Selon la législation européenne relative au contrôle des salmonelles et autres agents zoonotiques, des mesures effectives doivent être prises pour détecter et combattre ces agents à tous les stades de la chaîne de production alimentaire. Une des sources de salmonelloses humaines est la viande de porc contaminée. Afin de mieux lutter efficacement contre Salmonella dans la viande porc, une appréciation quantitative des risques a été développée représentant lensemble de la filière de production. Pour atteindre cet objectif, plusieurs étapes préliminaires ont été nécessaires. La première tâche était un recensement des données à toutes les étapes de la chaîne de production auprès des autorités publiques et des opérateurs privés. Une base de données a ensuite été développée reprenant les méthodes de travail dans les différentes entreprises étudiées mais également les résultats danalyses microbiologiques réalisées sur lensemble de la filière. Le but était détudier les sources de contamination de la viande de porc à partir de labattoir jusquà la préparation au domicile du consommateur, Sur base des données disponibles, un modèle dappréciation quantitative des risques a pu être construit en tenant compte du flux de production schématisé. Lobjectif final du modèle est de donner les options concrètes pour réduire efficacement le risque de salmonellose chez l'homme suite à la consommation de viande hachée de porc. Les scénarios ont été élaborés sur base de la situation internationale et de la littérature pour simuler des possibilités concrètes et réalistes damélioration de la qualité microbiologique de la viande de porc. Les niveaux de contamination ainsi que les facteurs de risque potentiels de contamination liés aux paramètres de production, aux installations techniques et aux méthodes de nettoyage/désinfection ont été évalués au niveau des dix plus grands abattoirs en Belgique. Les résultats ont révélé une variabilité élevée concernant la contamination par Salmonella parmi les abattoirs, avec une prévalence variant de 2,6 à 34,3%. Les résultats des régressions linéaires et logistiques ont révélé que certaines pratiques de travail telles que l'échaudage par vapeur, un second flambage après la flagelleuse et le nettoyage/désinfection de la fendeuse plusieurs fois par jour sont bénéfiques pour la réduction de la contamination par Salmonella. Ces données ont été à la base de la modélisation de létape dabattage des porcs en Belgique. Les étapes de production après labattoir ont également été étudiées. Les résultats des analyses bactériologiques de sept ateliers de découpe, de quatre ateliers de viande hachée et des quatre plus grands détaillants belges ont été recueillis grâce aux données de surveillances officielles et d'auto-surveillance. La prévalence de Salmonella dans les ateliers de découpe et de viande hachée varie de 0% à 50%. La prévalence de Salmonella dans la viande hachée au niveau de la vente au détail varie de 0,3% à 4,3%. Les concentrations en salmonelles ont été estimées à partir de données semi-quantitatives relatives aux carcasses, aux morceaux de viande et aux viandes hachées à respectivement -3,40 ± 2,04 log UFC/cm ², -2,64 ± 1,76 log UFC/g et -2,35 ± 1,09 log UFC/g. Ces données ont servi de base pour la construction du modèle pour les étapes de découpe, de hachage, de stockage et de distribution de viande hachée de porc en Belgique. Le modèle dAQR a été ensuite développé sur base des données collectées. Après validation du modèle, des scénarios datténuation du risque y ont été implantés. Le nombre de salmonelloses humaines suite à la consommation de viande de porc en Belgique a été estimé à 15.376 cas par an. Les résultats ont montré que le risque de salmonellose chez l'homme pourrait être réduit de manière significative avec des efforts déployés tout au long de la chaîne de production de viande de porc, mais aussi par les consommateurs. Selon le modèle, une réduction de 25% de la prévalence des carcasses à labattoir diminuerait de 45,7% le nombre de cas de salmonelloses humaines en Belgique. Les consommateurs doivent également être conscients des bonnes pratiques d'hygiène durant la préparation de la viande à domicile afin déviter les contaminations croisées entre les aliments. Selon le modèle, les contaminations croisées avec des aliments crus durant la préparation du repas provoqueraient chaque année plus de 14.693 cas de salmonelloses tandis que le manque de cuisson engendrerait 683 cas. Le nombre de cas de salmonelloses humaines pourrait être réduits en améliorant les habitudes de préparation des aliments dans les cuisines afin déviter les contaminations croisées. Les résultats de ces analyses de scénarios et les recommandations issus de ces recherches sont utiles pour les industriels et les responsables de la santé publique impliqués dans la chaîne de production de viande de porc. Les études et le modèle dAQR développé ont permis dobtenir un état des lieux de la situation en Belgique mais également démettre des recommandations de gestion le long de la chaîne de production de viande de porc. Cependant, ces résultats sont à nuancer car, à lheure actuelle, lapplication de lAQR à lindustrie de la viande sest heurtée à un problème récurrent de manque de données à certaines étapes clés. Les Etats et les entreprises doivent entreprendre des études complémentaires et offrir ainsi une meilleure évaluation de la situation de la chaîne alimentaire « de la fourche à la fourchette ».

Les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) O157:H7 sont des agents pathogènes alimentaires entrainant des colites hémorragiques et des syndromes hémolytiques et urémiques (SHU). Depuis le ruminant, le réservoir naturel, les EHEC peuvent contaminer certaines denrées alimentaires et in fine infecter l’Homme. La présence de composants de la matrice extracellulaire (ECM) le long de la chaine alimentaire pourrait participer à leur capacité de colonisation grâce à des protéines de surface bactérienne. Parmi ces protéines, l’antigène 43 (Ag43) est sécrété par le système de sécrétion de Type V, sous-type a (T5aSS) et appartient à la famille des SAAT (self-associating autotransporters). Ces protéines modulaires, composées d’un peptide signal N-terminal clivable, d’un domaine passager central exposé à la surface et d’un translocateur C-terminal membranaire, peuvent s’auto-associer selon un mécanisme de Velcro moléculaire. A l’origine, l’Ag43 était distribué en deux sous-familles SF-I et SF-II mais des analyses phylogénétiques ont révélé pour la première fois qu’il est en réalité distribué en 6 classes différentes nommées C1 à C6, basées sur le réarrangement de différents sous-domaines à l’intérieur du domaine passager de la protéine. Quant à la prévalence et la distribution chez les bactéries, l’agn43 s’est avéré être présent essentiellement chez E. coli avec jusqu’à 5 copies du gène par génome, en différentes combinaisons de classes d’Ag43. Des analyses fonctionnelles des Ag43 C1 à Ag43 C4 ont démontré que des interactions homotypiques survenaient pour toutes les classes mais l’Ag43 C3 présentait des différences significatives de cinétique de sédimentation et d’autoagrégation. L’étude des interactions hétérotypiques entre Ag43 de différentes classes a démontré qu’elles ne se produisaient que dans de rares cas. Chez E. coli O157:H7, l’Ag43 C2 a été démontré comme contribuant à l’adhésion des bactéries aux collagènes I et III et à l’autoagrégation. De plus dans cette souche, ce phénotype s’est avéré être régulé par la méthylase Dam et le régulateur de transcription OxyR. Globalement, ces travaux apportent de nouvelles connaissances concernant la diversité de l’Ag43 et son rôle et sa régulation chez E. coli O157:H7. Ainsi, l’Ag43 pourrait être un important facteur de colonisation de la chaine alimentaire pour les EHEC et les autres E. coli diarrhéiques. / Enterohaemorrhagic Escherichia coli (EHEC) O157:H7 are anthropozoonotic agents leading to haemorrhagic colitis and haemolytic-uremic syndrome (HUS). From the ruminants, their natural reservoir, EHEC can contaminate some foodstuffs and consequently infect humans. The presence of extracellular matrix (ECM) components along the food chain could contribute to the colonisation process. Numerous proteins can be present at the bacterial cell surface in EHEC, among them, antigen 43 (Ag43) is secreted by the Type V, subtype a, secretion system (T5aSS) and belongs to the family of self-associating autotransporters (SAATs). These modular proteins, comprising a cleavable N-terminal signal peptide, a surface-exposed central passenger and an outer membrane C-terminal translocator, self-recognise in a Velcro-like handshake mechanism. Ag43 was originally considered as distributed into two subfamilies, namely SF-I and SF-II but phylogenetic network analyses revealed for the first time that it actually distribute into six distinct classes, namely C1 to C6 based on the shuffling of different subdomains within the Ag43 passengers. Regarding prevalence and distribution in Bacteria, agn43 appeared to be essentially present in E. coli with up to 5 copies of the gene present in a single genome and in different combinations of Ag43 classes. Functional analyses of Ag43 C1 to Ag43 C4 revealed that homotypic interactions occurred for all Ag43 classes but Ag43 C3 induced significant differences in the sedimentation kinetics and autoaggregation state. In contrast, heterotypic interactions occurred in a very limited number of cases. In E. coli O157:H7, Ag43 C2 was shown to contribute to bacterial adhesion to collagens I and III and to the autoaggregation. Furthermore in this strain, the latter phenotype appeared to be regulated by the Dam methylase and the OxyR transcriptional regulator. Taken together, these results provide new insights of the diversity of Ag43 as well as its role and regulation in E. coli O157:H7. Thus, Ag43 may represent an important colonisation factor of the food chain by EHEC and other diarrheagenic E. coli.