection de S. homoeocarpa sur l’agrostide stolonifère a pour effet de diminuer la transcription de l’ARN, l’accumulation des sucres, la synthèse des lipides et la synthèse de l’ATP, tout en augmentant la remobilisation protéique (dégradation des protéines et transport des peptides). Enfin, en utilisant cette même méthode, nous avons mesuré les effets de l’application de deux éliciteurs sur l’expression des gènes chez l’agrostide. Les résultats de cette expérience montrent que l’application de ces deux éliciteurs modifie l’expression des gènes chez l’agrostide, et particulièrement ceux impliqués dans la synthèse et la dégradation des protéines. Les deux éliciteurs ont aussi affecté l’expression de plusieurs facteurs de transcription, et de quelques gènes impliqués dans les réactions de défense. Nos résultats permettent de mieux comprendre les effets des éliciteurs sur la relation A. stolonifera- S. homoeocarpa et ouvrent la porte à d’autres expériences permettant raffiner les connaissances scientifiques sur cette maladie. / Dollar spot, caused by Sclerotinia homoeocarpa, is the most important disease on golf courses in North America, and its control relies mostly on repeated fungicide applications. In Québec, golf course superintendents have to develop alternate control methods for this disease in order to comply with government-imposed goals of pesticide reduction. The use of elicitors to stimulate plant resistance mechanisms and reduce disease incidence has received little attention in turfgrass. The objectives of this thesis were to assess the efficacy of these products and to understand the molecular mechanisms involved in their mode of action. In order to do so, we first measured the efficacy of three elicitors (potassium silicate, phosphite and acibenzolar-S-methyl) to reduce dollar spot incidence on golf courses. Our results show that phosphite, and to some extent potassium silicate, can reduce dollar spot pressure on golf courses. We then developed a method to monitor gene expression in creeping bentgrass (Agrostis stolonifera) by using a rice (Oryza sativa) microarray in order to perform a heterologous hybridization. This technique allowed us to confirm the usefulness of this platform and to observe that, during the infection process by S. homoeocarpa, the expression of genes involved in RNA transcription, sugar accumulation, lipid synthesis and ATP synthesis are down-regulated in creeping bentgrass, while those involved in protein cycling (protein degradation and peptide transport) are up-regulated. Finally, by using this same platform, we were able to monitor gene expression in creeping bentgrass treated with either potassium silicate or phosphite, and inoculated with S. homoeocarpa. Our results indicate that both elicitors significantly affect gene expression in creeping bentgrass, and particularly those involved in protein synthesis and degradation. Both elicitors also affected the accumulation of transcripts coding for transcription factors and for a few genes involved in plant defense mechanisms. Our results allow us to gain a better understanding of the effects of elicitors on the A. stolonifera – S. homoeocarpa interaction and open up the possibility of other experiments using the same platform in order to increase our knowledge on this disease.

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Récemment, un nouvel agent pathogène a causé d’importants dommages sur la tomate de serre dans un complexe au centre du Québec et au nord des États-Unis. À partir d’échantillons de plants infectés, des colonies produisant des macroconidies typiques de Fusarium spp. ont systématiquement été isolées. Le séquençage des régions ITS et tef de ces isolats, suivi de tests de pathogénicité, ont permis d’identifier Fusarium striatum comme l’agent pathogène. Il s’agit du premier rapport de cet agent pathogène au Canada. Suite à son identification, un test de dépistage moléculaire a été mis au point afin de détecter l’agent pathogène directement à partir des tissus végétaux. Les amorces développées ont été suffisamment spécifiques et sensibles pour détecter l’agent pathogène avant même l’apparition des symptômes. Nos résultats semblent indiquer que l’inoculum de F. striatum aurait été introduit dans les deux complexes de serre par les transplants provenant de leur fournisseur commun.

La sclérotiniose, causée par le champignon Sclerotinia sclerotiorum, est une des maladies les plus importantes de la culture du soya dans l’est du Canada. L’utilisation de cultivars résistants est la manière la plus efficace et économique pour lutter contre l’agent pathogène. Or, la pression de maladie au champ varie considérablement d’une année à l’autre selon les conditions climatiques, ce qui complique l’identification de matériel résistant. Nous avons donc développé une méthode d’inoculation artificielle fiable et reproductible pour évaluer la résistance à la sclérotiniose du soya en serre et au champ. Appelée méthode «du coton», elle consiste à appliquer des morceaux de tampon à démaquiller, trempés dans une suspension de mycélium broyé, sur un bourgeon floral, et à mesurer la longueur de la lésion qui se développe sur la tige après une semaine. Cette méthode simple et rapide donne des résultats comparables à la méthode de référence utilisée au Québec tout en départageant la résistance vraie des mécanismes d’évitement. Nous avons ensuite utilisé la méthode du coton pour caractériser le degré de résistance au sein d’une collection de 130 lignées de soya représentative de l’étendue de la diversité génétique présente chez cette espèce au Québec. En parallèle, nous avons mis au point une méthode de génotypage par séquençage à haut débit pour le soya et l’avons utilisée pour génotyper la collection. Le séquençage a produit 266,7 millions de séquences distinctes qui, après différents filtres, ont révélé 7 864 marqueurs SNP répartis sur les 20 chromosomes du soya. Des analyses d’association entre le degré de résistance et le génotype des lignées de la collection ont révélé la présence de quatre locus de caractère quantitatif (QTL) conférant une résistance accrue à l’agent pathogène. L’association la plus forte a été validée chez une population issue d’un croisement entre deux parents contrastés à ce locus. De plus, aucun des génotypes les plus résistants ne porte tous les allèles de résistance, ce qui indique qu’on peut développer du matériel présentant une résistance accrue à la sclérotiniose. Ces résultats ouvrent des perspectives prometteuses pour la sélection assistée de marqueurs ou la sélection génomique. / Sclerotinia stem rot (SSR), caused by the fungus Sclerotinia sclerotiorum, is one of the most important soybean diseases in Eastern Canada. Using resistant varieties is the most efficient and economic way to repress this disease. However disease pressure in the field fluctuates considerably from year to year according to climatic conditions, thus impeding the identification of resistant material. We developed a reliable and reproducible artificial inoculation method to assess resistance in the greenhouse and in the field. Named the «cotton pad method», it relies upon applying a piece of cotton pad soaked in a mycelial suspension on a floral bud and to measure the ensuing lesion length one week after inoculation. This quick and easy method provides disease ratings similar to the reference method used in Québec and is able to distinguish true resistance from disease avoidance mechanisms. We then used the cotton pad method to evaluate the degree of resistance in a panel of 130 soybean lines representing the genetic diversity present in this species in Quebec. In parallel, we developed a high-throughput genotyping by sequencing method for soybean and used it to genotype the collection. Sequencing provided 266.7 million distinct sequences, which yielded 7,864 SNPs on the 20 soybean chromosomes after several filtering steps. Association mapping performed between the genotype of the lines and their resistance level revealed the presence of four quantitative trait loci (QTLs) associated with SSR resistance. The strongest association was validated in a biparental population generated from a cross between two parents contrasted at this locus. Furthermore, none of the most resistant lines developed so far carries all of the resistance alleles, which suggests that it is possible to develop lines presenting increased SSR resistance. These results are promising for marker assisted or genomic selection.

Les bogs côtiers peuvent être envahis par l’eau de mer. Ils demeurent ensuite sans couvert végétal en raison des conditions salines et acides, de haute nappe phréatique et de faible disponibilité des nutriments. On veut accélérer la colonisation végétale de ces bogs en utilisant des plantes de marais salés et des amendements. Une expérience terrain testait si la roche phosphatée et la chaux dolomitique pouvaient améliorer la croissance de: (1) transplants de Carex paleacea et (2) Spartina pectinata, (3) transferts de diaspores récoltées en juillet et (4) août et (5) un témoin. Une expérience en serre testait les doses de chaux nécessaires pour C. paleacea et S. pectinata. La roche phosphatée a amélioré la croissance de tous les matériaux végétaux puisque le P est rare dans les bogs. La transplantation de C. paleacea a entraîné les couverts végétaux et les biomasses aériennes les plus élevés et le transfert de diaspores a entraîné une diversité d’espèces supérieure. La chaux n’a pas amélioré la croissance de la végétation. On recommande l’application de roche phosphatée, la transplantation de C. paleacea et le transfert de diaspores de marais salés. / Coastal cutover bogs are prone to sea water contamination. It keeps them unvegetated because of salinity, acidity, high water table level and low nutrients availability. We want to encourage plant colonization of those bogs using salt marsh vegetation and amendments. A field experiment aimed to examine whether rock phosphate (P2O5) and dolomitic lime (CaO.MgO) improve growth of (1) Carex paleacea, (2) Spartina pectinata transplants, (3) salt marsh diaspores transfer of different maturity - July, (4) August and (5) a bare peat control. A greenhouse experiment tested the lime dose needed by C. paleacea and S. pectinata. Results showed that P improved growth of all plant treatments because of P deficiency in bogs, while C. paleacea resulted in greater vegetation cover and aerial biomass, and diaspores transfer in higher diversity. Lime failed to improve vegetation growth. Rehabilitation should be done using P, salt marsh diaspores transfer and C. paleacea transplantation.

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